生命科学辞書とオントロジーの自動構築法の開発

• 研究課題/領域番号: 17017037
• 研究種目: 特定領域研究
• 配分区分: 補助金
• 審査区分: 生物系
• 研究機関: 国立遺伝学研究所
• 研究代表者: 大久保 公策 国立遺伝学研究所, 生命情報・DDBJ研究センター, 教授 (40233069)
• 研究期間 (年度): 2005 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 62,300千円 (直接経費: 62,300千円); 2009年度: 12,900千円 (直接経費: 12,900千円); 2008年度: 12,700千円 (直接経費: 12,700千円); 2007年度: 12,500千円 (直接経費: 12,500千円); 2006年度: 12,400千円 (直接経費: 12,400千円); 2005年度: 11,800千円 (直接経費: 11,800千円)
• キーワード: ゲノム / 情報工学 / マイクロアレイ / 遺伝子 / 生体生命情報学

研究概要

分野の知識骨格を代表的な教科書が持つ用語およびトピックが作る構造で代表させることで、
1)用語間の意味関係および2)文書内容の意味関係を統計的に求めまた理解しやすい形で表現する方法を開発しました。
算出された用語の意味関係が全体として表現する知識は
(1) 生命科学のwebページ、電子文書やデータベースレコード等の並べ替え
(2) 記述的分析データを用いて行う探索的研究での専門知識を動員した解釈の補助などで利用することを想定しています。応用例として任意の文書の整理や遺伝子特徴のデータの解釈を実行するテストwebサーバーを開発しました。

研究成果

• [雑誌論文] On theoretical models of gene expression evolution with random genetic drift and natural selection (2009)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O., Okubo K.
  • 雑誌名: PLoS One. 4(11)
• [雑誌論文] On theoretical models of gene expression evolution with random genetic drift and natural selection (2009)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O.
  • 雑誌名: PLoS One 4巻11号
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cornichon-like Protein Facilitates Secretion of HB-EGF and Regulates Proper Development of CranialNerves. (2007)
  • 著者名/発表者名: Hoshino H, Uchida T, Otsuki T, Kawamoto S, Okubo K, Takeichi M, Chisaka O.
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell Apr Vol.18
• [雑誌論文] Cornichon-like Protein Facilitates Secretion of HB-EGF and Regulates Proper Development of Cranial Nerves. (2007)
  • 著者名/発表者名: Chisaka O
  • 雑誌名: Molecular Biology of the Cell. 18 ページ: 1143-1152
• [雑誌論文] BodyMap-Xs: anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O, Otsuji M, Watanabe K, Iizuka T, Tamura T, Hishiki T, Kawamoto S, Okubo K.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 34
• [雑誌論文] BodyMap-Xs : anatomical breakdown of 17 million animal ESTs for cross-species comparison of gene expression. (2006)
  • 著者名/発表者名: Ogasawara O
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(Database issue) ページ: 628-631
• [雑誌論文] DDBJ in preparation for overview of research activities behind data submissions. (2006)
  • 著者名/発表者名: Okubo K
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 34(Database issue) ページ: 6-9
• [雑誌論文] Identification of differentially expressed genes in psoriasis using expression profiling approaches. (2005)
  • 著者名/発表者名: Itoh K, Kawasaki S, Kawamoto S, Seishima M, Chiba H, Michibata H, Wakimoto K, Imai Y, Minesaki Y, Otsuji M, Okubo K.
  • 雑誌名: Exp Dermatol. 14(9) ページ: 667-74
• [雑誌論文] Quantification of gene expression in mouse and human renal proximal tubules (2005)
  • 著者名/発表者名: Kaimori JY, Takenaka M, Okubo K.
  • 雑誌名: Methods Mol Biol. 293 ページ: 209-19
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL) (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M., Debily, MA., Tamura, T., Hishiki, T., Ogasawara, O., Murakawa, K., Kawamoto, S., Itoh, K., Watanabe, S., de Souza, SJ., Imbeaud, S., Graudens, E., Eveno, E., Hilton, P., Sudo, Y., Kelso, J., Ikeo, K., Imanishi, T., Gojobori, T., Auffray, C., Hide, W., Okubo K
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res 33
• [雑誌論文] Identification of differentially expressed genes in psoriasis using expression profiling approaches. (2005)
  • 著者名/発表者名: Itoh K
  • 雑誌名: Exp Dermatol. 9 ページ: 667-674
• [雑誌論文] Quantification of gene expression in mouse and human renal proximal tubules. (2005)
  • 著者名/発表者名: Kaimori JY
  • 雑誌名: Methods Mol Biol. 293 ページ: 209-219
• [雑誌論文] DDBJ in collaboration with mass-sequencing teams on annotation. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tateno, Y.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33(Database Issue)
• [雑誌論文] The Human Anatomic Gene Expression Library (H-ANGEL), the H-Inv integrative display of human gene expression across disparate technologies and platforms. (2005)
  • 著者名/発表者名: Tanino, M.
  • 雑誌名: Nucleic Acids Res. 33(Database Issue)
• [雑誌論文] ポストゲノム時代に高まるバイオ自然言語処理への期待:バイオ自然言語処理最新事情5.ゲノムデータの機械解釈 (2005)
  • 著者名/発表者名: 大久保 公策
  • 雑誌名: 情報処理 46・2480 ページ: 137-142
  • NAID: 110002768351
• [学会発表] 科学を社会に役立てるには (2008)
  • 著者名/発表者名: 大久保公策
  • 学会等名: (独)日本学術振興会ゲノムテクノロジー第164委員会第27回研究会
  • 発表場所: 東京大学山上会館
  • 年月日: 2008-07-22
• [学会発表] 生命科学分野でのDB統合の意味と意義 (2007)
  • 著者名/発表者名: 大久保公策
  • 学会等名: 日本バイオインフォマティクス学会第1回JSBi合同研究会
  • 発表場所: 東京大学医科学研究所
  • 年月日: 2007-05-29
• [図書] 「生命科学データベースの現状と課題」 (2007)
  • 著者名/発表者名: 大久保公策
  • 総ページ数: 5
  • 出版者: 株式会社岩波書店
• [図書] 文献知識の計算機による利用がなぜ必要か (2005)
  • 著者名/発表者名: 大久保 公策
  • 出版者: 共立出版株式会社
• [備考] BOB(試験公開サーバー)
  • URL: http://222.151.240.6/project/bob/080208-/simple.cgi
• [備考] CGED Source Classification Database
  • URL: http://cged.genes.nig.ac.jp/scd/
• [備考] H-Angel
  • URL: http://www.jbirc.aist.go.jp/hinv/h-angel/wge.top
• [備考] BodyMap-Xs
  • URL: http://bodymap.jp
• [備考] BOB(試験公開サーバー)ユーザ制限あるためにパスワード設定中
  • URL: http://222.151.240.6/project/bob/080208-/simple.cgi