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多様性を有するRNAキナーゼの進化情報解析とその情報に基づいた酵素機能の改変

研究課題

研究課題/領域番号 17K07517
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
研究分野 進化生物学
研究機関慶應義塾大学

研究代表者

金井 昭夫  慶應義塾大学, 環境情報学部(藤沢), 教授 (60260329)

研究期間 (年度) 2017-04-01 – 2020-03-31
研究課題ステータス 完了 (2019年度)
配分額 *注記
5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2019年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2018年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2017年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード分子進化 / ポリヌクレオチドリン酸化酵素 / 情報学的解析 / 実験検証 / 巨大タンパク質 / リン酸化酵素 / 新規巨大タンパク質 / 3大生物ドメイン / 生命情報科学 / タンパク質ドメイン / RNAキナーゼ / 系統樹 / 機能ドメイン / Clp1 / 進化情報 / マルチドメインタンパク質 / 基質特異性 / 合成生物学 / CLP1
研究成果の概要

RNAのリン酸化酵素としてClp1が知られている。Clp1の大規模分子進化解析の結果、計3,577件のClp1関連タンパク質を検出した。その多くは真核生物やアーキアに由来し、バクテリアには限られた種にしか存在しなかった。Clp1のキナーゼドメインは、全てのClp1関連タンパク質に共通であり、N 末端やC末端領域には生物種やファミリーに特徴的なドメインが保存されていた。また、1,000アミノ酸残基以上の巨大なClp1関連タンパク質を122個検出した。さらに、Thermus scotoductus Clp1組換え体酵素を用いて、バクテリアClp1のリン酸化活性を世界で初めて実験科学的に検証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

RNAキナーゼであるClp1に関して、タンパク質のドメインレベルで、特に真核生物において機能の分担をしながら分子進化していく様相を明らかにできた。この研究過程で、Clp1のキナーゼドメインを有した巨大タンパク質 (Clp1様タンパク質)を見出した。Clp1はヒトで遺伝病の原因遺伝子となっていることから、今回見出したClp1様タンパク質も遺伝病に関わる可能性がある。また、バクテリアで初めてとなるClp1分子を同定し、その生化学的な活性に関して検証した。

報告書

(4件)
  • 2019 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2018 実施状況報告書
  • 2017 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2019 2018 2017

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 2件、 招待講演 3件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Large-Scale Molecular Evolutionary Analysis Uncovers a Variety of Polynucleotide Kinase Clp1 Family Proteins in the Three Domains of Life2019

    • 著者名/発表者名
      Saito Motofumi、Sato Asako、Nagata Shohei、Tamaki Satoshi、Tomita Masaru、Suzuki Haruo、Kanai Akio
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 11 号: 10 ページ: 2713-2726

    • DOI

      10.1093/gbe/evz195

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Editorial: Current Advances in the Research of RNA Regulatory Enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Kanai Akio、Yoshihisa Tohru
    • 雑誌名

      Frontiers in Genetics

      巻: 10 ページ: 973-973

    • DOI

      10.3389/fgene.2019.00973

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] A large-scale molecular evolutionary analysis uncovers a variety of polynucleotide kinase Clp1 family proteins in the three domains of life.2019

    • 著者名/発表者名
      7M. Saito, A. Sato, S. Nagata, S. Tamaki, M. Tomita, H. Suzuki, and A. Kanai
    • 学会等名
      RNA 2019: The 24th Annual Meeting of the RNA Society
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Large-scale molecular evolutionary analysis uncovers a diversity of polynucleotide kinase Clp1 family proteins in the three domains of life.2019

    • 著者名/発表者名
      8M. Saito, A. Sato, S. Nagata, S. Tamaki, M. Tomita, H. Suzuki, and A. Kanai
    • 学会等名
      第42回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [学会発表] Large-scale phylogenetic analysis and diversity of Clp1 polynucleotide kinase family protein2018

    • 著者名/発表者名
      M. Saito, A. Sato, S. Nagata, M. Tomita, S. Tamaki, H. Suzuki, and A. Kanai
    • 学会等名
      RNA 2018: The 23rd Annual Meeting of the RNA Society, University of California Berkley, USA.
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 生命の起源と原始生命に関わる研究戦略2018

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      日本進化学会年会シンポジウム 「地球の歴史と生命の起源、生命を構成する分子の進化」日本進化学会第20回大会 東京
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] RNAキナーゼClp1の大規模分子進化解析から予測された新規バクテリアClp1の機能検証2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤元文、佐藤朝子、永田祥平、玉木聡志、冨田勝、鈴木治夫、金井昭夫
    • 学会等名
      第2回 慶應ライフサイエンスシンポジウム 日吉
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Biochemical characterization of a novel and thermostable polynucleotide kinase Clp1 in the thermophilic bacterium Thermus scotoductus.2018

    • 著者名/発表者名
      M. Saito, A. Sato, S. Nagata, M. Tomita, S. Tamaki, H. Suzuki, and A. Kanai
    • 学会等名
      International workshop on “50th anniversary of Thermus thermophilus discovery” Izu, Japan
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 好熱性バクテリアThermus scotoductus由来新規ポリヌクレオチドカイネースClp1の生化学的な特徴解析2018

    • 著者名/発表者名
      齋藤元文、佐藤朝子、永田祥平、冨田勝、玉木聡志、鈴木治夫、金井昭夫
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会 横浜
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] “群体”の変化としてとらえる分子進化研究の重要性2018

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      ゲノム未来会議3.0 鶴岡
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] Large-scale molecular evolutionary analysis of the Clp1 polynucleotide kinase family that is involved in pre-tRNA splicing2017

    • 著者名/発表者名
      M. Saito, S. Nagata, M. Tomita, H. Suzuki and A. Kanai
    • 学会等名
      RNA 2017: The 22nd Annual Meeting of the RNA Society, Prague, Czech Republic
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 超好熱性アーキアPyrococcus furiosusの熱ショック時におけるRNAプロセシング制御2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] tRNA前駆体スプライシングに関わるClp1タンパク質の大規模分子進化解析2017

    • 著者名/発表者名
      齋藤元文、永田祥平、冨田勝、玉木聡志、鈴木治夫、金井昭夫
    • 学会等名
      生命科学系学会合同年次大会 ConBio2017 神戸
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
  • [学会発表] アーキア及び真核生物における変則型tRNA遺伝子の発見とその進化2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      九州大学大学院 生物資源環境科学府 生命機能科学専攻 「生物機能分子化学セミナー」福岡
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 機能性RNAの性状と進化の解析 --- 古典的ノンコーディングRNAから人工低分子RNAまで2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫
    • 学会等名
      近畿大学薬学研究科 大学院特別講義 (創薬選択セミナー) 大阪
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] Current Advances in the Research of RNA Regulatory Enzymes2019

    • 著者名/発表者名
      Kanai, A., Yoshihisa, T., eds.
    • 総ページ数
      131
    • 出版者
      Frontiers Media SA
    • ISBN
      9782889632152
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
  • [図書] アーキア生物学2017

    • 著者名/発表者名
      金井昭夫 (日本Archaea研究会、石野 良純、跡見 晴幸編集)
    • 総ページ数
      212
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      4320057856
    • 関連する報告書
      2017 実施状況報告書

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公開日: 2017-04-28   更新日: 2021-02-19  

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