| 研究課題/領域番号 |
16K16146
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| 研究種目 |
若手研究(B)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 名古屋大学 |
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研究代表者 |
松井 佑介 名古屋大学, 医学系研究科(保健), 准教授 (90761495)
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| 研究期間 (年度) |
2016-04-01 – 2019-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2018年度)
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| 配分額 *注記 |
3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2016年度: 2,600千円 (直接経費: 2,000千円、間接経費: 600千円)
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| キーワード | がんサブクローン進化 / 生命情報学 / 統計科学 / 木構造値データ解析 / バイオインフォマティクス / がんのサブクローン進化 / 分類手法 / 多領域シークエンシング / 次世代シークエンサー / ゲノム解析 / 多領域シークエンシグ / がんゲノム / 腫瘍内不均一性 / 腫瘍間不均一性 / 木構造値データ / クラスタリング / 生体生命情報学 |
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| 研究成果の概要 |
本研究では, 一検体のがんから複数の異なる部位の遺伝子変異を次世代シークエンサーを用いて調べることで, 検体内においてサブクローンがどのような過程で進化したかを推定し, 多数検体から得られるサブクローン進化の違いを定量化することで, 対象群をがん進化の観点から特徴付けることを目的とした。今後データが増えていく中で、サブクローン進化構造の特徴に基づく患者の特徴付けを行い、臨床情報と組み合わせることにより治療抵抗性に関わるがんのサブクローン進化構造の同定が期待できる。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究では, 一検体のがんから複数の異なる部位の遺伝子変異を次世代シークエンサーを用いて調べることで, 検体内においてサブクローンがどのような過程で進化したかを推定し, 多数検体から得られるサブクローン進化の違いを定量化することで, 対象群をサブクローン進化の類似性に基づきクラスタリングする解析手法を開発した. 数値シミューレション実験でその有効性を検証したとともに、実際に8名の淡明細胞腎細胞がんおよび11名の非小細胞肺がんを本手法により解析した結果, 同定したサブグループが再発性と薬剤感受性の特徴を持っていることが明らかになった.
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