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イネの多様なエピジェネティック制御を司るDNA脱メチル化酵素の分子機構の理解

研究課題

研究課題/領域番号 19K05974
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分39010:遺伝育種科学関連
研究機関横浜市立大学

研究代表者

小野 明美  横浜市立大学, 木原生物学研究所, 特任助教 (90732826)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,040千円 (直接経費: 800千円、間接経費: 240千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードエピジェネティクス / DNAメチル化 / DNA脱メチル化酵素 / 胚乳発生 / トランスポゾン / イネ胚乳発生
研究開始時の研究の概要

植物種子の胚乳は胚を支える組織であり、穀類においては農業形質の価値を決める重要な組織である。種間・倍数体間交雑における生殖隔離の場でもあり、進化的にも大きな役割を果たしている。このような胚乳の多様な役割にはジェネティックな制御に加え、エピジェネティックな制御、特にDNA脱メチル化による遺伝子発現制御が様々な形で関わることが示唆されている。本研究課題は、イネを材料に用いてDNA脱メチル化酵素の基質特異性、相互作用因子を明らかにすることで、胚乳における多様なエピジェネティック制御の仕組みの一端を理解していく。

研究成果の概要

イネのもつ6つのDNA脱メチル化酵素の特異性を支える分子機構を解明していくための解析を試みた。その中で、DNA脱メチル化酵素の基質として考えられるイネゲノム中のトランスポゾンの発現が、胚乳発生に伴ってダイナミックかつユニークな変動を示すことを明らかにした。それぞれの酵素の変異体では、その変動に相違があることが示唆された。またDNA脱メチル化酵素と相互作用する因子を生化学等の方法により明らかにしていくために、tag付きDNA脱メチル化酵素を発現したイネを作出し解析に着手した。得られた成果の一部は、論文投稿、学会発表により報告した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

胚乳は胚の生育を支える栄養を供給するとともに、穀類においては農業形質を決める重要な組織である。また種間・倍数体間交雑における生殖隔離の場でもあり、進化的な役割も大きい。このような胚乳の多様な役割の背景には、エピジェネティックな制御が不可欠であるがその分子機構の理解は限られている。分子機構の解明に直接関わる成果とともに、エピジェネティック修飾をはじめとする胚乳発生に伴う様々な情報の蓄積、ゲノムワイドシーケンスや生化学実験等における方法論の確立・改良、変異体やタグ付きタンパク発現イネなどの実験材料の拡充といった成果も含めて、胚乳の成り立ちや役割の理解、育種への利用へと貢献することを期待している。

報告書

(5件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (16件)

すべて 2023 2022 2021 2019

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 3件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 3件)

  • [雑誌論文] Temporal changes in transcripts of miniature inverted-repeat transposable elements during rice endosperm development2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Nagata, Akemi Ono, Kaoru Tonosaki, Taiji Kawakatsu, Yutaka Sato, Kentaro Yano, Yuji Kishima, Tetsu Kinoshita
    • 雑誌名

      The Plant Journal

      巻: 109 号: 5 ページ: 1035-1047

    • DOI

      10.1111/tpj.15698

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Mutation of the imprinted gene OsEMF2a induces autonomous endosperm development and delayed cellularization in rice2021

    • 著者名/発表者名
      Tonosaki Kaoru、Ono Akemi、Kunisada Megumi、Nishino Megumi、Nagata Hiroki、Sakamoto Shingo、Kijima Saku T、Furuumi Hiroyasu、Nonomura Ken-Ichi、Sato Yutaka、Ohme-Takagi Masaru、Endo Masaki、Comai Luca、Hatakeyama Katsunori、Kawakatsu Taiji、Kinoshita Tetsu
    • 雑誌名

      The Plant Cell

      巻: 33 ページ: 85-103

    • DOI

      10.1093/plcell/koaa006

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Epigenetics and plant reproduction: Multiple steps for responsibly handling succession2021

    • 著者名/発表者名
      Ono Akemi、Kinoshita Tetsu
    • 雑誌名

      Current Opinion in Plant Biology

      巻: 61 ページ: 102032-102032

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2021.102032

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] DNA demethylation by ROS1a in rice vegetative cells promotes methylation in sperm2019

    • 著者名/発表者名
      Kim M. Yvonne、Ono Akemi、Scholten Stefan、Kinoshita Tetsu、Zilberman Daniel、Okamoto Takashi、Fischer Robert L.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 印刷中 号: 19 ページ: 9652-9657

    • DOI

      10.1073/pnas.1821435116

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] ミトコンドリア内膜に存在するOsATM3の解析2023

    • 著者名/発表者名
      矢口杏珠、丸岡博、小野明美、殿崎薫、遠藤真咲、木下晢
    • 学会等名
      日本育種学会 第143回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] WGBSとEM-seqの比較~イネ胚乳におけるDNAメチル化解析に向けて~2023

    • 著者名/発表者名
      上地真子、浅井一希、殿崎薫、小野明美、木下晢
    • 学会等名
      日本育種学会 第143回講演会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Unique heterochromatin landscape in the rice endosperm.2022

    • 著者名/発表者名
      T. Kawakatsu, H. Nishida, H. Nagata, A. Ono, K. Tonosaki, T. Kinoshita
    • 学会等名
      The 2022 Cold Spring Harbor Asia Conference Integrative Epigenetics in Plants
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Multiple-layers of epigenetic controls in the genomic imprinting during rice endosperm development.2022

    • 著者名/発表者名
      K. Tonosaki, A. Ono, H. Furuumi, Y. Sato, T. Kawakatsu, T. Kinoshita
    • 学会等名
      The 2022 Cold Spring Harbor Asia Conference Integrative Epigenetics in Plants
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] イネ胚乳におけるMERMITE18Bトランスポゾンサブファミリーの転写と転写制御機構2021

    • 著者名/発表者名
      永田博基, 小野明美, 殿崎薫, 川勝泰二, 木下哲
    • 学会等名
      日本分子生物学会 第44回年会(MBSJ2021)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] イネ胚乳発生を制御するポリコーム複合体の標的遺伝子の同定2021

    • 著者名/発表者名
      殿崎薫、小野明美、古海弘康、野々村賢一、佐藤豊、遠藤真咲、Luca Comai、畠山勝徳、川勝泰二、木下哲
    • 学会等名
      日本育種学会春季大会(第139回講演会)
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Functional analysis of OsEMF2a in rice endosperm development2019

    • 著者名/発表者名
      Megumi Nishino, Kaoru Tonosaki, Megumi Kunisada, Akemi Ono, Tetsu Kinoshita
    • 学会等名
      17th International Symposium on Rice Functional Genomics
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] イネの鉄硫黄クラスター合成経路遺伝子OsATM3 の機能解析2019

    • 著者名/発表者名
      丸岡博、小野明美、永田博基、遠藤真咲、三上雅史、木下哲
    • 学会等名
      日本育種学会秋季大会(第136回講演会)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] イネ種間雑種胚乳におけるインプリントーム解析2019

    • 著者名/発表者名
      殿崎 薫、 川勝 泰二、 小野 明美、 古海 弘康、 野々村 賢一、 Comai Luca、 木下 哲
    • 学会等名
      日本育種学会秋季大会(第136回講演会)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 自律的胚乳発生を示すOsEMF2aの形態学的解析2019

    • 著者名/発表者名
      国定 愛美,殿崎 薫,西野 愛,小野 明美,木下 哲
    • 学会等名
      日本育種学会秋季大会(第136回講演会)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] イネ胚、胚乳発生時におけるTEのサブクラス特異的な発現2019

    • 著者名/発表者名
      永田博基 、小野明美 、福田友一 、貴島祐治 、矢野健太郎 、木下哲
    • 学会等名
      第13回エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] イネにおけるDNA脱メチル化酵素変異体の解析2019

    • 著者名/発表者名
      浅井一希、小野明美、永田博基、福田友一、三上雅史、遠藤真咲、木下哲
    • 学会等名
      第13回エピジェネティクス研究会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2024-01-30  

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