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インシリコとモノをつなぐ汎用的双方向シミュレーションフレームワーク開発と実証研究

研究課題

研究課題/領域番号 16K00410
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生命・健康・医療情報学
研究機関山口大学

研究代表者

浅井 義之 (淺井 義之)  山口大学, 大学院医学系研究科, 教授 (00415639)

研究協力者 安部 武志  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2018年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
キーワードシミュレーション / システムバイオロジー / プロセス間通信 / リアルタイム制御 / フィジオーム / リアルタイムデバイス制御 / 多階層生理機能シミュレーション / モデル駆動型制御 / シミュレーション駆動型制御 / 汎用相互作用シミュレータ / 制御 / ネットワーク / リアルタイム
研究成果の概要

我々はこれまでに、生理機能の汎用的シミュレーションソフトウェア群を開発してきた。これまでの生体シミュレーションは、シミュレーションのみでプロセスが閉じていた。本研究では、生理機能の数理モデルを用いたシミュレーションをリアルワールドのデバイス、あるいは異なるシミュレーションプロセスと相互にリアルタイム連携できるフレームワークとしてシミュレータを拡張開発した。モデル記述言語の拡張とシミュレータの機能拡張により、シミュレーション中の変数をリアルタイムに出力する、あるいは、外部のセンサーなどの値をリアルタイムにモデル内パラメータ値として受け取ることを実現した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

近年、データサイエンス、計算機科学の発展を背景として、生体機能のシミュレーション技術の発展はめざましいが、その技術を実世界のデバイス制御に直結させる技術は限定的である。特に細胞、生化学プロセスのシミュレーションによる予測的実験計測機器制御については開発されていない。我々はその部分に焦点をあて、既存の多くの生理現象モデルを実世界デバイスと相互作用させる汎用的枠組みを開発した。この技術をさらに先鋭化することにより、医学、生物学、創薬などにおける実験を高精度で予測的に制御する機器開発へとつなげることが可能となる。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (13件)

すべて 2019 2018 2017 2016

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 6件、 招待講演 1件) 産業財産権 (1件)

  • [雑誌論文] Integrative and theoretical research on the architecture of a biological system and its disorder2019

    • 著者名/発表者名
      Shinichi Uchida, Yoshiyuki Asai, Yoshiaki Kariya, Kunichika Tsumoto, Hiroshi Hibino, Masashi Honma, Takeshi Abe, Fumiaki Nin, Yasutaka Kurata, Kazuharu Furutani, Hiroshi Suzuki, Hiroaki Kitano, Ryuji Inoue, Yoshihisa Kurachi
    • 雑誌名

      The Journal of Physiological Sciences

      巻: 69 号: 3 ページ: 443-451

    • DOI

      10.1007/s12576-019-00667-8

    • NAID

      40021874158

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 人工知能とシステムバイオロジーによる新時代の医学医療2018

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 早野崇英
    • 雑誌名

      Jpanaese Journal of Radiological Technology

      巻: 74 ページ: 1343-1351

    • NAID

      130007519682

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 生理機能の多階層ハイブリッドモデリングを実現するモデリングプラットフォーム2016

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 北野宏明.
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 56 号: 2 ページ: 120-124

    • DOI

      10.2142/biophys.56.120

    • NAID

      130005140945

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] PhysioDesignerによる生理機能の多階層モデリング2016

    • 著者名/発表者名
      浅井義之, 安部武志, 北野宏明.
    • 雑誌名

      日本薬理学雑誌

      巻: 147 号: 2 ページ: 114-119

    • DOI

      10.1254/fpj.147.114

    • NAID

      130005125655

    • ISSN
      0015-5691, 1347-8397
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Towards creating an engine of scientific discovery2018

    • 著者名/発表者名
      Samik Ghosh, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      INCF Japan Node International Workshop: Advances in Neuroinformatics (AINI) 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Innovative Projects of Yamaguchi University Graduate School of Medicine2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Michihiro Nakamura, Tadashi Nishio, Makoto Furutani-Seiki
    • 学会等名
      12th International Symposium on Nanomedicine 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Granger causality to reveal functional connectivity in the mouse basal ganglia-thalamocortical circuit.2018

    • 著者名/発表者名
      Alessandra Lintas, Takeshi Abe, Alessandro E. P. Villa, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Artificial Neural Networks
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Functional interactions among neural assemblies based on frequency-domain analysis2018

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Takahide Hayano, Manon Jaquerod, Alessandra Lintas, Alessandro E.P. Villa
    • 学会等名
      Neural Coding 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A Branch-and-Bound Method of Grid Search to Eestimate Parameters of Biological Models2018

    • 著者名/発表者名
      Takeshi Abe, Yoshiyuki Asai
    • 学会等名
      40th International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] PhysioDesigner による多階層モデリングとその応用2017

    • 著者名/発表者名
      浅井義之、安部武志、李俐、北野宏明
    • 学会等名
      JSBi九州地域部会セミナー
    • 発表場所
      山口県、下関市(海峡メッセ)
    • 年月日
      2017-02-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] フィジオーム・システムバイオロジーにおける汎用的多階層モデル構築基盤の開発2016

    • 著者名/発表者名
      浅井義之
    • 学会等名
      第31回生体・生理工学シンポジウム
    • 発表場所
      大阪府、大阪市(大阪国際交流センター)
    • 年月日
      2016-11-03
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A versatile platform for multilevel modeling of physiological systems: integration of time series data2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe, Li Li and Hiroaki Kitano
    • 学会等名
      15th European Conference on Computational Biology
    • 発表場所
      THE HAGUE, NETHERLANDS
    • 年月日
      2016-09-03
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [産業財産権] インタラクティブシミュレーションシステム、シミュレータ、インタラクティブシミュレーション方法、および、インタラクティブシミュレーションプログラム2019

    • 発明者名
      浅井義之、安部武志
    • 権利者名
      国立大学法人山口大学、学校法人沖縄科学技術大学院大学学園
    • 産業財産権種類
      特許
    • 出願年月日
      2019
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2023-01-30  

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