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時計タンパク質における時空間階層運動の協奏が創る機能発現機構の理論的解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K14185
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分32010:基礎物理化学関連
研究機関分子科学研究所

研究代表者

甲田 信一  分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 助教 (10790404)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2019年度: 520千円 (直接経費: 400千円、間接経費: 120千円)
2018年度: 3,120千円 (直接経費: 2,400千円、間接経費: 720千円)
キーワード体内時計 / シアノバクテリア / 時計タンパク質 / 数理モデル / 概日リズム / 反応モデル / ATP加水分解 / 階層性 / シミュレーション
研究成果の概要

本課題ではシアノバクテリアの体内時計の中枢を構成する時計タンパク質KaiABC振動子の動作原理に関し理論研究を行った。特に、KaiB-KaiC複合体形成に焦点を絞り、その詳細な進行過程を理論的に提案した。本研究のでは既報の実験データを詳細に検討することで、見過ごされた重要な事実を理論的/数値的に立証した。例えば2020年にはKaiB-KaiC複合体形成速度の遅さの起源に関し、従来の説とは異なりKaiC側に遅さの起源が存在することを示した。また最終年度には、KaiB-KaiC複合体形成とKaiCのATP加水分解の協同関係の詳細を理論的見地から新たに提案した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

体内時計は多くの生物が備える機能であり、その原理の解明は重要である。特にシアノバクテリアの体内時計はわずか3種のタンパク質から構成されており、時計の原理を分子レベルで理解するために格好のモデルである。本研究は振動子の発振において中枢的な役割を担うKaiB-KaiC複合体形成の機構を素過程レベルで明らかにした。これは振動子の分子レベルの動作原理の更なる理解につながるものと考えられる。

報告書

(5件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (3件)

すべて 2022 2020 2018

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 2件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Multimeric structure enables the acceleration of KaiB-KaiC complex formation induced by ADP/ATP exchange inhibition2022

    • 著者名/発表者名
      Shin-ichi Koda, Shinji Saito
    • 雑誌名

      PLOS Computational Biology

      巻: 18 号: 3 ページ: e1009243-e1009243

    • DOI

      10.1371/journal.pcbi.1009243

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An alternative interpretation of the slow KaiB-KaiC binding of the cyanobacterial clock proteins2020

    • 著者名/発表者名
      Koda Shin-ichi、Saito Shinji
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 10 号: 1 ページ: 10439-10439

    • DOI

      10.1038/s41598-020-67298-7

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 時計タンパク質KaiCの一方向的アロステリに関する反応モデル構築に基づく考察2018

    • 著者名/発表者名
      甲田信一、斉藤真司
    • 学会等名
      第21回理論化学討論会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2023-01-30  

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