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表現形質の異常を高精度に検出可能な手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K14600
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 実験動物学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

田中 信彦  国立研究開発法人理化学研究所, バイオリソース研究センター, 開発研究員 (10525596)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 2,990千円 (直接経費: 2,300千円、間接経費: 690千円)
2016年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
キーワードマウス / 表現型 / フェノーム / オミックス / アソシエーション分析 / 相関ルール / 評価技術 / 遺伝学 / 統計学 / 異常検知 / 疾患
研究成果の概要

本研究は、マウスの表現型(ヒトの病気の症状に相当)間の関係性について、これまでで最高品質かつ最大規模のデータを提示した。具体的には、345種類の表現型、60種類の生物学的機能で構成される、3,686種類の表現型間の関係性を提示した。さらに、これらのデータの理解を助けるために、345種類の各表現型について、例えば、「血糖値が異常であるとき、他にどのような表現型の異常が生じるか?」をノード(表現型)とエッジ(関係性)で表示することができるアプリを開発し、インターネット上で公開した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で得られた、実験結果に基づくマウス表現型間の関係性のデータセットは、その正確性と網羅性でこれまでの報告を圧倒するものあり、哺乳動物の表現型間の関係性についての研究者間での共通認識のための参照用データセットして提示される。これらのデータセットは、ヒトの病気の症状の理解を深めることに役立つとともに、現在進展しているトランスオミックスの研究分野(遺伝子発現から病気の症状が現れるまでの、生体内分子を網羅的に調べる研究分野)でのフェノーム(病気の症状の総体)の参照用データセットとしての使用が期待される。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2018 2017 2016 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うちオープンアクセス 1件) 学会発表 (4件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Mouse phenome as biological resource2018

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Nobuhiko、Masuya Hiroshi
    • 雑誌名

      Impact

      巻: 2018 号: 12 ページ: 93-95

    • DOI

      10.21820/23987073.2018.12.93

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • オープンアクセス
  • [学会発表] マウス表現型間の関係性の全体像の提示2018

    • 著者名/発表者名
      田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会(口頭発表)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] マウス表現型間の関係性の全体像の提示2018

    • 著者名/発表者名
      田中信彦、桝屋啓志
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会(ポスター発表)
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] An atlas of association rules across mouse phenotypes2017

    • 著者名/発表者名
      田中信彦
    • 学会等名
      2017年度生命科学系学会合同年次大会(ConBio2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 網羅的マウス表現型データのアソシエーション分析による表現形質間の関係性の提示と予測2016

    • 著者名/発表者名
      田中信彦
    • 学会等名
      第39回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜
    • 年月日
      2016-11-30
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [備考] マウスの表現型間の関係性を可視化するアプリケーション

    • URL

      https://brc-riken.shinyapps.io/phenotypic_associations_across_the_mouse_phenome/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] マウスの表現型間の関係性を可視化するアプリケーション

    • URL

      https://brc-riken.shinyapps.io/associations_between_biological_systems/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2020-03-30  

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