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沿岸内在性十脚甲殻類の網羅的探索:環境DNAによるモニタリングに向けた基盤形成

研究課題

研究課題/領域番号 16K07494
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関千葉県立中央博物館

研究代表者

駒井 智幸  千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員(移行) (20260242)

研究分担者 宮 正樹  千葉県立中央博物館, その他部局等, 研究員(移行) (30250137)
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2017年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2016年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
キーワード環境DNA / 十脚目甲殻類 / 分類 / プライマー / 16S rRNA / メタバーコーディング / 十脚甲殻類 / 生物相 / モニタリング / プライマー設計 / 新種 / 分類学的再検討 / 種多様性 / 分類学
研究成果の概要

地域の生物相を明らかにするには、採集調査を実施し、集めた標本を同定するという一連の作業が必須であった。さらに水生生物については、採集調査には水中に潜って観察したり、網などの道具・機材を使って採集したりなど、大きな労力と費用に加えて長期間にわたる調査が必要であった。種同定には高度に専門的な知識や経験が必要とされてきた。
本研究では、生物由来の「環境DNA」に注目し、十脚目甲殻類を対象として種の同定を可能とするDNAの塩基配列を特定し、それを増幅するためのPCRプライマーを開発した。バケツ一杯の水を解析すれば、その中に含まれるDNA断片からエビ・カニ類の種を検出することができるようになったのである。

研究成果の学術的意義や社会的意義

今回開発した技術では、1回の分析で1,000サンプル以上(1,000箇所以上の水)のデータを得ることが可能であり、ある場所にどんなエビ・カニ類がいるのか調べることが大幅に簡略化されることが期待される。さらに、深海や未踏の地など生物相が明らかになっていない水域で調査を行えば、未知の種類を検出する可能性が高い。あるいは、これまでに知られていた種類でも新しい生息地を発見することが可能になると考えられる。環境アセスメントや外来種のモニタリングなど、今後幅広く応用されることが期待される。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (12件) (うち査読あり 12件、 オープンアクセス 2件)

  • [雑誌論文] Development of a new set of PCR primers for eDNA metabarcoding from decapod crustaceans2019

    • 著者名/発表者名
      Komai, T., R.O. Goto, T. Sado & M. Miya
    • 雑誌名

      Metabarcoding and Metagenomics

      巻: 3 ページ: 1-19

    • DOI

      10.3897/mbmg.3.33835

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A new genus for “Neocallichirus” grandis Karasawa & Goda, 1996, a ghost shrimp species (Decapoda: Axiidea: Callianassidae) heretofore known only by fossil materials2019

    • 著者名/発表者名
      Komai, T., H. Yokooka, Y. Henmi & G. Itani
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4604 号: 3 ページ: 461-481

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4604.3.4

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Redescription and new records of a poorly known leucosiid crab, Pseudophilyra punctulata Chen & Ng, 2003, and description of a new species of Pseudophilyra from Japan (Crustacea: Decapoda: Brachyura)2019

    • 著者名/発表者名
      Komai, T., M. Shimetsugu & P.K.L. Ng
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4550 号: 2 ページ: 251-267

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4550.2.6

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Three new species of the pandalid shrimp genus Pandalopsis Spence Bate, 1888 (Crustacea: Decapoda: Caridea) from the southwestern Sea of Okhotsk, with supplemental note on P. glabra Kobjakova, 19362019

    • 著者名/発表者名
      Komai, T. & M. Hibino
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4545 号: 1 ページ: 1-31

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4545.1.1

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new genus and new species assigned to Macrophthalmidae (Decapoda: Brachyura: Thoracotremata) from the Ryukyu Islands, Japan2018

    • 著者名/発表者名
      Komai, T. & Y. Fujita
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4531 号: 1 ページ: 109-116

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4531.1.5

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new species of the ghost shrimp genus Neocallichirus Sakai, 1988 from Iran, and new record of N. manningi Kazmi & Kazmi, 1992 (Decapoda: Axiidea: Callianassidae)2018

    • 著者名/発表者名
      Sepahvand, V., T. Komai, F. Montazi & S. Shahabi
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4527 号: 2 ページ: 239-254

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4527.2.5

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new deep-sea species of the snapping shrimp genus Alpheus Fabricius, 1798 (Decapoda: Caridea: Alpheidae) from Kagoshima Bay, Japan2018

    • 著者名/発表者名
      Komai, T. & J. Ohtomi
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4434 号: 1 ページ: 99-110

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4434.1.6

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Records of the callianassid ghost shrimp Lepidophthalmus tridentatus (von Martens, 1869) (Crustacea: Decapoda: Axiidea: Callianassidae) from the Ryukyu Islands, Japan2018

    • 著者名/発表者名
      Komai, T., M. Osawa, T. Maenosono, Y. Fujita & T. Naruse
    • 雑誌名

      Fauna Ryukyuana

      巻: 42 ページ: 9-27

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A new species of the alpheid shrimp genus Thuylamea Nguyen, 2001 (Crustacea: Decapoda: Caridea) from the Yatsushiro Sea, Kyushu, Japan2018

    • 著者名/発表者名
      Komai, T.
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4378 号: 3

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4378.3.7

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A new genus and new species of alpheid shrimp from marine cave of the Ryukyu Islands, Japan, with additional record of Salmoneus antricola Komai, Yamada & Yunokawa, 2015 (Crustacea: Decapoda: Caridea).2018

    • 著者名/発表者名
      Komai, T. & Fujita, Y.
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4369 号: 4 ページ: 575-586

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4369.4.7

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gebiacantha sagamiensis, a new species of upogebiid shrimp (Crustacea: Decapoda: Gebiidea) from Sagami Bay, central Japan2017

    • 著者名/発表者名
      Komai, T.
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4263 号: 3 ページ: 578-586

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4263.3.9

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Gilvossius chichijimaensis Sakai, 2015 (Crustacea: Decapoda: Axiidea: Callianassidae), a junior subjective synonym of Paratrypaea bouvieri (Nobili, 1904)2017

    • 著者名/発表者名
      Komai, T.
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4291 号: 2 ページ: 391-395

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4291.2.11

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書 2016 実施状況報告書
    • 査読あり

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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