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細胞の幾何学的構造に基づくパターン形成の解明

研究課題

研究課題/領域番号 16K17643
研究種目

若手研究(B)

配分区分基金
研究分野 数学基礎・応用数学
研究機関広島大学

研究代表者

李 聖林  広島大学, 理学研究科, 准教授 (50620069)

研究期間 (年度) 2016-04-01 – 2019-03-31
研究課題ステータス 完了 (2018年度)
配分額 *注記
3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2018年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
2016年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワードパターン形成 / 反応拡散系 / 非対称細胞分裂 / 細胞質の極性形成 / 細胞の分化機能 / Phase-field method / 数理モデル / 数値解析
研究成果の概要

本研究課題では、細胞の幾何学的構造を反映した上で細胞内・外の分子の動態を詳細に記述できる多細胞の新しいモデリング手法の実現と開発を目指してきた。その結果、Multi-phasefield法と反応拡散系を組み合わせる新しい数理モデリング手法の構築に成功し、(まずは細胞の動的な変形を入れてない条件の元で)細胞のサイズや形が側方抑制のパターン形成に極めて重要な役割を果たしている可能性を突き止めた。本研究結果は、細胞の物理的・幾何学的性質の制御が、何らかの仕組みを通じて自発的なパターン形成を制御し、細胞の機能決定に関与をしている可能性を示すことができた.

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の数理モデル又はマルチスケールモデル化は、主体となる蛋白質の動態を記述する事だけに注目した手法を用いており、蛋白質がおかれている場(又は環境)である「細胞」の幾何学的特徴を完全に無視してきた。そこで本研究のモデル化では多細胞において細胞の幾何学的構造をきちんと反映した上で細胞内又は 細胞間の分子ダイナミクスを観察できるモデル化手法の開発は世界初である。今後、このモデル化と研究の発展によって細胞の幾何学的特性とパターン形成の関連性を特定することができ、パターン形成理論の発展のみならず、細胞機能を遺伝子操作ではない方法で制御できるという新たな細胞制御理論の可能性を提示できたと考える。

報告書

(4件)
  • 2018 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2017 実施状況報告書
  • 2016 実施状況報告書
  • 研究成果

    (41件)

すべて 2019 2018 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (3件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 3件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (29件) (うち国際学会 12件、 招待講演 17件) 備考 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [国際共同研究] University of Oxford(英国)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [国際共同研究] Harbin Institute of Technology(中国)

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [雑誌論文] フェーズフィールド法と生命科学への応用2018

    • 著者名/発表者名
      LEE S. Seirin、KOBAYASHI Ryo
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 58 号: 4 ページ: 216-219

    • DOI

      10.2142/biophys.58.216

    • NAID

      130007420532

    • ISSN
      0582-4052, 1347-4219
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Dynamics of Localized Unimodal Patterns in Reaction-Diffusion Systems for Cell Polarization by Extracellular Signaling2018

    • 著者名/発表者名
      Kuwamura Masataka、Seirin-Lee Sungrim、Ei Shin-ichiro
    • 雑誌名

      SIAM Journal on Applied Mathematics

      巻: 78 号: 6 ページ: 3238-3257

    • DOI

      10.1137/18m1163749

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Role of domain in pattern formation2017

    • 著者名/発表者名
      Seirin-Lee Sungrim
    • 雑誌名

      Development, Growth & Differentiation

      巻: 59 号: 5 ページ: 396-404

    • DOI

      10.1111/dgd.12377

    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [雑誌論文] A New Application of the Phase-field Method for Understanding the Reorganization Mechanisms of Nuclear Architecture2017

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee, S. Tashiro, A. Awazu, R. Kobayashi
    • 雑誌名

      Journal of Mathematical Biology

      巻: 74 号: 1-2 ページ: 333-354

    • DOI

      10.1007/s00285-016-1031-3

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Bifurcation Analysis of Turing Pattern Formation Induced by Delay and Diffusion in The Schnakenberg System2017

    • 著者名/発表者名
      F. Yi., E.A. Gaffney, S. Seirin-Lee
    • 雑誌名

      Discrete and Continuous Dynamical Systems-B

      巻: 22 号: 2 ページ: 647-668

    • DOI

      10.3934/dcdsb.2017031

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Positioning of polarity formation by extracellular signal during asymmetric cell division2016

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 400 ページ: 52-64

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2016.04.004

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Lateral Inhibition-Induced Pattern Formation Controlled by the Size and Geometry of the Cell2016

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee
    • 雑誌名

      Journal of Theoretical Biology

      巻: 404 ページ: 51-65

    • DOI

      10.1016/j.jtbi.2016.05.025

    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 生命科学の美と不思議、そして謎解き屋の反応拡散方程式2019

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      数学のパワーが世界を変える研究会2019
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 生命科学の新たな道を開く数理理論2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本皮膚科学会総会 , 会頭特別企画「皮膚科学の時空」
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Cell, shape, pattern formation, and the modeling tool for describing all of them2018

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      The 3rd A3 international workshop on mathematical and life sciences
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Shape, length and location of PAR polarity in asymmetric cell division2018

    • 著者名/発表者名
      S.Seirin-Lee
    • 学会等名
      2018 Annual Meeting of JSMB & SMB, Mini-symposium「Cell polarity and pattern formation」
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Pattern formation induced by a domain deformation2018

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin-Lee
    • 学会等名
      ECMTB2018 conference
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 生命科学の新たな可能性を開く数理2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      武蔵野大学数理工学シンポジウム2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 細胞極性形成における位置決定の仕組(1)数理モデル2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      生物数学の理論とその応用
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Pattern formation induced by a domain deformation2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      The 3rd international conference on the dynamics of differential equations
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 非対称細胞分裂における極性形成2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      研究会「反応拡散系と実験の融合」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 蕁麻疹のミステリを解いた反応拡散方程式2018

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      非線形現象の数値シミュレーションと解析2018,
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 非対称細胞分裂におけるパターン形成と数理的問題2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本数学会年会
    • 発表場所
      首都大学東京
    • 年月日
      2017-03-24
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] Life Sciences and Reaction-Diffusion System2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      KAIST PDE seminar
    • 発表場所
      KAIST, Korea
    • 年月日
      2017-03-10
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 遺伝子発現の「時間遅れ」を入れると「Turingパターン」はどう変化するのか2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      芝浦工大数理科学科談話会
    • 発表場所
      埼玉
    • 年月日
      2017-01-25
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A new application of phase-field method in multicellular pattern formation2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      The workshop for Phase-field method and modeling
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A mystery of remodeling process in nuclear architecture2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      A3 Workshop on Interdisciplinary research connecting mathematics and biology, NIMS Daejeon Korean
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A challenging interdisciplinary approach to elucidate a mystery of remodeling process in nuclear architecture2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      Nonlinear Analysis, PDEs, and Applications
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A challenging interdisciplinary approach to elucidate a mystery of remodeling process in nuclear architecture2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      CSIAM, A3 International Workshop, Qingtao
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Pattern formation induced by a domain deformation: A mystery of remodeling process in nuclear architecture2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      MIMS International Workshop on "Modeling and Numerical Analysis of Nonlinear Phenomena: Fluid Dynamics, Motion of Interfaces, and Cell Biology
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 動的変形ドメインによるパターン形成2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      京都大学応用数学セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 生命現象におけるドメインの役割2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      京都駅前セミナー
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] The story of reaction-diffusion system2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      Qualitative Theory on Nonlinear Partial Differential Equations
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 極少データからの数理モデルへの挑戦:蕁麻疹のパターン形成2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本数理生物学会年会 2017
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 生命現象に現れる反応拡散方程式と無限のパターンダイナミクス2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      RIMS 研究集会「非線形現象と反応拡散方程式」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Phase-field 法を用いた多細胞パターン形成の数理モデル2017

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      RIMS研究会「数値解析学の最前線 ---理論・方法・応用---」
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] 非対称細胞分裂におけるパターン形成と数理的問題2016

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      応用数学合同研究集会
    • 発表場所
      龍谷大学
    • 年月日
      2016-12-15
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
  • [学会発表] A challenging interdisciplinary approach to elucidate a mystery of remodeling process in nuclear architecture2016

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee
    • 学会等名
      International Conference for the 70th Anniversary of KSM
    • 発表場所
      Seoul, Korea
    • 年月日
      2016-10-21
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 核内パターン形成における動的変形空間の役割2016

    • 著者名/発表者名
      李聖林
    • 学会等名
      日本応用数理学会年会2016 研究部会OS「数理医学」
    • 発表場所
      小倉
    • 年月日
      2016-09-12
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] A challenging interdisciplinary approach to elucidate a mystery of remodeling process in nuclear architecture2016

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee
    • 学会等名
      JSMB annual meeting
    • 発表場所
      福岡
    • 年月日
      2016-09-07
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Lateral inhibition-induced pattern formation controlled by the size and geometry of the cell2016

    • 著者名/発表者名
      S. Seirin Lee
    • 学会等名
      ECMTB2016
    • 発表場所
      Nottingham, UK
    • 年月日
      2016-07-11
    • 関連する報告書
      2016 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [備考] ResearcherID : A-4547-2018

    • URL

      https://publons.com/researcher/1990115/sungrim-seirin-lee/

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] The 3rd A3 international workshop on mathematical and life sciences2018

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書

URL: 

公開日: 2016-04-21   更新日: 2022-02-22  

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