分子バーコード法を用いた自己炎症性疾患の低頻度モザイク検出パイプラインの構築

• 研究課題/領域番号: 16K19640
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 小児科学
• 研究機関: 京都大学
• 研究代表者: 井澤 和司 京都大学, 医学研究科, 助教 (90634931)
• 研究期間 (年度): 2016-04-01 – 2019-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2018年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円); 2018年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2016年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
• キーワード: 自己炎症性疾患 / 遺伝子変異 / モザイク変異 / 分子バーコード / 遺伝子欠失 / 遺伝子重複 / 遺伝子 / 遺伝子診断 / 医療

研究成果の概要

自己炎症性疾患は、原発性免疫不全のひとつに分類され、主に自然免疫分子の遺伝子異常によって生じる遺伝性疾患である。一部の自己炎症性疾はモザイク変異によって発症する。通常のサンガーシーケンスでは低頻度のモザイク変異の検出は困難である。そのため次世代シーケンサーを用いることが多いが、臨床レベルで用いるためには正確な検出が必須である。
我々は、分子バーコード法を用いることで、既知のモザイク変異を正確に検出することが可能であった。また、欠失やコピー数異常を検出する系の構築を目指して研究を継続している。

研究成果の学術的意義や社会的意義

臨床の現場では、幼少期から自己炎症性疾患と類似の症状を呈するが、遺伝子変異が検出されない例を多数経験する。これらの疾患の中には、新規責任遺伝子を同定するために全エクソーム検査が行われることが増えてきているが、それでも原因遺伝子が同定されないことが多い。その中には低頻度モザイク変異や遺伝子の欠失・コピー数異常により発症している疾患がまぎれている可能性がある。
本研究において低頻度モザイク変異や遺伝子の欠失・コピー数異常を高い精度で検出可能な系を確立させることで、これまで未診断となっていた患者の診断・治療に寄与できると考えられる。

研究成果

• [雑誌論文] Rescue of recurrent deep intronic mutation underlying cell type-dependent quantitative NEMO deficiency. (2019)
  • 著者名/発表者名: Boisson B, Honda Y, Ajiro M, Bustamante J, Bendavid M, Gennery AR, Kawasaki Y, Ichishima J, Osawa M, Nihira H, Shiba T, Tanaka T, Chrabieh M, Bigio B, Hur H, Itan Y, Liang Y, Okada S, Izawa K, Nishikomori R, Ohara O, Heike T, et al.
  • 雑誌名: J Clin Invest. 巻: 1;129(2) ページ: 583-597
  • 査読あり
• [雑誌論文] Expanding clinical spectrum of autosomal dominant pyrin-associated autoinflammatory disorder caused by the heterozygous MEFV p.Thr577Asn variant. (2019)
  • 著者名/発表者名: Nakaseko H, Iwata N, Izawa K, Shibata H, Yasuoka R, Kohagura T, Abe N, Kawabe S, Nishikomori R.
  • 雑誌名: Rheumatology (Oxford). 巻: 1;58(1) ページ: 182-184
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive molecular diagnosis of Epstein-Barr virus-associated lymphoproliferative diseases using next-generation sequencing. (2018)
  • 著者名/発表者名: Ono S, Nakayama M, Kanegane H, Hoshino A, Shimodera S, Shibata H, Fujino H, Fujino T, Yunomae Y, Okano T, Yamashita M, Yasumi T, Izawa K, Takagi M, Imai K, Zhang K, Marsh R, Picard C, Latour S, Ohara O, Morio T.
  • 雑誌名: Int J Hematol. 巻: 108(3) ページ: 319-328
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characterization of a large UNC13D gene duplication in a patient with familial hemophagocytic lymphohistiocytosis type 3. (2018)
  • 著者名/発表者名: Hiejima E, Shibata H, Yasumi T, Shimodera S, Hori M, Izawa K, Kawai T, Matsuoka M, Kojima Y, Ohara A, Nishikomori R, Ohara O, Heike T.
  • 雑誌名: Clin Immunol. 巻: 191 ページ: 63-66
  • 査読あり
• [雑誌論文] Human CTL-based functional analysis shows the reliability of a munc13-4 protein expression assay for FHL3 diagnosis. (2018)
  • 著者名/発表者名: Shibata H, Yasumi T, Shimodera S, Hiejima E, Izawa K, Kawai T, Shirakawa R, Wada T, Nishikomori R, Horiuchi H, Ohara O, Ishii E, Heike T.
  • 雑誌名: Blood. 巻: 3;131(18) ページ: 2016-2025
  • 査読あり
• [雑誌論文] Fever of unknown origin with rashes in early infancy is indicative of adenosine deaminase type 2 deficiency (2017)
  • 著者名/発表者名: Nihira H、Nakagawa K、Izawa K、Kawai T、Yasumi T、Nishikomori R、Nambu M、Miyagawa-Hayashino A、Nomura T、Kabashima K、Ito M、Iwaki-Egawa S、Sasahara Y、Nakayama M、Heike T
  • 雑誌名: Scandinavian Journal of Rheumatology 巻: 47 号: 2 ページ: 170-172
  • DOI: 10.1080/03009742.2017.1324912
  • 査読あり
• [雑誌論文] Accurate clinical genetic testing for autoinflammatory diseases using the next-generation sequencing platform MiSeq (2017)
  • 著者名/発表者名: Nakayama Manabu、Oda Hirotsugu、Nakagawa Kenji、Yasumi Takahiro、Kawai Tomoki、Izawa Kazushi、Nishikomori Ryuta、Heike Toshio、Ohara Osamu
  • 雑誌名: Biochemistry and Biophysics Reports 巻: 9 ページ: 146-152
  • DOI: 10.1016/j.bbrep.2016.12.002
  • NAID: 120006355733
  • 査読あり
• [学会発表] 意義不明なMEFV遺伝子の変異/SNPが疾患発症に関連するかの評価系の検討 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中 孝之, 芝 剛, 西小森 隆太, 井田 弘明, 柴田 洋史, 井澤 和司, 八角 高裕, 齋藤 潤, 平家 俊男
  • 学会等名: 日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page86(2018.10)
• [学会発表] 反復性高サイトカイン血症、慢性炎症を呈したKARS遺伝子異常症の1例 (2018)
  • 著者名/発表者名: 仁平 寛士, 井澤 和司, 伊佐 真彦, 芝 剛, 本田 吉孝, 下寺 佐栄子, 柴田 洋史, 田中 孝之, 八角 高裕, 矢野 直子, 舞鶴 賀奈子, 吉田 健司, 横山 淳史, 村山 圭, 小原 収, 西小森 隆太
  • 学会等名: 日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page73(2018.10)
• [学会発表] Self-limitedであったNLRC4の新規SNP変異を持つ女児例 (2018)
  • 著者名/発表者名: 楠田 政輝, 井澤 和司, 山崎 雄一, 久保田 知洋, 野中 由希子, 嶽崎 智子, 今中 啓之, 武井 修治, 山遠 剛, 芝 剛, 西小森 隆太, 平家 俊男, 河野 嘉文
  • 学会等名: 日本小児リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集28回 Page71(2018.10)
• [学会発表] 自己炎症症候群 インフリキシマブが二次無効となったADA2欠損症の乳児例 (2018)
  • 著者名/発表者名: 山田 早紀, 井澤 和司, 西谷 真彦, 仁平 寛士, 柴田 洋史, 田中 孝之, 河合 朋樹, 八角 高裕, 西小森 隆太
  • 学会等名: 日本リウマチ学会総会・学術集会プログラム・抄録集62回 Page461(2018.03)
• [学会発表] 患者由来iPS細胞を用いた家族性地中海熱の病態解明 (2018)
  • 著者名/発表者名: 田中 孝之, 西小森 隆太, 井田 弘明, 柴田 洋史, 井澤 和司, 河合 朋樹, 八角 高裕, 齋藤 潤, 平家 俊男
  • 学会等名: 日本小児科学会雑誌(0001-6543)122巻2号 Page255(2018.02)
• [学会発表] 本邦におけるAdenosine Deaminase 2欠損症の臨床的および遺伝学的解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 笹原 洋二, 井澤 和司, 梅林 宏明, 中野 直子, 金兼 弘和, 森尾 友宏, 平家 俊男, 呉 繁夫
  • 学会等名: 日本小児科学会雑誌(0001-6543)122巻2号 Page255(2018.02)
• [学会発表] Early Diagnosis of an Infant with DADA2-Japanese Cohort (2018)
  • 著者名/発表者名: Kazushi Izawa, Hiroshi Nihira, Takahiro Yasumi, Ryuta Nishikomori
  • 学会等名: The Second International Conference on Deficiency of ADA2
  • 国際学会 / 招待講演
• [図書] 【自己炎症性疾患における最近の展開】 自己炎症性疾患の診療ガイドライン (2019)
  • 著者名/発表者名: 井澤 和司(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 西小森 隆太
  • 総ページ数: 3
  • 出版者: 先端医学社
• [図書] 【小児疾患の診断治療基準】 (第2部)疾患 アレルギー性疾患、自己免疫・リウマチ性疾患(膠原病) 自己炎症症候群 (2018)
  • 著者名/発表者名: 西小森 隆太(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 井澤 和司
  • 総ページ数: 3
  • 出版者: 東京医学社
• [図書] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 アデノシンデアミナーゼ-2(ADA2)欠損症 (2018)
  • 著者名/発表者名: 井澤 和司(京都大学医学部附属病院 小児科), 仁平 寛士, 西小森 隆太
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: 日本臨床社
• [図書] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 蕁麻疹様皮疹を伴う自己炎症性疾患 ホスホリパーゼCγ2関連抗体欠損・免疫異常症(PLAID)、Schnitzler症候群など (2018)
  • 著者名/発表者名: 本田 吉孝(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学), 井澤 和司, 西小森 隆太
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 日本臨床社
• [図書] 【自己炎症性疾患-最新の基礎・臨床知見-】 狭義の自己炎症性疾患 インターロイキンI受容体拮抗分子欠損症、NLRP12関連周期熱症候群、H症候群 (2018)
  • 著者名/発表者名: 柴田 洋史(京都大学 大学院医学研究科発達小児科学講座), 井澤 和司, 西小森 隆太
  • 総ページ数: 6
  • 出版者: 日本臨床社
• [図書] 【自己炎症性疾患-病態解明から診療体制の確立まで】 病態解明・治療法確立にむけての新展開 アデノシンデアミナーゼ-2(ADA2)欠損症 (2018)
  • 著者名/発表者名: 井澤 和司(京都大学医学部附属病院 小児科), 仁平 寛士, 西小森 隆太
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: 医歯薬出版