| 研究課題/領域番号 |
18K05195
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分34020:分析化学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 |
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研究代表者 |
呉 純 国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (90415646)
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| 研究期間 (年度) |
2018-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | ５－ヒドロキシメチルシトシン / メチルシトシン / グアニン塩基 / ビオチン / 次世代シーケンサー / アジド - シュタウディンガーライゲーション / クリック反応 / 表面プラズモン共鳴アッセイ / 生物発光アッセイ法 / グアニン基 / グアニン / 脱塩基 / シトシン / 脱メチル化 |
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| 研究成果の概要 |
5-メチルシトシンの脱メチル化は、遺伝子の転写を調節するスイッチである。バーキットリンパ腫細胞の脱メチル化反応の中間体であるグアニン/脱塩基部位を分析するために、まず4-アジドフェニルグリオキサールを用いて脱塩基サイトにあるグアニンとの環化を行った。 続いてアジド-シュタウディンガーライゲーションを用いてDNA断片のビオチンを行った。さらに磁石ビーズによって回収されたDNA断片はPCRによって増幅された。次世代シーケンシングによる分析の結果、リンパ腫細胞のゲノムDNA中に多数のグアニン/脱塩基部位の存在が検出された。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究は、次世代シーケンサーによるバーキットリンパ腫細胞におけるゲノムDNA中のメチルシトシンからシトシンへの脱メチル化反応の中間体であるグアニン・脱塩基サイトの解析を行った。その結果、グアニン・脱塩基サイトが多数に存在することが検出された。リンパ腫に罹患した人の血液には、がん細胞に由来するゲノムDNA断片と正常な細胞死に由来するゲノムDNA断片が混在している。がん細胞に由来する微量のゲノムDNA断片を特異的に検出するのは、容易ではなかった。本研究の結果からリンパ腫細胞にグアニン・脱塩基サイトが多数存在することがわかったので、今後血液中のリンパ腫細胞の早期検出への応用が期待される。
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