| 研究課題/領域番号 |
17H03826
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
森林科学
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| 研究機関 | 東京大学 |
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研究代表者 |
鎌田 直人 東京大学, 大学院農学生命科学研究科(農学部), 教授 (90303255)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
15,860千円 (直接経費: 12,200千円、間接経費: 3,660千円)
2020年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2019年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2018年度: 3,510千円 (直接経費: 2,700千円、間接経費: 810千円)
2017年度: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
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| キーワード | 昆虫病原性糸状菌 / 土壌DNA / 環境DNA / アンプリコン解析 / 次世代シーケンス / 菌類 / ブナ林 / 土壌 / メタゲノム解析 / 空間異質性 / OTU数 / リン酸バッファー / 昆虫病原菌 / 土壌微生物 / モニタリング / ブナアオシャチホコ / カラマツハラアカハバチ / 葉食性昆虫 / 大発生 / DNA / メタゲノム / 森林昆虫 / qPCR / インタカレータ法 / 天敵微生物 / 森林葉食性昆虫 / 定量 |
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| 研究成果の概要 |
森林土壌中の菌類群集は空間変異が大きい。昆虫病原性糸状菌類は森林昆虫の重要な天敵を含むが、多くが土壌中に生息しており大発生時を除くと情報が少ない。、環境DNAの手法を用いて、土壌中の昆虫病原菌のモニタリング手法を開発することを目的とした。3種の手法で、土壌量をキットのレシピに合わせた0.4gと、より網羅的に菌のDNAを捕捉するために土壌を増やした15gからDNAを抽出し、次世代シーケンサーによるアンプリコン解析を行った。予想に反して、抽出に用いる土壌量が少ないほど菌類OTU数が多くなった。今回の結果からは、少ない土壌試料を多数サンプリングすることがベストの戦略であることが示された。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
目にみえない土壌中に生息する菌類のモニタリング手法として環境DNAを用いた次世代シーケンスによるアンプリコン解析の手法開発を検討した。抽出に用いる土壌量を増やすことにより菌類DNAをより網羅的に捕捉することを目指したが、予想とは逆に、少ない土壌量の方がより網羅的な抽出が可能であった。これは土壌量を増やすと腐植酸などの影響により抽出が阻害されることが原因の一つと考えられた。実際にこれまでも、同様の視点から大量の土壌を使ったDNA抽出技術の開発が行われてきたが、本研究の結果は、これらの研究に一石を投じるものである。
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