| 研究課題/領域番号 |
19K06891
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 応募区分 | 一般 |
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| 審査区分 |
小区分46010:神経科学一般関連
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| 研究機関 | 長崎県立大学 (2022)
関西医科大学 (2019-2021) |
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研究代表者 |
田中 進 長崎県立大学, 看護栄養学部, 教授 (30399472)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
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| キーワード | 網羅的遺伝子発現解析 / ナノポアシークエンス / 単一細胞解析 / オレキシン / 睡眠 / 覚醒 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
オレキシンニューロンは覚醒を制御しており、空腹時の餌の探索や日中の活動等、覚醒度が必要な際、活性化される。逆に休息を必要とする際には抑制され、睡眠時や我々が見出したように感冒時にも抑制される。その抑制機構はオレキシンニューロン自体の脆弱性のためにあまり研究が進んでおらず、独創性の高い本研究によりそれが解き明かされることが期待される。
本研究は脳内の睡眠覚醒機構の新たな一端を解明する社会的要求の高い研究であり、オレキシンニューロンに異常を持つナルコレプシー病態の解明のみならず、日本人の3人に一人が苦しむ不眠症治療への橋渡しともなる大変意義の深い研究である。
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| 研究成果の概要 |
本研究は遺伝子改変マウスを用いた解析を主軸としていたが、COVID19の影響を受け、その飼育環境の制限により遂行が困難であった。
そのため、解析手法であるナノポアシークエンスの解析プラットフォームの開発に主眼を置き、マッピング用のminimap2をlong read用に調整、マッピング, FeatureCountsでリードカウント、補正後、edgeRで発現変動遺伝子（FDR<0.01）を抽出した。これにより予備検討として用いた培養細胞での各遺伝子座での処理群で変動するmRNAコピー数の変化ならびにExon-Intron構造の変化したスプライシングバリアント遺伝子を複数同定した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
ナノポアシークエンスはRNAをRNAのまま配列決定することが可能なバイアスを抑えたシステムでありより生理的な状態の遺伝子発現変化を見るための優れた方法であるが、現在ナノポアシークエンス技術を用いたヒト組織を対象とする網羅的遺伝子発現解析は国内外を通じて29報しか報告されていない。これは解析パイプラインが整っていないこととコスト的な要因が大きいと考えられ、そのため我々は新規解析法を開発した。
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