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翻訳リサイクルにおけるリボソームstalk蛋白質の機能解明

研究課題

研究課題/領域番号 16H04741
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 分子生物学
研究機関新潟大学

研究代表者

内海 利男  新潟大学, 自然科学系, 教授 (50143764)

研究分担者 西川 周一  新潟大学, 自然科学系, 教授 (10252222)
伊東 孝祐  新潟大学, 自然科学系, 助教 (20502397)
研究協力者 今井 大達  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2018年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2017年度: 5,200千円 (直接経費: 4,000千円、間接経費: 1,200千円)
2016年度: 7,150千円 (直接経費: 5,500千円、間接経費: 1,650千円)
キーワードリボソーム / リボソーム蛋白質 / 翻訳因子 / リサイクル反応 / 天然変性蛋白質 / 翻訳 / 蛋白質合成 / 蛋白質間相互作用 / リボソームタンパク質 / リサイクリング / ABCE1 / Rli1 / タンパク質合成 / 翻訳リサイクリング / 分子生物学 / 翻訳リサイクル / ストーク蛋白質 / 分子認識 / 遺伝子 / 生体分子 / 蛋白質 / トランスレーショナルリサーチ / 構造生物学
研究成果の概要

遺伝情報に従い蛋白質を作る翻訳の反応は、細胞質に存在する巨大な分子複合体であるリボソームのもとで、開始、伸長、終結、およびリサイクルの順に進行するが、リサイクルの仕組みに関する研究は遅れ、最近注目されている。本研究では、リボソームをリサイクルするATPase因子であるABCE1に焦点をあて、生化学と構造生物学の技法でそのはたらきの仕組みを分子レベルで解析した。その結果、リボソームを構成する“stalk”と呼ばれるタンパク質成分がABCE1の特定部位と結合し、リボソームの機能部位にリクルートし、ATPの加水分解を誘発させることで、リボソームを解離・リサイクルするという分子機構を解明した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

翻訳反応が終結・停止した際のリボソームのリサイクル機構の解明は、翻訳研究に残された重要な課題である。リボソームのstalk蛋白質とATPase因子であるABCE1間の相互作用で、リボソームのサブユニットへの解離とリサイクルをもたらすことを初めて証明した本研究の成果は、翻訳リサイクルの動的反応を分子レベルで理解する上で重要な知見で、学術的意義は大きい。本研究ではまた、天然変性蛋白質であるstalkが既知の翻訳開始因子や伸長因子等のGTPase因子に加えてATPase因子とも結合する多機能性成分であることを示した。この知見は、天然変性蛋白質に関わる様々な研究分野に広く影響を与える内容である。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実績報告書
  • 2016 実績報告書
  • 研究成果

    (40件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 2件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 5件、 謝辞記載あり 4件) 学会発表 (24件) (うち国際学会 4件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (3件) 産業財産権 (1件)

  • [国際共同研究] University of Lethbridge(カナダ)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Kansas State University(米国)

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [国際共同研究] Kansas State University(米国)

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [雑誌論文] High-resolution crystal structure of peptidyl-tRNA hydrolase from Thermus thermophiles2019

    • 著者名/発表者名
      Matsumoto A., Uehara Y., Shimizu Y., Ueda T., Uchiumi T., Ito K.
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: 87 号: 3 ページ: 226-235

    • DOI

      10.1002/prot.25643

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] The ribosomal stalk protein is crucial for the action of the conserved ATPase ABCE12018

    • 著者名/発表者名
      Imai, H., Abe, T., Miyoshi, T., Nishikawa, S., Ito, K., and Uchiumi, T.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res.

      巻: 46 号: 15 ページ: 7820-7830

    • DOI

      10.1093/nar/gky619

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The interaction between the ribosomal stalk proteins and translation initiation factor 5B promotes translation initiation2018

    • 著者名/発表者名
      Murakami, R., Singh, C.R., Morris, J., Tang, L., Harmon, I., Azuma, T., Miyoshi, T., Ito, K., Asano, K., and Uchiumi T.
    • 雑誌名

      Mol. Cell Biol.

      巻: 38 号: 16

    • DOI

      10.1128/mcb.00067-18

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] The C-terminal helix of ribosomal P stalk recognizes a hydrophobic groove of elongation factor 2 in a novel fashion2018

    • 著者名/発表者名
      Tanzawa Takehito、Kato Koji、Girodat Dylan、Ose Toyoyuki、Kumakura Yuki、Wieden Hans-Joachim、Uchiumi Toshio、Tanaka Isao、Yao Min
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 46 号: 6 ページ: 3232-3244

    • DOI

      10.1093/nar/gky115

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書 2017 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Binding of translation elongation factors to individual copies of the archaeal ribosomal stalk protein aP1 assembled onto aP0.2017

    • 著者名/発表者名
      Honda, T., Imai, H., Suzuki, T., Miyoshi, T, Ito K, Uchiumi T.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun.

      巻: 483 号: 1 ページ: 153-158

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.12.175

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書 2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Structural basis for the recognition of guide RNA and target DNA heteroduplex by Argonaute.2016

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi, T., Ito, K., Murakami, R., Uchiumi T.
    • 雑誌名

      Nature Commun.

      巻: 7 号: 1 ページ: 11846-11846

    • DOI

      10.1038/ncomms11846

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Involvement of ribosomal protein L6 in assembly of functional 50S ribosomal subunit in Escherichia coli cells.2016

    • 著者名/発表者名
      Shigeno Y, Uchiumi T, Nomura T.
    • 雑誌名

      Biochem Biophys Res Commun.

      巻: in press 号: 1 ページ: 237-242

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2016.03.085

    • NAID

      120007100576

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Crystal structure of translation initiation factor 5B from the crenarchaeon Aeropyrum pernix.2016

    • 著者名/発表者名
      Murakami R, Miyoshi T, Uchiumi T, Ito K.
    • 雑誌名

      Proteins

      巻: in press 号: 5 ページ: 712-717

    • DOI

      10.1002/prot.25009

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 新規古細菌リボソーム結合タンパク質aYchFの構造・機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      宮島百香、青木彩香、今井大達、村田菜摘、伊東孝祐、内海利男
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ペプチジルtRNA加水分解酵素Pth2の構造・機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      茅原真晃、中筋航、上原祐二、内海利男、伊東孝祐
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ペプチジルtRNA加水分解酵素・プロテアソーム輸送タンパク質複合体のX線結晶構造解析2018

    • 著者名/発表者名
      市邨晃久、笠原杏子、今井大達、上原祐二、西川周一、内海利男、伊東孝祐
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 新規古細菌タンパク質aYchFのリボソームリクルート機構に関する構造学・生化学的解析2018

    • 著者名/発表者名
      青木彩香、宮島百香、今井大達、村田菜摘、伊東孝祐、内海利男
    • 学会等名
      第5回リボソームミーティング
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] リボソームストークによるATP加水分解酵素ABCE1の機能促進機構2018

    • 著者名/発表者名
      今井大達、阿部高也、三好智博、西川周一、伊東孝祐、内海利男
    • 学会等名
      第5回リボソームミーティング
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ATP加水分解酵素ABCE1とリボソームストーク蛋白質間の機能的相互作用2018

    • 著者名/発表者名
      今井大達、阿部高也、三好智博、西川周一、伊東孝祐、内海利男
    • 学会等名
      第20回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Archaeal ribosomal stalk protein aP1 directly binds to the ribosome recycling factor aABCE1 and promotes ribosome-dependent ATP hydrolysis2017

    • 著者名/発表者名
      Imai, H., Abe, T., Miyoshi, T., Ito, K., Uchiumi, T.
    • 学会等名
      EMBL2017 Protein Synthesis and Translational Control
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 翻訳リサイクル因子ABCE1-リボソームストーク間相互作用とその役割2017

    • 著者名/発表者名
      今井大達, 阿部高也, 三好智博, 伊東孝祐, 内海利男
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] リボソームストークとGTP結合型翻訳伸長因子EF1A間複合体のX線結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      丸山 圭, 川村桃子, 今井大達, 伊東孝祐, 内海利男
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 変異導入解析によるリボソームストークとリサイクル因子ABCE1間相互作用の検証2017

    • 著者名/発表者名
      阿部高也、今井大達、西川 周一、伊東孝祐、内海利男
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] リボソームタンパク質uL11 N末端ドメインの役割に関する機能解析2017

    • 著者名/発表者名
      伊藤美穂、阿部綾乃、田中淳也、内海利男、野村隆臣
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 大腸菌リボソーム50Sサブユニット生合成のlate-stepにおけるbL6の寄与2017

    • 著者名/発表者名
      阿部綾乃、伊藤美穂、田中淳也、内海利男、野村隆臣
    • 学会等名
      第40回日本分子生物学会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 新規古細菌リボソーム結合因子aYchFのtRNAに依存する機能に関する研究2017

    • 著者名/発表者名
      青木彩香, 今井大達, 村田菜摘, 伊東孝祐, 内海利男
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] プチジルtRNA加水分解酵素:プロテアソーム輸送タンパク質複合体のX線結晶構造解析2017

    • 著者名/発表者名
      市邨晃久, 笠原杏子, 今井大達, 上原祐二, 内海利男, 伊東孝祐
    • 学会等名
      第19回日本RNA学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Rhodobacter sphaeroides ArgonauteによるガイドRNA/ターゲットDNA認識の構造基盤2017

    • 著者名/発表者名
      三好智博, 伊東孝祐, 村上僚, 内海利男
    • 学会等名
      第26回 バイオイメージング学会学術集会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 翻訳反応の各ステージで機能するリボソームストーク・翻訳因子間相互作用2016

    • 著者名/発表者名
      内海 利男, 今井 大達, 三好 智博, 伊東 孝祐
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 超好熱性アーキアを用いたリボソーム結合性タンパク質の解析:新規ストーク結合性因子の検出2016

    • 著者名/発表者名
      村田 菜摘, 八重嶋 千彰, 三好 智博, 伊東 孝祐, 石野 園子, 石野 良純, 内海 利男
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] リボソーム小亜粒子の二量化をもたらす新規アーキアタンパク質2016

    • 著者名/発表者名
      八重嶋 千彰, 村田 菜摘, 三好 智博, 伊東 孝祐, 石野 園子, 石野 良純, 内海 利男
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] リボソームストークC末端部位と翻訳因子間の結合多様性2016

    • 著者名/発表者名
      丸山 圭, 今井 大達, 三好 智博, 伊東 孝祐, 内海 利男
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 翻訳リサイクル反応におけるリボソームストークタンパク質P1の機能解析2016

    • 著者名/発表者名
      今井 大達, 阿部 高也, 三好 智博, 伊東 孝祐, 内海 利男
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] 環状ペプチド RA-VII は EF-2・GTP 複合体構造を固定化する2016

    • 著者名/発表者名
      三好 智博, 片貝 勇人, 下出 朗誠, 竹谷 孝一, 八森 章, 内海 利男
    • 学会等名
      第4回 Ribosome Meeting
    • 発表場所
      大阪医科大学(大阪府高槻市)
    • 年月日
      2016-09-17
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [学会発表] A role of archaeal ribosomal stalk protein aP1 in ribosome recycling: binding to an ABC-family ATPase aABCE1 and stimulation of ribosome-dependent ATP hydrolysis2016

    • 著者名/発表者名
      Imai, H., Miyoshi, T., Ito, K., Uchiumi, T.
    • 学会等名
      RNA-2016
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Structural basis of the substrate recognition and the catalysis of Peptidyl-tRNA hydrolase 22016

    • 著者名/発表者名
      Ito, K., Nakasuji, W., Morita, Y., Uehara, K., Nakazawa, T., Murakami, R., Miyoshi, T., Oka, N., Uchiumi, T.
    • 学会等名
      RNA-2016
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A possible mechanism for processing of small RNA by R. sphaeroides Argonaute2016

    • 著者名/発表者名
      Miyoshi, T., Ito, K., Murakami, R., Uchiumi, T.
    • 学会等名
      RNA-2016
    • 発表場所
      京都国際会議場(京都府京都市)
    • 年月日
      2016-06-28
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] アーキア生物学2017

    • 著者名/発表者名
      浅川晋、跡見晴幸、石野園子、石野良純、伊藤隆、今中忠行、内海利男、大島泰郎、大島敏久、金井昭夫、金井保、河原林裕、木村誠、神田大輔、櫻庭春彦、佐藤喬章、里村武範、嶋盛吾、田口裕也、土居克実 他
    • 総ページ数
      212
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      9784320057852
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] Uchiumi-Ito Lab

    • URL

      https://www.sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/uchiumi-ito/index.html

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] Uchiumi・Ito Lab.

    • URL

      http://www.sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/uchiumi-ito/index.html

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] Uchiumi-Ito Lab

    • URL

      http://www.sc.niigata-u.ac.jp/biologyindex/uchiumi-ito/

    • 関連する報告書
      2016 実績報告書
  • [産業財産権] 抗原結合用キャリア及びその使用2016

    • 発明者名
      内海利男、須田真広、藤間真紀、伊東孝祐
    • 権利者名
      内海利男、須田真広、藤間真紀、伊東孝祐
    • 産業財産権種類
      特許
    • 産業財産権番号
      2016-120039
    • 出願年月日
      2016-06-16
    • 関連する報告書
      2016 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-01-28  

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