| 研究課題/領域番号 |
17K00419
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
生命・健康・医療情報学
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| 研究機関 | 長浜バイオ大学 |
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研究代表者 |
米澤 弘毅 長浜バイオ大学, バイオサイエンス学部, 助教 (00374744)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円)
2019年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2017年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
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| キーワード | 選択的スプライシング / 条件依存的 / バイオインフォマティクス / スプライシングバリアント / 非モデル生物 / 生体生命情報学 / アルゴリズム |
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| 研究成果の概要 |
本研究では，非モデル生物における条件依存の選択的スプライシングの網羅的発見手法の評価および改良を行うとともに，様々な非モデル生物のRNA-seqデータを用いた条件依存の選択的スプライシングの抽出を行い，当該生物の特殊性との関連を探る手がかりを得ることが目的である．研究期間内において，(1)条件依存的な選択的スプライシング網羅的発見手法の開発および評価，(2)実際のヒトの様々な組織に関するRNA-seqデータに対して提案手法の適用を行い，脳特異的な選択的スプライシングを抽出した．また，シングルセルトランスクリプトーム解析データセットからの選択的スプライシング網羅的発見への本手法の適用を検討した．
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
非モデル生物の条件依存型選択的スプライシングについては研究がそれほど進んでいない．これはモデル生物におけるリファレンスゲノムが無いことが一因であるが，これにより非モデル生物の特殊性についてのさらなる知見が得られることが予想される．またマリアナイトエラゴカイの温度耐性のように，ヒトの反応メカニズムを解明するための手掛かりを得ることも可能となる．
また本手法では，従来の解析手法では困難だった巨大なRNA-seqに対して適用すること，さらに3つ以上の異なる条件下のRNA-seqデータをまとめて取り扱うことを可能にしている．
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