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生命科学データの分散知識統合基盤に資する安定かつ高速な連合検索

研究課題

研究課題/領域番号 17K00434
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 ウェブ情報学・サービス情報学
研究機関大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等)

研究代表者

山口 敦子  大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(機構本部施設等), データサイエンス共同利用基盤施設, 特任准教授 (10346108)

研究分担者 小林 紀郎  国立研究開発法人理化学研究所, 情報システム本部, ユニットリーダー (20415160)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2018年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2017年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード連合検索 / SPARQL / 生命科学データ統合 / リンクト・オープン・データ / RDF / 生命科学データベース / リンクトオープンデータ / メタデータ
研究成果の概要

本研究では,ウェブ上に分散したSPARQLエンドポイントで提供される生命科学分野のRDFデータ利用を安定かつ高速に行うために,概念間関係をたどるクエリに対する連合検索システムの開発を行った.各SPARQLエンドポイントをクロールして得られたクラスの情報およびクラス間関係の情報をグラフの形で保持する連合クラスグラフの構築を行い,さらに連合クラスグラフ上のパスの情報を用いることで,SPARQLエンドポイントをまたいで効率的な検索が可能な連合検索システムを構築した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究の成果は,ウェブ上に分散した生命科学分野のRDFデータを柔軟に切り出すシステムLOD Surferの連合検索エンジンとして利用されている.LOD Surferは概念間をたどる連合検索システムを利用するウェブAPIを提供しており,生命科学分野のRDFデータを利用するアプリケーションを,それぞれのSPARQLエンドポイントのデータの内容を意識することなく,容易に構築することができる.

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (15件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 5件)

  • [雑誌論文] Investigating Schema Definitions Using RDFS and OWL 2 for RDF Databases in Life Sciences2020

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Atsuko、Kushida Tatsuya、Yamamoto Yasunori、Kozaki Kouji
    • 雑誌名

      Communications in Computer and Information Science

      巻: 1157 ページ: 137-144

    • DOI

      10.1007/978-981-15-3412-6_14

    • ISBN
      9789811534119, 9789811534126
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Semantic Integration of Intrinsically Disordered Proteins and Existing DBs2019

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Hideki Hatanaka, Satoshi Fukuchi, Motonori Ota
    • 学会等名
      12th International SWAT4HCLS Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Umaka data extension: Towards Realisation of Practical SPARQL Endpoint Discovery Service for Life Sciences2019

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi
    • 学会等名
      12th International SWAT4HCLS Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Finding the best RDF data by Umaka Suite2019

    • 著者名/発表者名
      Yasunori Yamamoto, Atsuko Yamaguchi
    • 学会等名
      12th International SWAT4HCLS Workshop
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係に基づく LOD 探索のためのウェブ API2018

    • 著者名/発表者名
      山口敦子, 小林紀郎, 桝屋啓志, 山本泰智, 古崎晃司
    • 学会等名
      2018年度人工知能学会全国大会(第32回)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] linked open data を利用するアラインメントビューアの開発2018

    • 著者名/発表者名
      藤博幸,山口敦子
    • 学会等名
      第18回 日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Linked Open Dataを利用するアラインメントビューアの開発2018

    • 著者名/発表者名
      藤博幸,山口敦子
    • 学会等名
      トーゴ―の日シンポジウム2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD連合検索の課題と展望ータンパク質関連情報の取得を通じてー2018

    • 著者名/発表者名
      山口敦子,藤博幸
    • 学会等名
      トーゴ―の日シンポジウム2018
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Implementing LOD Surfer as a Search System for the Annotation of Multiple Protein Sequence Alignment2018

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Hiroyuki Toh
    • 学会等名
      The 8th Joint International Semantic Technology Conference (JIST2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD Surfer Metadata: Essential LOD catalogue data for traversing life-science LOD amongst multiple SPARQL endpoints2018

    • 著者名/発表者名
      Norio Kobayashi, Yasunori Yamamoto
    • 学会等名
      The 11th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS 2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Annotation of Proteins from LOD for a Viewer of Multiple Protein Sequence Alignment2018

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Hiroyuki Toh
    • 学会等名
      The 11th International Conference Semantic Web Applications and Tools for Life Sciences (SWAT4HCLS 2018)
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ライフサイエンスのRDFデータベースにおけるスキーマ定義の現状分析2018

    • 著者名/発表者名
      山口敦子, 櫛田達矢, 山本泰智, 古崎晃司
    • 学会等名
      第47回セマンティックウェブとオントロジー研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] LOD Surfer API: クラス間関係を用いたLODからの情報抽出Web API2018

    • 著者名/発表者名
      山口敦子, 小林紀郎, 臼田大輝, 桝屋啓志, 山本泰智, 古崎晃司
    • 学会等名
      第44回セマンティックウェブとオントロジー研究会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Semantic Graph Analysis for Federated LOD Surfing in Life Sciences2017

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, Norio Kobayashi
    • 学会等名
      The 7th Joint International Semantic Technology Conference (JIST 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] LOD Surfer API: Web API for LOD Surfing Using Class-Class Relationships in Life Sciences2017

    • 著者名/発表者名
      Atsuko Yamaguchi, Kouji Kozaki, Yasunori Yamamoto, Hiroshi Masuya, Norio Kobayashi
    • 学会等名
      10th International Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences (SWAT4HCLS 2017)
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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