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非凍結結晶を用いたタイムラプスX線回折測定による酵素反応の解析

研究課題

研究課題/領域番号 17K07317
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 構造生物化学
研究機関大阪医科大学

研究代表者

村川 武志  大阪医科大学, 医学部, 助教 (90445990)

研究分担者 林 秀行  大阪医科大学, 医学部, 教授 (00183913)
馬場 清喜  公益財団法人高輝度光科学研究センター, タンパク質結晶解析推進室, 主幹研究員 (00437344)
研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2018年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2017年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
キーワードトパキノン / HAG法 / 銅含有アミン酸化酵素 / アミン酸化酵素 / X線結晶構造解析 / 蛋白質 / 酵素 / 結晶 / 反応中間体
研究成果の概要

現在,タンパク質結晶のX線回折測定は,放射線損傷を低減するため極低温で行うことが多い.しかし,結晶を凍結させることにより室温で取りうる多様な構造が失われ,また得られた構造は温度情報が曖昧なため,エネルギー論的な議論を行うことが難しい.本研究では,近年開発されたHAG法(湿度調整と水溶性ポリマーのコーティングを用いたタンパク質結晶マウント法)を発展させ,土壌細菌由来銅含有アミン酸化酵素について,さまざまな温度,pH条件下において非凍結酵素結晶のX線回折測定を行い,平衡状態の構造変化を熱力学的に解析した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究成果により,機能している状態のタンパク質の構造変化を,熱力学的に理解する一般的な手法が開発された.今後さらに,各種タンパク質の機能を,立体構造や平衡状態の変化をもとに解明し,有用酵素の作製や酵素を阻害する薬剤の開発などにも役立たせる基礎的な方法論として発展が期待できる.また,今まで結晶構造は溶液構造と異なり非生理的なのではないかという懸念があったが,今回の解析で,むしろ結晶構造の方が細胞内のタンパク質の状態を反映しているという重要な知見も得られた.

報告書

(5件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (7件)

すべて 2020 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Unique protonation states of aspartate and topaquinone in the active site of copper amine oxidase2020

    • 著者名/発表者名
      Shoji Mitsuo、Murakawa Takeshi、Boero Mauro、Shigeta Yasuteru、Hayashi Hideyuki、Okajima Toshihide
    • 雑誌名

      RSC Advances

      巻: 10 号: 63 ページ: 38631-38639

    • DOI

      10.1039/d0ra06365g

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In crystallo thermodynamic analysis of conformational change of the topaquinone cofactor in bacterial copper amine oxidase2018

    • 著者名/発表者名
      Murakawa Takeshi、Baba Seiki、Kawano Yoshiaki、Hayashi Hideyuki、Yano Takato、Kumasaka Takashi、Yamamoto Masaki、Tanizawa Katsuyuki、Okajima Toshihide
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 116 号: 1 ページ: 135-140

    • DOI

      10.1073/pnas.1811837116

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 銅含有アミン酸化酵素触媒機構の ”in crystallo” 熱力学的解析2019

    • 著者名/発表者名
      村川武志
    • 学会等名
      大阪大学蛋白質研究所セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 銅含有アミン酸化酵素触媒機構の“in crystallo”熱力学的解析2019

    • 著者名/発表者名
      村川武志,馬場清喜,河野能顕,林秀行,矢野貴人,熊坂崇,山本雅貴,谷澤克行,岡島俊英
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 銅アミン酸化酵素の補酵素生合成における初期反応中間体の解析2018

    • 著者名/発表者名
      佐々木康,村川武志,谷澤克行,岡島俊英,
    • 学会等名
      酵素補酵素研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] In crystallo thermodynamic analysisによる銅アミン酸化酵素の反応機構解析2018

    • 著者名/発表者名
      村川武志,馬場清喜,河野能顕,林秀行,矢野貴人,熊坂崇,山本雅貴,谷澤克行,岡島俊英,
    • 学会等名
      酵素補酵素研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 銅含有アミン酸化酵素における触媒反応中のプロトン化状態についての理論的解明2017

    • 著者名/発表者名
      庄司光男,村川武志,重田育照,岡島俊英
    • 学会等名
      第17回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2022-01-27  

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