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抗体のRNA高次構造特異的な認識を利用したエピトランスクリプトーム解析技術の開発

研究課題

研究課題/領域番号 18K06192
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分43050:ゲノム生物学関連
研究機関国立研究開発法人産業技術総合研究所

研究代表者

吉岡 恭子  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 主任研究員 (50358321)

研究分担者 栗田 僚二  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 生命工学領域, 研究グループ長 (50415676)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2020年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2019年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2018年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワードRNAエピジェネティクス / N6-メチルアデノシン / イムノアッセイ法 / 表面プラズモン共鳴法 / マイクロデバイス / N6メチルアデノシン / イムノアッセイ / 大腸菌RNA / RNA修飾 / エピジェネティクス / 抗原抗体反応 / トランスクリプトーム
研究成果の概要

RNA-DNAハイブリッド鎖の高次構造、特にバルジ構造内にある核酸塩基が自由に運動でき、抗体がその核酸塩基を選択的に認識することを利用したRNAの特定N6-メチルアデノシン検出法を考案し、大腸菌RNAの特定N6-メチルアデノシン一塩基の配列特異的な検出が可能であることを示した。本イムノアッセイ法を、表面プラズモン共鳴法を用いたマイクロデバイスに適用し、RNA増幅せずに、少量の試料量でRNAの修飾情報を迅速に取得できることを示した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で提案したRNA-DNAハイブリッド鎖高次構造内にある塩基を抗体が選択的に認識できることに基づく検出原理を利用したイムノアッセイ法は、特定のRNA塩基の修飾情報を簡便・迅速に測定できる方法であり、網羅的なエピトランスクリプトーム解析技術とともに、有用な情報が得られる測定法であると考える。将来、特定のRNA修飾と疾病等の関連性が明らかになれば、本イムノアッセイ法を適用したマイクロデバイス等を利用することで、医療現場等で当該RNAの修飾情報をオンサイトで迅速・正確に得ることができると考える。

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (23件)

すべて 2021 2020 2019 2018

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Quantitative analysis of global 5-methyl- and 5-hydroxymethylcytosine in TET1 expressed HEK293T cells2020

    • 著者名/発表者名
      小島直、須田友美、藤井紳一郎、平野和己、波平昌一、栗田僚二
    • 雑誌名

      Biosensors & Bioelectronics

      巻: 167 ページ: 112472-112478

    • DOI

      10.1016/j.bios.2020.112472

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Microfluidic Sensing System with a Multichannel Surface Plasmon Resonance Chip: Damage-Free Characterization of Cells by Pattern Recognition2020

    • 著者名/発表者名
      Sugai Hiroka、Tomita Shunsuke、Ishihara Sayaka、Yoshioka Kyoko、Kurita Ryoji
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 92 号: 22 ページ: 14939-14946

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.0c02220

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Sequential Assessment of Multiple Epigenetic Modifications of Cytosine in Whole Genomic DNA by Surface Plasmon Resonance2019

    • 著者名/発表者名
      栗之丸隆章、小島直、栗田僚二
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 91 号: 21 ページ: 13933-13939

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.9b03423

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Immobilization of DNA on Biosensing Devices with Nitrogen Mustard Modified Linkers2019

    • 著者名/発表者名
      栗之丸隆章、小島直、栗田僚二
    • 雑誌名

      Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry

      巻: 77 号: 1

    • DOI

      10.1002/cpnc.85

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Immobilization of DNA with nitrogen mustard-biotin conjugate for global epigenetic analysis2018

    • 著者名/発表者名
      小島直、須田友美、栗之丸隆章、栗田僚二
    • 雑誌名

      Analytica Chimica Acta

      巻: 1043 ページ: 107-114

    • DOI

      10.1016/j.aca.2018.09.008

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] N6-Methylation Assessment in Escherichia coli 23S rRNA Utilizing a Bulge Loop in an RNA-DNA Hybrid2018

    • 著者名/発表者名
      吉岡恭子、栗田僚二
    • 雑誌名

      Analytical Chemistry

      巻: 90 号: 12 ページ: 7578-7582

    • DOI

      10.1021/acs.analchem.8b01223

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 表面プラズモン共鳴の応答パターンを出力可能なマイクロ流体デバイスによる細胞評価2021

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      2020年度細胞アッセイ研究会シンポジウム
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] パターン認識に基づいて細胞を評価するセンサチップの開発2021

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      SATテクノロジー・ショーケース 2021
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 表面プラズモン共鳴の特徴パターンを出力するマルチチャネル型チップによる培養細胞の非破壊的評価2020

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      第80回分析化学討論会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Immunochemical Assessment of 5-Methylcytosine and 5-Hydroxymethylcytosine Using Nitrogen Mustard Modified Linkers2019

    • 著者名/発表者名
      小島直、須田友美、栗之丸隆章、栗田僚二
    • 学会等名
      The 46th International Symposium on Nucleic Acids Chemistry, The 3rd Annual Meeting of Japan Society of Nucleic Acids Chemistry
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Development of New Material and Device for Biomolecular Analysis2019

    • 著者名/発表者名
      栗田僚二
    • 学会等名
      4th International Conference on Nutraceuticals and Chronic Diseases
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] エピゲノムの迅速分析に向けた材料創成とマイクロデバイス化2019

    • 著者名/発表者名
      栗田僚二
    • 学会等名
      日本分析化学会第68年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Electrochemiluminescence derived from Surface Accumulable Co-reactant for Biomolecular Determinations2019

    • 著者名/発表者名
      栗田僚二
    • 学会等名
      17th ISEAC & 3rd ECL
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 特異/非特異プローブによるマイクロフルイディクスでの生体分子検出2019

    • 著者名/発表者名
      栗田僚二
    • 学会等名
      JASISカンファレンス
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 表面プラズモン共鳴チップによるパターン認識に基づく培養細胞の非破壊的評価2019

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      第14回ナノ・バイオメディカル学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 生体試料の特徴パターンを出力する表面プラズモン共鳴センサチップの開発2019

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第39回研究会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 細胞の特徴パターンを出力する表面プラズモン共鳴センサの開発2019

    • 著者名/発表者名
      菅井祥加、冨田峻介、石原紗綾夏、吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      Chem-Bio Joint Seminar 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗体のバルジ構造特異的な認識を利用したrRNA修飾塩基検出法2018

    • 著者名/発表者名
      吉岡恭子、栗田僚二
    • 学会等名
      日本分析化学会第67年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Detection of Cytosine Variants of DNA Using Surface Plasmon Resonance-Based Immunoassay2018

    • 著者名/発表者名
      栗之丸隆章、小島直、栗田僚二
    • 学会等名
      第45回国際核酸化学シンポジウム日本核酸化学会第2回年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] エピゲノム修飾の包括的評価にむけたSPRイムノアッセイの開発2018

    • 著者名/発表者名
      栗之丸隆章、小島直、栗田僚二
    • 学会等名
      第12回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 核酸固定化試薬の開発とメチル化シトシンイムノアッセイへの応用2018

    • 著者名/発表者名
      小島直、栗之丸隆章、須田友美、栗田僚二
    • 学会等名
      日本核酸医薬学会第4回年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] シトシンバリアントの一括計測に向けたSPRイムノアッセイの開発2018

    • 著者名/発表者名
      栗之丸隆章、小島直、栗田僚二
    • 学会等名
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第37回研究会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Immobilization of Genomic DNA with Bifunctional Linker Molecules for 5-Methylcytosine Immunoassay2018

    • 著者名/発表者名
      小島直、栗之丸隆章、須田友美、栗田僚二
    • 学会等名
      9th Annual symposium of the Indian Scientists Association in Japan
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 国際学会

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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