研究課題
基盤研究(B)
申請者らは、長鎖シークエンスデータの解析を目的として、全ゲノムシークエンスの解析手法(CAMPHORソフトウエア)、トランスクリプトームの解析手法(SPLICEソフトウエア)を開発した。また、この方法を用いて肝癌11ペア(癌部と非癌部肝臓 計22サンプル)の全ゲノムシークエンス、42ペア(癌部と非癌部肝臓 計84サンプル HBV陽性は16ペア 32サンプル)のトランスクリプトームシークエンスを行った(1,2)。これらの研究により、肝癌の複雑な構造異常、B型肝炎ウイルス(HBV)のゲノムへの組み込み箇所、肝癌で発現変化した転写産物や融合遺伝子を同定した。
肝癌は、世界の癌死の第3位に挙げられる予後不良の癌であり、有効な治療法の確立が急務である。これらの疾患の発症機序解明や治療ターゲットの発見のために、多くのゲノム、転写産物の研究が行われてきた。しかし、それらの先行研究は、短鎖(リード長が短い)の次世代シークエンサー(NGS)を用いて行われており、リピートを介した構造異常の検出や、転写産物の全長の解析が不可能であった。本研究は、長鎖シークエンサーを用いた初の肝癌のトランスクリプトーム研究であり、発癌に寄与する遺伝子候補が多数同定された。
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すべて 雑誌論文 (13件) (うち国際共著 6件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 9件) 学会発表 (8件) (うち国際学会 4件、 招待講演 7件) 備考 (1件)
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