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古代湖・琵琶湖における湖沼適応の起源と集団ゲノミクス

研究課題

研究課題/領域番号 17H03720
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
研究分野 生物多様性・分類
研究機関京都大学

研究代表者

渡辺 勝敏  京都大学, 理学研究科, 准教授 (00324955)

研究分担者 武島 弘彦  総合地球環境学研究所, 研究部, 外来研究員 (50573086)
小北 智之  福井県立大学, 海洋生物資源学部, 准教授 (60372835)
橋口 康之  大阪医科大学, 医学部, 講師 (70436517)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2019年度: 4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2018年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
2017年度: 6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
キーワード適応進化 / ゲノミクス / 淡水魚 / 古代湖 / 保有遺伝変異 / 琵琶湖 / 適応 / 進化ゲノミクス
研究成果の概要

本研究は、温帯古代湖である琵琶湖の固有魚種を対象に、新規環境へ進入した際の適応の遺伝的基盤の獲得プロセスを解明することを目指した。そのために様々な時間スケールで分岐した固有系統を含む複数種群の新規全ゲノム配列の決定を基盤に、遺伝子発現解析、ゲノム網羅比較、原因遺伝子の特定と時空間分布の解明などを行い、琵琶湖の固有な環境(広い沖合/深場/岩礁帯)における魚類の収斂的な適応の遺伝学的背景の一端を明らかにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の主な学術的意義は、非モデル生物の進化・生態研究において、全ゲノム配列を基盤とした研究展開が現実的で、また効果的であることを示したこと、そして琵琶湖という優れた生物多様性の研究対象において、適応進化の実態、特に原因遺伝変異の特定やその進化動態に関する成果を得たことである。身近な自然から得られたこれらの学術成果は、「進化する実体」からなる生物多様性への理解と関心を高める点で、科学教育や自然保護に関連して、広く社会的意義があるはずである。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実績報告書
  • 2017 実績報告書
  • 研究成果

    (30件)

すべて 2020 2019 2018 2017 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (20件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Morphological variation associated with trophic niche expansion within a lake population of a benthic fish2020

    • 著者名/発表者名
      Endo C, Watanabe K
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 15 号: 4 ページ: e0232114-e0232114

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0232114

    • NAID

      120006841669

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Phylogeography of the Chinese false gudgeon, Abbottina rivularis, in East Asia, with special reference to the origin and artificial disturbance of Japanese populations2019

    • 著者名/発表者名
      Jang-Liaw, N.-H., K. Tominaga, C. Zhang, Y. Zhao, J. Nakajima, N. Onikura and K. Watanabe
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 印刷中 号: 4 ページ: 460-478

    • DOI

      10.1007/s10228-019-00686-w

    • NAID

      40022054041

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Adaptive downsizing in the piscivorous cyprinid fish, Opsariichthys uncirostris, facilitates rapid establishment after introduction to a small-scale habitat in Japan2019

    • 著者名/発表者名
      Iguchi K, Matsumoto Y, Kurita U, Watanabe K.
    • 雑誌名

      Biological Invasions

      巻: 21(6) 号: 6 ページ: 2059-2066

    • DOI

      10.1007/s10530-019-01957-3

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Comparative phylogeography of diadromous and freshwater daces of the genus Tribolodon (Cyprinidae)2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe K, Harumi H, Sanada T, Nishida M
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: 65 号: 3 ページ: 383-397

    • DOI

      10.1007/s10228-018-0624-9

    • NAID

      120006826642

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] 琵琶湖の魚類の生い立ち―分子データからのアプローチ2017

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 雑誌名

      化石研究会誌

      巻: 50 ページ: 71-74

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 3次元幾何学的形態測定法を用いた琵琶湖産魚類の形態適応に関する研究2020

    • 著者名/発表者名
      田中翔大・田畑諒一・森本直記・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第67回日本生態学会大会(名城大学天白キャンパス,名古屋)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖水系のヒガイ類における暗色型原因アリル頻度の空間的動態2019

    • 著者名/発表者名
      早崎佑亮・三品達平・伊藤僚祐・渡辺勝敏・小宮竹史・小北智之
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] イタセンパラの全ゲノム決定に基づく歴史集団動態の推定2019

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏・伊藤僚祐・三品達平・池谷幸樹・上原一彦・森誠一
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ニゴイとコウライニゴイの遺伝的集団構造と系統地理2019

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・富永浩史・中島淳・鬼倉徳雄・Sang-Ki KIM・Jeong-Nam YU・日比野友亮・柿岡諒・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] フナ類における無性型3倍体の起源とゲノム多様性2019

    • 著者名/発表者名
      三品達平・井口恵一朗・武島弘彦・橋口康之・西田睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] ビワヨシノボリの集団構造,形態的多様性,および近縁種との遺伝的関係2019

    • 著者名/発表者名
      佐藤健介・山﨑曜・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖における魚類の適応進化(シンポジウム:古代湖における魚類の適応進化と種多様性創出)2019

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      第52回日本魚類学会年会(高知大学,高知)
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Adaptive introgression facilitates colonization of high-temperature environments in the Japanese fluvial sculpin Cottus pollux2019

    • 著者名/発表者名
      Ito, R., T. Mishina, H. Takeshima, D. Takahara and K. Watanabe
    • 学会等名
      第66回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] The relationship between mouthpart variation and ecological characteristics in a single population of the pike gudgeon Pseudogobio esocinus2019

    • 著者名/発表者名
      Endo, C. and K. Watanabe
    • 学会等名
      第66回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq 法から推定された琵琶湖産魚類の遺伝的集団構造2018

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第51回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] 日本産トウヨシノボリ種群の遺伝的類縁関係と集団構造2018

    • 著者名/発表者名
      山﨑曜・鈴木寿之・藍澤正宏・向井貴彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第51回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] ヒガイ類における色彩多型の原因遺伝子領域のゲノム解析2018

    • 著者名/発表者名
      小北智之・早崎佑亮・柿岡諒・三品達平・松田征也・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第51回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [学会発表] Origin and adaptation of freshwater fishes in Lake Biwa2018

    • 著者名/発表者名
      Watanabe, K.
    • 学会等名
      The 2nd Kyoto University-Universitat Hamburg Symposium 2018
    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 琵琶湖の固有魚類の起源と適応:分子的アプローチ2018

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 学会等名
      第65回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] ゲノムワイドに探る種間交雑に伴う淡水カジカの適応進化2018

    • 著者名/発表者名
      伊藤僚祐・三品達平・武島弘彦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第65回日本生態学会大会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] ウキゴリ類におけるヘモグロビン遺伝子群の分子進化:琵琶湖固有種イサザに検出された正の選択2017

    • 著者名/発表者名
      近藤剛毅・神谷 慧・釣部翔平・伊藤僚祐・三品達平・渡辺勝敏・小北智之
    • 学会等名
      第50回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] “稀な性”と倍数性を超えた遺伝子流動がもたらす3倍体フナの進化と多様性2017

    • 著者名/発表者名
      三品達平・武島弘彦・高田未来美・井口恵一朗・川原玲香・橋口康之・田畑諒一・佐々木剛・西田 睦・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第50回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] MIG-seq法による縮約的ゲノムデータに基づく琵琶湖産魚類の人口学的歴史2017

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第50回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] 琵琶湖産ヒガイ類における色彩多型の進化遺伝基盤2017

    • 著者名/発表者名
      上野浩太郎・木下直樹・柿岡 諒・永野 惇・松田征也・渡辺勝敏・小北智之
    • 学会等名
      第50回日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [学会発表] Molecular evolutionary patterns of the Rhodopsin in the goby Gymnogobius,with special reference to convergence and introgression2017

    • 著者名/発表者名
      Ito R, Mishina T, Harada S, Tabata R, Watanabe K
    • 学会等名
      The 2017 Congress of the European Society for Evolutionary Biology (Groningen, Netherlands)
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] 21章 適応と種分化.pp. 282-299. 魚類学(矢部 衞・桑村哲生・都木靖彰編)2017

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏
    • 総ページ数
      377
    • 出版者
      恒星社厚生閣
    • ISBN
      4769916108
    • 関連する報告書
      2017 実績報告書
  • [備考] BiFAG:古代湖「琵琶湖」魚類多様性研究

    • URL

      https://sites.google.com/site/bifagweb/home

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書 2018 実績報告書
  • [備考] fish.asia:アジア淡水魚・淡水生物多様性データベース

    • URL

      https://ffish.asia

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [備考] GEDIMAP:淡水魚遺伝的多様性データベース

    • URL

      http://gedimap.zool.kyoto-u.ac.jp

    • 関連する報告書
      2018 実績報告書
  • [備考] 古代湖「琵琶湖」魚類多様性研究サイト

    • URL

      https://sites.google.com/site/bifagweb/

    • 関連する報告書
      2017 実績報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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