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核内クロマチン構造のフラクタル次元と核内温度の同時イメージング技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 16K14655
研究種目

挑戦的萌芽研究

配分区分基金
研究分野 システムゲノム科学
研究機関国立研究開発法人理化学研究所 (2017)
広島大学 (2016)

研究代表者

新海 創也  国立研究開発法人理化学研究所, 生命システム研究センター, 研究員 (60547058)

研究分担者 菅原 武志  広島大学, 理学研究科, 特任助教 (60713005)
連携研究者 岡部 弘基  東京大学, 薬学系研究科, 助教 (20455398)
落合 博  広島大学, 理学研究科, 特任講師 (60640753)
研究協力者 武田 駿介  
研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2018-03-31
研究課題ステータス 完了 (2017年度)
配分額 *注記
3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2017年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2016年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワードクロマチン構造 / フラクタル次元 / 蛍光寿命イメージング / 染色体構造 / 温度イメージング
研究成果の概要

ヒトの全長2メートルのDNAはわずか10マイクロメートルのサイズの核の中に収納されています。それが空間的にどれくらい凝縮しているかを定量化するため、我々は核内クロマチンのフラクタル次元という数理的な指標を計測・イメージングすることに挑戦しました。その計測原理は、クロマチン上に二種類の蛍光色素を導入して、その間にクロマチン構造のフラクタル次元に依存したエネルギー移動を生じさせることです。我々はこの原理を使ってクロマチン構造のフラクタル次元をイメージングすることに成功しました。

報告書

(3件)
  • 2017 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件)

  • [雑誌論文] Bridging the dynamics and organization of chromatin domains by mathematical modeling2017

    • 著者名/発表者名
      Shinkai S, Nozaki T, Maeshima K, Togashi Y
    • 雑誌名

      Nucleus

      巻: 印刷中 号: 4 ページ: 353-359

    • DOI

      10.1080/19491034.2017.1313937

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dynamic Nucleosome Movement Provides Structural Information of Topological Chromatin Domains in Living Human Cells2016

    • 著者名/発表者名
      Shinkai S, Nozaki T, Maeshima K, Togashi Y
    • 雑誌名

      PLoS Comput Biol

      巻: 12 号: 10 ページ: e1005136-e1005136

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1005136

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] クロマチン動態と構造をつなぐ数理2017

    • 著者名/発表者名
      新海創也
    • 学会等名
      生命動態の分子メカニズムと数理
    • 発表場所
      理研QBiC(大阪府)
    • 年月日
      2017-03-17
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Bridging the dynamics and organization of chromatin domains by mathematical modeling2017

    • 著者名/発表者名
      Soya Shinkai
    • 学会等名
      5th International Symposium of the Mathematics on Chromatin Live Dynamics
    • 発表場所
      東広島
    • 年月日
      2017-03-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 数理で解き明かすクロマチン動態と構造の関係2017

    • 著者名/発表者名
      新海創也
    • 学会等名
      理研公開シンポジウム「観る・測る・ 解く」 4 次元細胞計測の現状と未来
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Bridging the gap between th dynamics and organization of chromatin domains by mathematical modeling2017

    • 著者名/発表者名
      Soya Shinkai
    • 学会等名
      Taiwan-Japan Joint Meeting on Bioimaging for Young researchers -Resonance Bio - Academia Sinica - 4D Cell -
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 細胞内温度を記述する術を我々は手にしているか?2016

    • 著者名/発表者名
      新海創也
    • 学会等名
      第1 回Biothermology Workshop
    • 発表場所
      基礎生物学研究所(岡崎市)
    • 年月日
      2016-12-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Dynamic nucleosome movement provides structural information of topological chromatin domains in living human cells2016

    • 著者名/発表者名
      Soya Shinkai, Tadasu Nozaki, Kazuhiro Maeshima, Yuichi Togashi
    • 学会等名
      2016 Workshop on DNA Reactions and DNA/Chromosome Dynamics
    • 発表場所
      Marine Biological Laboratory, USA
    • 年月日
      2016-09-11
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 核内クロマチン動態とクロマチンドメイン構造をつなぐモデルのデザインと実験との融合2016

    • 著者名/発表者名
      新海創也, 野崎慎, 前島一博, 冨樫祐一
    • 学会等名
      CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」研究領域第6回数理デザイン道場
    • 発表場所
      三島
    • 年月日
      2016-06-13
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] 染色体の動的階層性2016

    • 著者名/発表者名
      新海創也
    • 学会等名
      細胞システムの動態と論理VIII
    • 発表場所
      理化学研究所(和光市)
    • 年月日
      2016-04-14
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2016-04-21   更新日: 2019-03-29  

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