エクソーム解析による口唇口蓋裂のリスク遺伝子と組織特異的体細胞モザイクの探索

• 研究課題/領域番号: 17K11863
• 研究種目: 基盤研究(C)
• 配分区分: 基金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 外科系歯学
• 研究機関: 愛知学院大学
• 研究代表者: 鈴木 聡 愛知学院大学, 歯学部, 非常勤講師 (30468996)
• 研究期間 (年度): 2017-04-01 – 2020-03-31
• 研究課題ステータス: 完了 (2019年度)
• 配分額: 4,550千円 (直接経費: 3,500千円、間接経費: 1,050千円); 2019年度: 260千円 (直接経費: 200千円、間接経費: 60千円); 2018年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円); 2017年度: 910千円 (直接経費: 700千円、間接経費: 210千円)
• キーワード: エクソーム / 口唇口蓋裂 / モザイク / 遺伝子

研究成果の概要

当施設の遺伝子バンキングに保存してある、20名の口唇口蓋裂患者の白血球由来DNAと、手術によって得られた口唇裂披裂縁部軟組織を用いてexome解析を行った。解析における読み深度150-200depthに設定し、シークエンスはペアワイズ法を用いた。解析精度は良好であり、結果も信頼たり得るものであった。解析にて発見された平均SNP数として白血球由来では434928.05個、組織由来では438651.55個であった。よって口唇部軟組織では体細胞性モザイク変異が1サンプルあたり3723.5個確認された。

研究成果の学術的意義や社会的意義

この発見は多因子遺伝子疾患におけるmissing heritability解明の突破口になる可能性を秘めている。病変組織における約3700箇所あまりの変異が意味するところは研究試料の種類に関しても十分な考慮が必要であることを示唆している。

研究成果

• [雑誌論文] SPECC1L regulates palate development downstream of IRF6 (2020)
  • 著者名/発表者名: Hall Everett G、Wenger Luke W、Wilson Nathan R、Natsume Nagato、Ito Masaaki、Mori Akihiro、Imura Hideto、Kroc Sarah A、Adeyemo Wasiu L、Eshete Mekonen A、Bjork Bryan C、Suzuki Satoshi、Murray Jeffrey C、Schutte Brian C、Butali Azeez、Saadi Irfan
  • 雑誌名: Human Molecular Genetics 巻: 29 号: 5 ページ: 845-858
  • DOI: 10.1093/hmg/ddaa002
  • 査読あり
• [雑誌論文] Patients with SATB2-sassociated syndrome exhibiting multiple odontomas (2018)
  • 著者名/発表者名: Takashi Kikuiri, Hiroyuki Mishima, Hideto Imura, Satoshi Suzuki, Yusuke Matsuzawa, Takashi Nakamura, Satoshi Fukumoto, Yoshitaka Yoshimura, Satoshi Watanabe, Akira Kinoshita, Takahiro Yamada, Masanobu Shindoh, Yoshihiko Sugita, Hatsuhiko Maeda, Yasutaka Yawaka, Tadashi Mikoya, Nagato Natsume, Koh-ichiro Yoshiura
  • 雑誌名: Am J Med Genet 巻: 176（12） ページ: 2614-2622
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of 16q21 as a modifier of nonsyndromic orofacial cleft phenotypes (2017)
  • 著者名/発表者名: Carlson Jenna C.、Standley Jennifer、Christensen Kaare、Hecht Jacqueline T.、Garidkhuu Ariuntuul、Moreno Uribe Lina M.、Nagato Natsume、Orioli Ieda M.、Suzuki Satoshi、Beaty Terri H.、Feingold Eleanor、Murray Jeffrey C.、Marazita Mary L.、Leslie Elizabeth J , et all.
  • 雑誌名: Genetic Epidemiology 巻: 41 号: 8 ページ: 887-897
  • DOI: 10.1002/gepi.22090
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [雑誌論文] A case of Tetrasomy 15q with left cleft lip and alveolus (2017)
  • 著者名/発表者名: Imura Hideto、Suzuki Satoshi、Mizuno Seiji、Sakuma Chisato、Natsume Nagato
  • 雑誌名: ournal of Oral and Maxillofacial Surgery, Medicine, and Pathology 巻: 29 号: 5 ページ: 427-429
  • DOI: 10.1016/j.ajoms.2017.03.005
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Association of MEOX2 polymorphism with nonsyndromic cleft palate only in a Vietnamese population (2017)
  • 著者名/発表者名: Tran Duy L.、Imura Hideto、Mori Akihiro、Suzuki Satoshi、Niimi Teruyuki、Ono Maya、Sakuma Chisato、Nakahara Shinichi、Nguyen Tham T.H.、Pham Phuong T.、Hoang Viet、Tran Van T.T.、Nguyen Minh D.、Natsume Nagato
  • 雑誌名: Congenital Anomalies 巻: - 号: 4 ページ: 124-129
  • DOI: 10.1111/cga.12259
  • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
• [学会発表] Replication of GWAS Candidate Genes in non-syndromic Cleft lip and / or Cleft palate in Vietnamese population (2019)
  • 著者名/発表者名: Suzuki S, Ono M, Niimi T, Yamamoto M, Imura H, NGUYEN C, Leslie E , Cooper M.E, Natsume N, NGUYEN M, Marazita M.L, Murray J.C
  • 学会等名: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • 国際学会
• [学会発表] Replication of genome wide association findings for Cleft Lip and Palate a role for variants in MAFB, VAX1 and PAX7 in Asian populations. (2019)
  • 著者名/発表者名: S. Suzuki, ML. Marazita, ME. Cooper,E. Dragan, A. Butali, M. Mansila, N. Natsume, Y. Suzuki, T. Niimi, M. Yamamoto, G. Ayanga, T. Erkhembaatar, H. Furukawa, K. Minami, H. Imura, K. Fujiwara, J. L’Heureux J, K. Durda,AC. Lidral, JC. Murray
  • 学会等名: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • 国際学会
• [学会発表] ASSOCIATION OF MEOX2 POLYMORPHISM WITHNONSYNDROMIC CLEFT PALATE ONLY IN A COMPARISON BETWEEN A JAPANESE POPULATION AND A VIETNAMESE POPULATION (2019)
  • 著者名/発表者名: Duy Le Tran,Hideto Imura, Akihiro Mori, Satoshi Suzuki, Teruyuki Niimi, Toko Hayakawa, Tham Thi Hong Nguyen, Phuong Thi Pham, Ut Cong Nguyen, Viet Hoang, Hiep Minh Trinh, Minh Duc Nguyen, Tan Van Ngo, Mai Van Phan, Nagato Natsume
  • 学会等名: The 59Th Annual Meeting of The Japanese Teratology Society The 13th World Congress of The International Cleft Lip and Palate Foundation(Nagoya)
  • 国際学会
• [学会発表] エチオピア連邦民主共和国における先天異常に関する研究(第5報) (2018)
  • 著者名/発表者名: 吉田 磨弥, 古川 博雄, 鈴木 聡, 山内 楓子, 井村 英人, 新美 照幸, 夏目 長門
  • 学会等名: 第30回日本小児口腔外科学会総会・学術大会
• [学会発表] 日本人非症候性口唇口蓋裂におけるBMP4遺伝子の一塩基多型(rs4444235)遺伝子多型解析 (2018)
  • 著者名/発表者名: 森 明弘, 井村 英人, 鈴木 聡, 吉田 磨弥, 古川 博雄, 新美 照幸, 佐久間 千里, 伊東 雅哲, 南 克浩, 秋山 泰範, 早川 統子, 夏目 長門
  • 学会等名: 第42回日本口蓋裂学会総会・学術集会（大阪）
• [学会発表] Identfication of 16q21 as a modifier locus for orofacial cleft phenotypes (2017)
  • 著者名/発表者名: E.J. Lesile, J.C.Standley, A.Petrin, J.R.Shaffer, A. Butali, C. J. Buxo, E. Castilla, K. Christensen, F.W.D. Deleyiannis, J.T.Hecht, L.L.Field, A.Garidkhuu, L.M. Moreno-Uribe, N. Nagato, L.M.Orioli, C, Poietta, S.Suzuki, A.R. Vieira, G.L. Wehby, S.M. Weingold, J.C. Murray, M.L. Marazazita
  • 学会等名: The American Society of Human Genetics 2017 Annual Meeting
  • 国際学会