生体分子パスウェイ・ネットワークの定量計測技術と攪乱法の開発

• 研究課題/領域番号: 17017004
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 伊藤 隆司 東京大学, 大学院・理学系研究科, 教授 (90201326)
• 研究分担者: 住本 英樹 九州大学, 大学院・医学系研究科, 教授 (30179303) ; 紀藤 圭治 明治大学, 農学部, 講師 (40345632)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 104,000千円 (直接経費: 104,000千円); 2009年度: 21,700千円 (直接経費: 21,700千円); 2008年度: 21,600千円 (直接経費: 21,600千円); 2007年度: 21,400千円 (直接経費: 21,400千円); 2006年度: 21,100千円 (直接経費: 21,100千円); 2005年度: 18,200千円 (直接経費: 18,200千円)
• キーワード: 転写開始点 / 次世代シーケンサ / 定量プロテオミクス / ユビキチン化 / FRET / 遺伝子発現 / GIS-PET / ゲノム / トランスクリプトーム / プロテオーム / 定量性 / 454シークエンサ / 非コードRNA / 安定同位元素標識 / 質量分析 / 代謝物 / 蛋白質問相互作用 / リン酸化 / 質最分析 / 定量 / 蛋白質間相互作用

研究概要

生体分子パスウェイ・ネットワークの動態を理解する基盤として、次世代シーケンシングを用いた遺伝子発現の絶対定量法、質量分析を用いたタンパク質間相互作用の絶対定量法および定量ユビキチン化プロテオーム解析法、FRETを用いた細胞内代謝物のリアルタイム解析法を開発した。

研究成果

• [雑誌論文] Remodeling of the SCF complex-mediated ubiquitination system by compositional alteration of incorporated F-box proteins (2010)
  • 著者名/発表者名: Kato, M., Kito, K., Ota, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 10 ページ: 115-123
  • 査読あり
• [雑誌論文] Remodeling of the SCF complex-mediated ubiquitination system by compositional alteration of incorporated F-box proteins. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kato, M., et al.
  • 雑誌名: Proteomics 巻: 10 ページ: 115-123
  • 査読あり
• [雑誌論文] Circular permutation of ligand-binding module improves dynamic range of genetically encoded FRET-based nanosensor (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, S., Ota, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Protein Sci. 18 ページ: 2518-2527
  • 査読あり
• [雑誌論文] Circular permutation of ligand-binding module improves dynamic range of genetically encoded FRET-based nanosensor. (2009)
  • 著者名/発表者名: Okada, S., et al.
  • 雑誌名: Protein Science 巻: 18 ページ: 2518-2527
  • 査読あり
• [雑誌論文] Absolute quantification of the budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Yoshida, M., Uematsu, C., Kito, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 574-574
  • 査読あり
• [雑誌論文] A proteomic screen reveals the mitochondrial outer membrane protein Mdm34p as an essential target of the F-box protein Mdm30p (2008)
  • 著者名/発表者名: Ota, K., Kito, K., Okada, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Genes Cells 13 ページ: 1075-1085
  • 査読あり
• [雑誌論文] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Ito, T., Miura, F., Onda, M.
  • 雑誌名: IUBMB Life 60 ページ: 775-781
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mass spectrometry-based approaches toward absolute quantitative proteomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Curr.Genomics 9 ページ: 263-274
  • 査読あり
• [雑誌論文] A parallel affinity purification method for selective isolation of polyubiquitinated proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Ota, K., Kito, K., Iemura, S., Natsume, T, Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 8 ページ: 3004-3007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Discrimination between stable and dynamic components of protein complexes by means of quantitative proteomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Kawaguchi, N., Okada, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 8 ページ: 2366-2370
  • 査読あり
• [雑誌論文] A parallel affinity purification method for selective isolation of polyubiquitinated proteins (2008)
  • 著者名/発表者名: Ota, K., Kito, K., Iemura, S., Natsume, T., Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 8 ページ: 3004-3007
  • 査読あり
• [雑誌論文] Absolute quantification of budding yeast transcriptome by means of competitive PCR between genomic and complementary DNAs (2008)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Yoshida, M., Uematsu, C., Kito, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: BMC Genomics 9 ページ: 574-574
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mass spectrometry-based approaches toward absolute quantitative proteomics (2008)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Curr. Genomics 9 ページ: 263-274
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and function of the PB1 domain, a protein-interaction module conserved in animals, fungi, amoebas, and plants (2007)
  • 著者名/発表者名: Sumimoto, H., Kamakura, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Sci.STKE 2007
  • 査読あり
• [雑誌論文] A synthetic protein approach toward accurate mass spectrometric quantification of component stoichiometry of multiprotein complexes (2007)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ota, K., Fujita, T., Ito, T.
  • 雑誌名: J.Proteome Res. 6 ページ: 792-800
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel Cdc42-interacting domain of the yeast polarity establishment protein Beml : implications for modulation of mating pheromone signaling (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, Y., Ota, K., Ito, T.
  • 雑誌名: J.Biol.Chem. 282 ページ: 29-38
  • 査読あり
• [雑誌論文] Structure and function of the PB1 domain, a protein-interaction module conserved in animals, fungi, amoebas, and plants (2007)
  • 著者名/発表者名: Sumimoto, H., Kamakura, S., & Ito, T.
  • 雑誌名: Science's STKE 2007
• [雑誌論文] Discrimination between stable and dynamic components of protein complexes by means of quantitative proteomics (2007)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Kawaguchi, N., Okada, S., & Ito, T.
  • 雑誌名: Proteomics 8(12) ページ: 2366-2370
• [雑誌論文] A novel, Cdc42-interacting domain of the yeast polarity establishment protein Bem1 : implications for modulation of mating pheromone signaling. (2007)
  • 著者名/発表者名: Yamaguchi, Y., Ota, K., Ito, T.
  • 雑誌名: J. Biol. Chem. 282 ページ: 29-38
• [雑誌論文] A synthetic protein approach toward accurate mass spectrometric quantification of component stoichiometry of multiprotein complexes. (2007)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ota, K., Fujita, T., Ito, T.
  • 雑誌名: J. Proteome Res. 6 ページ: 792-800
• [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome (2006)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Sese, J., Toyoda, A., Hattori, M., Morishita, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Proc.Natl.Acad.Sci.USA 103 ページ: 17846-17851
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptional activators in yeast (2006)
  • 著者名/発表者名: Titz, B., Thomas, S., Rajagopala, S., Chiba, T., Ito, T., Uetz, P.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34 ページ: 955-967
  • 査読あり
• [雑誌論文] A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 11q : comparison with chromosome 21q. (2006)
  • 著者名/発表者名: Yamada, Y., ShiraKawa T., Taylor, T., Okamura, K., Soejima, H., Uchiyama, M., Iwasaka, T., Mukai, T., Muramoto, K., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: DNA Seq. 17(3) ページ: 300-306
• [雑誌論文] Diverse DNA methylation status at alternative promoters of human genes in various normal tissues. (2006)
  • 著者名/発表者名: Cheong, J., Yamada, Y., Yamashita, R., Irie, T., Kanai, A., Wakaguri, H., Nakai, K., Ito, T., Saito, I., Sugano, S., Suzuki, Y.
  • 雑誌名: DNA Res. 13 ページ: 155-167
• [雑誌論文] A large-scale full-length cDNA analysis to explore the budding yeast transcriptome. (2006)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Kawaguchi, N., Sese, J., Toyoda, A., Hattori, M., Morishita, S., Ito, T.
  • 雑誌名: Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103 ページ: 17846-17851
• [雑誌論文] Lessons from comparative analysis of species-specific imprinted genes (2006)
  • 著者名/発表者名: Okamura, K., Ito, T.
  • 雑誌名: Cytogenet.Genome Res. 113(印刷中)
• [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3' -end subsequences (2005)
  • 著者名/発表者名: Miura, F., Uematsu, C., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 4363-4370
  • 査読あり
• [雑誌論文] A novel strategy to design highly specific PCR primers based on the stability and uniqueness of 3'-end subsequences (2005)
  • 著者名/発表者名: Miura, E, Uematsu, C., Sakaki, Y., Ito, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 21 ページ: 4363-4370
• [学会発表] ペプチド連結型標準物質と質量分析(PCS-MS法)を用いたタンパク質の絶対量計測技術の開発 (2009)
  • 著者名/発表者名: 紀藤圭治、伊藤隆司
  • 学会等名: 日本ヒトプロテオーム機構第7回大会
  • 発表場所: 東京、北里大学薬学部
• [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: ASBMB (American Society of Biochemistry and Molecular Biology) 2008
  • 発表場所: Symposium "Global Systems Biology : Parts" SanDiego
  • 年月日: 2008-04-06
• [学会発表] Unexpected complexity of the budding yeast transcriptome (2008)
  • 著者名/発表者名: Takashi Ito
  • 学会等名: ASBMB2008
  • 発表場所: San Diego, USA
  • 年月日: 2008-04-06
• [図書] 明日を拓く新次元プロテオミクス(松本雅記、中山敬一:編) (2009)
  • 著者名/発表者名: 紀藤圭治、伊藤隆司
  • 総ページ数: 144
  • 出版者: 学研メディカル秀潤社
• [図書] Methods for protein-protein interaction analysis, Introduction to Systems Biology(Ed.Choi, S.) (2007)
  • 著者名/発表者名: Kito, K., Ito, T.
  • 出版者: Humana Press
• [図書] Introduction to Systems Biology, Chapter 9 : Methods for Protein-Protein Interaction Analysis (2007)
  • 著者名/発表者名: Kito, K. & Ito, T.
  • 出版者: Humana Press