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淘汰・浸透を経験したミトゲノムと核ゲノム内関連遺伝子の共進化プロセスの解明

研究課題

研究課題/領域番号 18K14802
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分45040:生態学および環境学関連
研究機関滋賀県立琵琶湖博物館

研究代表者

田畑 諒一  滋賀県立琵琶湖博物館, 研究部, 学芸員 (00793308)

研究期間 (年度) 2018-04-01 – 2021-03-31
研究課題ステータス 完了 (2020年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 390千円 (直接経費: 300千円、間接経費: 90千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2018年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円)
キーワード自然淘汰 / 浸透交雑 / 集団遺伝 / 進化 / ゲノム不和合 / 琵琶湖 / 淡水魚 / ミトコンドリアゲノム / 核ゲノム / アミノ酸 / 共進化 / 分子進化 / 遺伝子浸透 / 系統地理 / ミトゲノム
研究成果の概要

本研究では,自然淘汰の痕跡があった,もしくは浸透交雑を経験したミトコンドリアゲノムとミトコンドリア関連の核ゲノムの相互作用を見るため,日本淡水魚各種を対象に,核ゲノム解析(MIG-seqおよびRAD-seq,ゲノムリシーケンシングなど),全ゲノム決定を行った.
現在,ミトコンドリア関連遺伝子の抽出作業などは引き続き行っている最中であるが,本研究の中で,ヒナモロコの国内個体群における遺伝的撹乱による絶滅,ニゴイ類やナマズ類における地域個体群間での交雑,一部淡水魚での交雑による選択的な遺伝子流動の可能性が見いだされた.

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究で得られた最終的に得られる成果は,種間(もしくは種内の離れた系統間)交雑が起きた際や種が進化した際に生じる遺伝子の挙動という生物進化の重要なメカニズムを知ることができると期待される.また,これまでに得られた核ゲノム情報から,既に多くの種類で絶滅が危惧されている日本産淡水魚類において,種間もしくは種内系統間での交雑の実態を明らかにし,保護されているような種類,逆に身近な種類のいずれでも遺伝的撹乱における絶滅など危機的な状況が現在も迫っていることを明らかにした.

報告書

(4件)
  • 2020 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2019 実施状況報告書
  • 2018 実施状況報告書
  • 研究成果

    (14件)

すべて 2020 2019 2018 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 1件、 査読あり 2件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 1件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] 韓国国立洛東江生物資源館(韓国)

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 韓国国立洛東江生物資源館(韓国)

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Large-scale hybridization of Japanese populations of Hinamoroko, Aphyocypris chinensis, with A. kikuchii introduced from Taiwan2020

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Katsutoshi、Tabata Ryoichi、Nakajima Jun、Kobayakawa Midori、Matsuda Masanari、Takaku Kosuke、Hosoya Kazumi、Ohara Kenichi、Takagi Motohiro、Jang-Liaw Nian-Hong
    • 雑誌名

      Ichthyological Research

      巻: in press 号: 3 ページ: 361-374

    • DOI

      10.1007/s10228-019-00730-9

    • NAID

      120006876583

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Description of a new catfish, Silurus tomodai (Siluriformes: Siluridae) from central Japan2018

    • 著者名/発表者名
      HIBINO YUSUKE、TABATA RYOICHI
    • 雑誌名

      Zootaxa

      巻: 4459 号: 3 ページ: 507-507

    • DOI

      10.11646/zootaxa.4459.3.5

    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] タニガワナマズと東海地方産のナマズの遺伝的隔離と遺伝子流動2020

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・日比野友亮・福家悠介・西村俊明・渡辺勝敏・山﨑曜
    • 学会等名
      第54回日本魚類学会年会(ウェブ大会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] シマヒレヨシノボリ種群における遺伝的・形態的分化と遺伝子流動2020

    • 著者名/発表者名
      国松翔太・田畑諒一・佐藤健介・山﨑曜・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第54回日本魚類学会年会(ウェブ大会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 西日本における淡水魚の歴史的個体群動態の種間比較2020

    • 著者名/発表者名
      大貫渓介・田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      第54回日本魚類学会年会(ウェブ大会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] ニゴイとコウライニゴイの遺伝的集団構造と系統地理2019

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・富永浩史・中島淳・鬼倉徳雄・Sang-Ki KIM・Jeong-Nam YU・日比野友亮・柿岡諒・渡辺勝敏. 2019
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 日本産ナマズ属魚類の種判定およびマイクロサテライトDNAマーカーの開発2019

    • 著者名/発表者名
      岸本 友・奥山 永・田畑諒一・伊知地 稔・勝又啓史・川内智裕・中野江一郎・高橋純一
    • 学会等名
      第28回日本DNA多型学会学術集会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子遺伝解析に基づく固有種を中心とした琵琶湖産魚類の起源2019

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一
    • 学会等名
      日本魚類学会年会(シンポジウム:古代湖における魚類の適応進化と種多様性創出)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] MIG-seq 法から推定された琵琶湖産魚類の遺伝的集団構造2018

    • 著者名/発表者名
      田畑諒一・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] 日本産ヒナモロコにおける遺伝的撹乱2018

    • 著者名/発表者名
      渡辺勝敏・田畑諒一・中島淳・小早川みどり・高久宏佑・細谷和海・張廖年鴻
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [学会発表] ミャンマーの古代湖・インレー湖固有の淡水魚類Channa harcourtbutleriの起源2018

    • 著者名/発表者名
      福家悠介・Prachya Musikasinthorn・鹿野雄一・田畑諒一・松井彰子・渡辺勝敏
    • 学会等名
      日本魚類学会年会
    • 関連する報告書
      2018 実施状況報告書
  • [図書] ナマズの世界へようこそ2020

    • 著者名/発表者名
      前畑 政善、田畑 諒一
    • 総ページ数
      128
    • 出版者
      サンライズ出版
    • ISBN
      4883256766
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2018-04-23   更新日: 2022-01-27  

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