RNAの関与する原核生物ゲノム折りたたみ構造の解明

• 研究課題/領域番号: 19770145
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 分子生物学
• 研究機関: 筑波大学
• 研究代表者: 大庭 良介 筑波大学, 大学院・人間総合科学研究科, 助教 (30447883)
• 研究期間 (年度): 2007 – 2009
• 研究課題ステータス: 完了 (2009年度)
• 配分額: 3,900千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 600千円); 2009年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2008年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円); 2007年度: 1,300千円 (直接経費: 1,300千円)
• キーワード: 染色体構築 / 機能 / 分配 / 大腸菌 / 核様体 / 転写 / 原子間力顕微鏡 / 黄色ブドウ球菌 / 動態制御機構 / ゲノム / 核様体タンパク質

研究概要

細菌の転写・翻訳・複製の制御は、核様体と呼ばれるゲノムDNA・タンパク質・RNAから構成される高次複合体の構造・動態と密接に関係している。申請者は、核様体の構造・機能制御相関に焦点を当てて研究を進め、一本鎖RNAの新規合成が構造維持に決定的な働きをすることを明らかにした。さらに、共役して働く核様体の構成タンパク質の網羅的探索から、生育環境や種の違いによってタンパク質が大きく異なることを明らかにした。

研究成果

• [雑誌論文] C. elegans sym-1 is a downstream target of the Hunchback-like-1 developmental timing transcription factor. (2009)
  • 著者名/発表者名: Niwa R, Hada K, Moliyama K, Ohniwa RL, Tan Y, Cather KO, Chi W, Reinke W, Slack FJ
  • 雑誌名: Cell Cycle 15;8(24) ページ: 4147-54
  • 査読あり
• [雑誌論文] C.elegans sym-1 is a downstream target of the Hunchback-like-1 developmental timing transcription factor (2009)
  • 著者名/発表者名: Ryusuke Niwa, et al.
  • 雑誌名: Cell Cycle 15 ページ: 4147-54
  • 査読あり
• [雑誌論文] The sigH gene sequence can subspeciate staphylococci. (2008)
  • 著者名/発表者名: Morikawa K, Ohniwa RL, Kumano M, Okamura H, Saito S, Ohta T
  • 雑誌名: Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 61 ページ: 373-380
  • NAID: 120007138668
  • 査読あり
• [雑誌論文] In situ analysis of the higher-order genome structure in a single Escherichia coli cell. (2008)
  • 著者名/発表者名: Shindo E, Kubo K, Ohniwa RL, Takeyasu K, Yoshikawa K
  • 雑誌名: J Biotech 133 ページ: 172-176
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of HPF (Hibernation promoting factor) on translational activity in Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, Ohniwa RL, Yoshida H, Maki Y, Wada C, Wada A
  • 雑誌名: J Biochem 143 ページ: 425-433
  • 査読あり
• [雑誌論文] The sigH gene sequence can subspeciate staphylococci (2008)
  • 著者名/発表者名: Morikawa K
  • 雑誌名: Diagnostic Microbiology and Infectious Disease 61 ページ: 373-380
  • 査読あり
• [雑誌論文] Role of HPF (Hibernation promoting factor) on translational acivity in Escherichia coli (2008)
  • 著者名/発表者名: Ueta M, et. al.
  • 雑誌名: J Biochem 143 ページ: 425-433
  • 査読あり
• [雑誌論文] In situ analysis of the higher-order genome structure in a single Escherichia coli cell. (2008)
  • 著者名/発表者名: Shindo E, et. al.
  • 雑誌名: J Biochem 133 ページ: 172-176
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription-coupled Nucleoid Architecture in Bacteria. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Morikawa K, Takeshita SL, Kim J, Ohta T, Wada C, Takeyasu K
  • 雑誌名: Genes Cells 12 ページ: 1141-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Perspective Factor; Past, Present and Future of Life Sciences. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Hibino A, Takeyasu K
  • 雑誌名: PROCEEDINGS OF International Society for Scientometrics and Infometrics 2007 II ページ: 908-909
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcription-coupled Nucleoid Architecture in Bacteria (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, et. al.
  • 雑誌名: Genes Cells 12 ページ: 1141-52
  • 査読あり
• [雑誌論文] Perspective Factor; Past, Present and Future of Life Sciences. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, et. al.
  • 雑誌名: PROCEEDINGS OF International Society for Scie ntometrics and Infometrics 2007 II ページ: 908-909
  • 査読あり
• [学会発表] 核様体タンパク質の多様性;核様体タンパク質の比較プロテオミクス解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大庭良介、牛島由理、森川一也、斉藤慎二
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川県横浜市
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] 核様体タンパク質の多様性;核様体タンパク質の比較プロテオミクス解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 大庭良介, 他
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神奈川県
  • 年月日: 2009-12-09
• [学会発表] Diversification of nucleoid associated proteins in bacteria revealed by comparative proteomic analysis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Ushijima Y, Morikawa K, Saito S
  • 学会等名: BioMicroWorld
  • 発表場所: ポルトガル、リスボン
  • 年月日: 2009-12-04
• [学会発表] The genome of a hyperthermophilic archaeaon Thermococcus kodakaraens is consists of distinct structural domains enriched with histone or TK0471 (2009)
  • 著者名/発表者名: Ryosuke Ohniwa, et al.
  • 学会等名: BioMicroWorld
  • 発表場所: スペイン リスボン大学
  • 年月日: 2009-12-04
• [学会発表] The genome of a hyperthermophilic archaeaon Thermococcus kodakaraens is consists of distinct structural domains enriched with histone or TK0471 (2009)
  • 著者名/発表者名: H.Maruyama el al.
  • 学会等名: Gordon Research Conference
  • 発表場所: 米国 Waterville Valley Resort
  • 年月日: 2009-07-27
• [学会発表] Escherichia coli mutants deficient in nucleoid proteins exhibit distinct genome folding. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Muchaku H, Morikawa K, Ohta T, Satio S, Wada C, Takeyasu K
  • 学会等名: 48th American Society of Cell Biology Annual Meeting
  • 発表場所: 米国、サンフランシスコ
  • 年月日: 2008-12-06
• [学会発表] Escherichia coli mutants deficient in nucleoid proteins exhibit distinct genome folding (2008)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, et.al.
  • 学会等名: 48th American Society of Cell Biology Annual Meeting
  • 発表場所: 米国、サンフランシスコ
• [学会発表] ヒストン様タシパク質Huが核様体構造に与える影響の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 無着弘喜, 他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 兵庫県神戸市
• [学会発表] Analysis of chromatin structure of the hyperthermophilic archaeaon Thermococcus kodakaraensis (2008)
  • 著者名/発表者名: Hugo Maruyama 他
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 兵庫県神戸市
• [学会発表] 細菌核様体の階層構造と動態制御機構 (2008)
  • 著者名/発表者名: 大庭良介, 他
  • 学会等名: 日本顕微鏡学会第64回学術講演会
  • 発表場所: 京都府京都市
• [学会発表] Ebb and flow of life science researches in past 30 years (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa, RL, et. al.
  • 学会等名: BMB
  • 発表場所: 神奈川県
  • 年月日: 2007-12-11
• [学会発表] Thermococcus kodakaraensis KOD1の染色体構造の解析 (2007)
  • 著者名/発表者名: 円山由郷, 他
  • 学会等名: 極限微生物学会年会
  • 発表場所: 福岡県
  • 年月日: 2007-11-29
• [学会発表] 黄色ブドウ球菌核様体の動態制御機構;大腸菌との類似点・相違点 (2007)
  • 著者名/発表者名: 大庭良介, 他
  • 学会等名: 第52回黄色ブドウ球菌学会
  • 発表場所: 徳島県
  • 年月日: 2007-09-15
• [学会発表] Involvement of Topoisomerase I and nascent single-stranded RNA in the bacterial chromosome architecture and dynamics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa, RL, et. al.
  • 学会等名: 16th International Chromosome Conference
  • 発表場所: オランダ・アムステルダム
  • 年月日: 2007-08-26
• [学会発表] Involvement of Topoisomerase I and nascent single-stranded RNA in the bacterial chromosome architecture and dynamics. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Morikawa K, Kim J, Ohta T Ishihama A, Wada C, Takeyasu K
  • 学会等名: 16th International Chromosome Conference
  • 発表場所: オランダ、アムステルダム
  • 年月日: 2007-08-08
• [学会発表] Perspective Factor;Past,Present and Future of Life Sciences. (2007)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa, RL, et. al.
  • 学会等名: 11th International Conference of the International Society for Scientometrics and Informetrics
  • 発表場所: スペイン・マドリッド
  • 年月日: 2007-06-26
• [図書] "Nucleoid Architecture and Dynamics in bacteria" Bacterial DNA, DNA Polymerase and DNA Helicases (2010)
  • 著者名/発表者名: Ohniwa RL, Morikawa K, Wada C, Ohta T, Takeyasu T
  • 総ページ数: 456
  • 出版者: Nova Science Publishers, Inc.
• [図書] Bacterial DNA, DNA Polymerase and DNA Helicases(Nucleoid Architecture and Dynamics in bacteria) (2010)
  • 著者名/発表者名: Ryosuke Ohniwa, et al.
  • 出版者: Nova Science Publishers(印刷中)
• [図書] 萌芽する科学技術(第四章データマイニングからの接近―「抽出する」―) (2009)
  • 著者名/発表者名: 大庭良介, 他
  • 出版者: 京都大学出版会
• [図書] "Biochemical and Biophysical Basis of Genome Folding Mechanisms" Progress in Biopolymer Research (2008)
  • 著者名/発表者名: Kobori T, Hizume K, Ohniwa RL, Yoshimura SH, Takeyasu K
  • 出版者: Nova Science Publishers, Inc.
• [備考]
  • URL: http://www.md.tsukuba.ac.jp/basic-med/infectionbiology/microbiology/
• [備考]
  • URL: http://www.md.tsukuba.ac.jp/basic-med/infectionbiology/microbiology/
• [備考]
  • URL: http://www.md.tsukuba.ac.jp/basic-med/infectionbiology/microbiology/
• [備考]
  • URL: http://www.md.tsukuba.ac.jp/basic-med/infectionbiology/microbiology/