| 研究課題/領域番号 |
17K07714
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 研究分野 |
応用微生物学
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| 研究機関 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 |
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研究代表者 |
中島 信孝 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (70357622)
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| 研究期間 (年度) |
2017-04-01 – 2020-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2019年度)
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| 配分額 *注記 |
4,810千円 (直接経費: 3,700千円、間接経費: 1,110千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2018年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2017年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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| キーワード | バイオフィルム / 次世代シーケンサ / 遺伝子水平伝播 / 微生物群集 / 微生物集団 / 細菌 |
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| 研究成果の概要 |
つくば市の池の底からバイオフィルム試料を採取し、その試料を2つに分割した。その後、片方のみをDNaseで処理した。合計6試料からDNAを採取し、得られたDNA試料をHiseqによるシーケンシングに供した。得られたシーケンシング結果は、MetaWRAPのパイプラインと同様に進めた。
アセンブルとBinningの結果、メタゲノムをBinにまで処理することができた。DNase処理の有無で、abundanceが統計上有意に異なるBinがいくつか見つかった。それとは独立にBinningに依存しない遺伝子組成の変化について調べた所、DNaseの処理の有無で、統計上有意に異なる種の存在が明らかになった。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究は、微生物の多様性獲得のメカニズム、ゲノム進化の過程を解明するにあたって大変意義深いものである。そればかりではなく、バイオフィルムの有効利用、人体や環境に悪影響を与えるバイオフィルムの効果的除去のための基盤情報となる。なお、バイオフィルム内の微生物は抗生物質や各種化学物質、加熱に対して抵抗性を示し、現状ではその除去が困難である。
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