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低ノイズlncRNA検出システムの開発と複合体分析による分化スイッチ機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K06317
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分44040:形態および構造関連
研究機関東邦大学

研究代表者

川田 健文  東邦大学, 理学部, 教授 (30221899)

研究分担者 村本 哲哉  東邦大学, 理学部, 准教授 (10612575)
研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2018年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードlncRNA / 細胞性粘菌 / STAT / イメージング / 形成体(オーガナイザー)
研究成果の概要

細胞質lncRNAでの詳細な機能解析や動態追跡された例は限られる。細胞性粘菌の細胞質lncRNAである dutAの詳細な発生における組織特異的局在変化の解析を行い、それを反映したと思われるイメージング用の株を作製した。
同時にRNA-タンパク質複合体組成を分析するために、プルダウン法により多くのdutA RNA結合タンパク質を同定した。また、様々なdutA 変異株を作製し、dutA RNAが転写因子STATaのリン酸化レベルと核移行率の両方に有意に影響することを示した。更に、ChIP-seqによって新規のSTATa標的候補遺伝子を多数同定した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

細胞性粘菌の形成体で機能する転写因子STATaの活性とその調節に関わる細胞質lncRNA dutAの機能を明らかにするには、従来の手法に加え、細胞生物学的手法など全く新しい分野からのアプローチが必要であった。例えば、lncRNA配列中に潜む機能単位とlncRNAの細胞内挙動と生理機能の関連性を理解する必要があるが、本研究で得られた技術はこれを解決するために非常に有益である。
本研究で明らかにしたdutA RNAと結合するタンパク質複合体の構成要素もlncRNAの機能解明に必須である。今回得られた結果はlncRNAによる未分化状態維持と分化のスイッチング機構の解明に貢献すると期待される。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (10件)

すべて 2021 2019 2018

すべて 雑誌論文 (6件) (うち国際共著 2件、 査読あり 6件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (4件)

  • [雑誌論文] Loss of PIKfyve Causes Transdifferentiation of Dictyostelium Spores Into Basal Disc Cells2021

    • 著者名/発表者名
      Yamada Yoko、Forbes Gillian、Du Qingyou、Kawata Takefumi、Schaap Pauline
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 9 ページ: 692473-692473

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.692473

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Role of LrrkA in the Control of Phagocytosis and Cell Motility in Dictyostelium discoideum2021

    • 著者名/発表者名
      Bodinier Romain、Sabra Ayman、Leiba Jade、Marchetti Anna、Lamrabet Otmane、Ayadi Imen、Fili? Vedrana、Kawata Takefumi、Weber Igor、Cosson Pierre
    • 雑誌名

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      巻: 9 ページ: 629200-629200

    • DOI

      10.3389/fcell.2021.629200

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Analysis of DrkA kinase's role in STATa activation2019

    • 著者名/発表者名
      Saga Y, Iwade Y, Araki T, Ishikawa M, Kawata T.
    • 雑誌名

      Genes to Cells

      巻: - 号: 6 ページ: 422-435

    • DOI

      10.1111/gtc.12686

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] LrrkA, a kinase with leucine‐rich repeats, links folate sensing with Kil2 activity and intracellular killing2019

    • 著者名/発表者名
      Bodinier Romain、Leiba Jade、Sabra Ayman、Jauslin Tania N.、Lamrabet Otmane、Guilhen Cyril、Marchetti Anna、Iwade Yumi、Kawata Takefumi、Lima Wanessa C.、Cosson Pierre
    • 雑誌名

      Cellular Microbiology

      巻: 22 号: 1

    • DOI

      10.1111/cmi.13129

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Generation of deletions and precise point mutations in Dictyostelium discoideum using the CRISPR nickase2019

    • 著者名/発表者名
      Iriki Hoshie、Kawata Takefumi、Muramoto Tetsuya
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 14 号: 10 ページ: e0224128-e0224128

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0224128

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Recent Advances in CRISPR/Cas9-Mediated Genome Editing in Dictyostelium2019

    • 著者名/発表者名
      Muramoto Tetsuya、Iriki Hoshie、Watanabe Jun、Kawata Takefumi
    • 雑誌名

      Cells

      巻: 8 号: 1 ページ: 46-46

    • DOI

      10.3390/cells8010046

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 細胞性粘菌オーガナイザーで働くlncRNA dutA及びのdutA RNA結合タンパク質の機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      嵯峨幸夏、橘高昂平、福澤雅志、川田健文
    • 学会等名
      第21回日本RNA生物学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 局在変化を示す細胞性粘菌細胞質lncRNA dutAの機能解析2018

    • 著者名/発表者名
      嵯峨幸夏、橘高昂平、川田健文
    • 学会等名
      第20回日本RNA生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of dutA, a cytosolic lncRNA showing drastic change of the localization during terminal differentiation in Dictyostelium.2018

    • 著者名/発表者名
      Yukika Saga, Kohei Kitsutaka, Takefumi Kawata
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] Identification of dutA RNA-binding protein in Dictyostelium discoideum.2018

    • 著者名/発表者名
      Kohei Kitsutaka, Yukika Saga, Saki Tamukai, Takefumi Kawata
    • 学会等名
      第41回日本分子生物学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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