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物理的に妥当な関係式による生体分子モーターF1-ATPaseのエネルギー論の展開

研究課題

研究課題/領域番号 19H01864
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分13040:生物物理、化学物理およびソフトマターの物理関連
研究機関東北大学

研究代表者

中山 洋平  東北大学, 工学研究科, 助教 (20757728)

研究分担者 中村 壮伸  国立研究開発法人産業技術総合研究所, 材料・化学領域, 主任研究員 (10642324)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,940千円 (直接経費: 13,800千円、間接経費: 4,140千円)
2023年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 12,480千円 (直接経費: 9,600千円、間接経費: 2,880千円)
キーワード分子モーター / 非平衡熱力学 / 非平衡統計力学 / 生物物理
研究開始時の研究の概要

生体分子モーターF1-ATPaseが持っているとされる、内部散逸が極めて小さいという性質を、反応座標の選び方によらない手法で一分子実験を行うことで検討し直す。
これまでの研究で、F1-ATPaseが回転する際に生じる熱を議論するために使われてきた関係式は、どのような変数に着目するかに応じて結果が変わってしまう、という意味で物理的に妥当でないことがわかっている。
顕微鏡観察によってF1-ATPaseの運動を一分子レベルで測定するときに、着目している変数がどのような性質を持っているかは一般には明らかではないので、この問題を解決した関係式を用いて、F1-ATPaseの内部散逸の測定を行う。

研究成果の概要

生体分子モーターの一種であるF1-ATPaseは、アデノシン三リン酸(ATP)を消費して分子モーターとして動作するだけでなく、逆にATP合成酵素としても動作する。本研究では、この2つの動作が単なる互いの逆過程ではなく、大きく異なった性質を持つことを明らかにした。F1-ATPaseのエネルギー論を調べるために使われていた関係式の妥当性を考え直す、という着想がこの過程では鍵となった。また、2つの動作の間の非対称性を生み出しているメカニズムも解明することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

明らかになったメカニズムは、分子モーター・ATP合成酵素のどちらかとして動作している場合のみに働く制御機構とみなせる。ATPは細胞内のエネルギー通貨と呼ばれる分子であるため、その合成を担うF1-ATPaseの制御は精密になされていると期待できる。そのため、今回得られた成果は他の生体分子モーターや人工分子モーターに制御機構を実装する上での指針になる、という意義がある。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 2019 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件) 学会発表 (6件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Derivation of the Invariant Free-Energy Landscape Based on Langevin Dynamics2024

    • 著者名/発表者名
      Nakamura Takenobu
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 132 号: 13 ページ: 137101-137101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.132.137101

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Optimal Rectification without Forward-Current Suppression by Biological Molecular Motor2021

    • 著者名/発表者名
      Nakayama Yohei、Toyabe Shoichi
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 126 号: 20 ページ: 208101-208101

    • DOI

      10.1103/physrevlett.126.208101

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Stochastic order parameter dynamics for phase coexistence in heat conduction2021

    • 著者名/発表者名
      Sasa Shin-ichi、Nakagawa Naoko、Itami Masato、Nakayama Yohei
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 号: 6 ページ: 062129-062129

    • DOI

      10.1103/physreve.103.062129

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effective Langevin equations leading to large deviation function of time-averaged velocity for a nonequilibrium Rayleigh piston2021

    • 著者名/発表者名
      Itami Masato、Nakayama Yohei、Nakagawa Naoko、Sasa Shin-ichi
    • 雑誌名

      Physical Review E

      巻: 103 号: 2 ページ: 022125-022125

    • DOI

      10.1103/physreve.103.022125

    • NAID

      120007164841

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Tight Chemomechanical Coupling of the F1 Motor Relies on Structural Stability2020

    • 著者名/発表者名
      Tanaka Mana、Kawakami Tomohiro、Okaniwa Tomoaki、Nakayama Yohei、Toyabe Shoichi、Ueno Hiroshi、Muneyuki Eiro
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 119 号: 1 ページ: 48-54

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2020.04.039

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Multiplicative Langevin equation to reproduce long-time properties of nonequilibrium Brownian motion2020

    • 著者名/発表者名
      Seya Atsumasa、Aoyagi Tatsuya、Itami Masato、Nakayama Yohei、Nakagawa Naoko
    • 雑誌名

      Journal of Statistical Mechanics: Theory and Experiment

      巻: 2020 号: 1 ページ: 013201-013201

    • DOI

      10.1088/1742-5468/ab54bc

    • 関連する報告書
      2019 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] F1-ATPaseが示すATP合成/分解の間で非対称な基質濃度依存性のTASAMによる解析2023

    • 著者名/発表者名
      中山洋平
    • 学会等名
      日本物理学会 2023年春季大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] F1-ATPaseの反応速度のATP分解/合成とで非対称な基質濃度依存性2022

    • 著者名/発表者名
      中山洋平,鳥谷部祥一
    • 学会等名
      日本物理学会 第77回年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 生体分子モーターF1のATP合成という目的に合った設計原理2021

    • 著者名/発表者名
      中山洋平
    • 学会等名
      日本物理学会 2021年秋季大会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 自由エネルギーの浪費を抑えるF1-ATPaseの速度論的制御機構2020

    • 著者名/発表者名
      中山洋平,鳥谷部祥一
    • 学会等名
      日本物理学会 2020年秋季大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Kinetic ratchet mechanism of F1-ATPase selectively suppresses hydrolysis of ATP2020

    • 著者名/発表者名
      中山洋平,鳥谷部祥一
    • 学会等名
      The 58th Annual Meeting of the BSJ
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] F1_-ATPaseにおけるATP合成/分解の非対称性2020

    • 著者名/発表者名
      中山洋平, 鳥谷部祥一
    • 学会等名
      日本物理学会 第75回年次大会
    • 関連する報告書
      2019 実績報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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