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ゲノム・エピゲノム・トランスクリプトーム解析による頭頸部癌の腫瘍内不均一性の解明

研究課題

研究課題/領域番号 19K09923
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分56050:耳鼻咽喉科学関連
研究機関東京大学 (2021)
国立研究開発法人国立がん研究センター (2019-2020)

研究代表者

小林 謙也  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (80648311)

研究分担者 森 泰昌  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 医員 (00296708)
吉本 世一  国立研究開発法人国立がん研究センター, 中央病院, 科長 (00462242)
安藤 瑞生  岡山大学, 岡山大学, 教授 (60511467)
研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
キーワード頭頸部癌 / ゲノム解析 / 腫瘍内不均一性 / TP53 / 頭頸部扁平上皮癌 / ゲノム進化 / ゲノム / サブクローン進化
研究開始時の研究の概要

予後不良頭頸部扁平上皮癌の空間的・時間的な腫瘍内不均一性を二つの観点から解析する。
①再発頭頸癌のゲノム・エピゲノム・トランスクリプトームにおける空間的・時間的不均一性の検討
根治治療後早期に再発を認めた65例の『初回切除標本』及び『再発病変(局所、頸部、遠隔)』から無作為に3箇所検体を採取し分子生物学的な解析を行い、時系列に比較検討する。
②病理組織学的所見とゲノム・エピゲノム変化パターンの比較検討
切除断端陰性ながら局所再発をきたした25例における、『切除時の腫瘍本体』、『切除断端』、『再発腫瘍』の変異ステータスを解析し、病理組織所見と比較する。

研究成果の概要

本研究は予後不良頭頸部扁平上皮癌の時間的な腫瘍内不均一性を解明することを目的とした。標準治療367例から抽出した局所頸部再発症63例の初回腫瘍及び再発腫瘍126のペア検体の遺伝子変異ステータスを次世代シークエンサーにて解析した。
再発した腫瘍のうち、22%でTP53に新たな変異が蓄積し、16%が元の変異を失っていた。TP53変異の蓄積は、口腔癌では咽頭癌や喉頭癌に比べて有意に高かった。再発後の2年生存率は、再発時のTP53ステータスと関連していたが、初期腫瘍のTP53ステータスとは関連していなかった。再発腫瘍のTP53ステータスは、多変量解析において独立した危険因子であった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

がんの網羅的ゲノム解析により、がんのサブクローン進化とそれに伴う腫瘍内不均一性が明らかになってきた。頭頸部癌においても、腫瘍内不均一性の報告はあるが、十分には解明されていない。本研究では、頭頸部扁平上皮癌の初回および再発ペア検体の詳細なゲノム解析を施行した。再発頭頸部癌の約3分の1は、初期腫瘍と異なる変異ステータスを持ち、変異の蓄積の程度は原発部位により異なることが明らかとなった。また、再発時の遺伝子変異プロファイルが、その後の予後に強く関与することも示された。今回の結果により、頭頸部扁平上皮癌でも遺伝子変異プロファイルは腫瘍増殖より変化し、悪性度に関与することが示唆された。

報告書

(4件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (21件)

すべて 2021 2020 2019

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 10件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (8件) 図書 (3件)

  • [雑誌論文] Olfactory preservation in craniofacial resection of tumor invading hemianterior skull base: operative video.2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Miyakita Y, Matsumoto F, Omura G, Matsumura S, Ikeda A, Eguchi K, Ito A, Narita Y, Akazawa S, Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      J Neurol Surg B.

      巻: -

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Full-coverage TP53 deep sequencing of recurrent head and neck squamous cell carcinoma facilitates prognostic assessment after recurrence.2021

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Yoshimoto S, Ando M, Matsumoto F, Murakami N, Omura G, Honma Y, Matsumoto Y, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, Ito A, Ryo E, Yatabe Y, Mori T.
    • 雑誌名

      Oral Oncol.

      巻: 113 ページ: 105091-105091

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Carotid artery ligation via sternotomy as a palliative surgery: Case report of advanced inttramediastinal malignant soft tissue tumor.2021

    • 著者名/発表者名
      Eguchi K, Kobayashi K, Takano T, Ito A, Sakai A, Ikeda A, Matsumoto Y, Omura G, Matsumoto F, Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      Clin Case Rep.

      巻: 9 ページ: 10-10

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Uniform infection screening allowed safe head and neck surgery during the coronavirus disease 2019 pandemic in Japan.2021

    • 著者名/発表者名
      Ito A, Kobayashi K, Shiotsuka M, Sato T, Omura G, Matsumoto Y, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, Takano T, Matsumoto F, Kobayashi O, Iwata S, Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      Jpn J Clin Oncol.

      巻: 51 ページ: 400-407

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Uniform infection screening allowed safe head and neck surgery during the coronavirus disease 2019 pandemic in Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Akiko I, Kobayashi K, Shiotsuka M, Sato T, Omura G, Matsumoto Y, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, Takano T, Matsumot F, Kobayashi O, Iwata S, Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      Jpn J Clin Oncol .

      巻: 51 号: 3 ページ: 400-407

    • DOI

      10.1093/jjco/hyaa195

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Full-coverage TP53 deep sequencing of recurrent head and neck squamous cell carcinoma facilitates prognostic assessment after recurrence.2020

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Yoshimoto S, Ando M, Matsumoto F, Murakami N, Omura G, Honma Y, Matsumoto Y, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, Ito A, Eigitsu R, Yatabe Y, Mori T.
    • 雑誌名

      Oral oncology

      巻: 113 ページ: 105091-105091

    • DOI

      10.1016/j.oraloncology.2020.105091

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Risk Factors for Delayed Surgical Recovery and Massive Bleeding in Skull Base Surgery.2020

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Matsumoto F, Miyakita Y, Arikawa M, Omura G, Matsumura S, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, Narita Y, Akazawa S, Miyamoto S, Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      Biomed Hub.

      巻: 5 号: 2 ページ: 87-100

    • DOI

      10.1159/000507750

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A surgical approach to schwannomas originating from the esophageal branch of the recurrent laryngeal nerve: Pictorial essay.2019

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Matsumoto Y, Matsumoto F, Sato T, Mori T, Tsuchida T, Omura G, Matsumura S, Ikeda A, Sakai A, Eguchi K, and Yoshimoto S.
    • 雑誌名

      Head Neck

      巻: 41 号: 11 ページ: 4054-4059

    • DOI

      10.1002/hed.25921

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ASO Author Reflections: Precise p53 Analysis in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Specimens Can Predict Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Outcomes2019

    • 著者名/発表者名
      Mori Taisuke、Kobayashi Kenya、Yoshimoto Seiichi
    • 雑誌名

      Annals of Surgical Oncology

      巻: 26 号: S3 ページ: 614-615

    • DOI

      10.1245/s10434-019-07433-5

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] All-Exon TP53 Sequencing and Protein Phenotype Analysis Accurately Predict Clinical Outcome after Surgical Treatment of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma2019

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Yoshimoto S, Matsumoto F, Ando M, Murakami N, Omura G, Fukasawa M, Matsumoto Y, Matsumura M, Akamatsu M, Hiraoka N, Eigitsu R, and Mori T
    • 雑誌名

      Annals of Surgical Oncology

      巻: 印刷中 号: 7 ページ: 2294-2303

    • DOI

      10.1245/s10434-019-07287-x

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 当科における耳下腺癌治療の顔面神経処理2021

    • 著者名/発表者名
      小林謙也、高野智誠、伊東明子、江口絋太郎、坂井梓、池田篤生、松本吉史、小村豪、吉本世一
    • 学会等名
      第45回日本頭頸部癌学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 患者由来腫瘍移植片モデルを用いた腺様嚢胞癌の進展機序の解明2021

    • 著者名/発表者名
      小林謙也
    • 学会等名
      第122回日本耳鼻咽喉科学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Establishment of Patient-Derived Xenografts of Adenoid Cystic Carcinoma with High-Grade Transformation2021

    • 著者名/発表者名
      Kenya Kobayashi, Taisuke Mori, Mizuo Ando, Yuki Saito, Hiroyuki Mano, Masahito Kawazu
    • 学会等名
      第80回日本癌学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] High-grade transformationを起こした唾液腺明細胞癌のゲノム解析2021

    • 著者名/発表者名
      小林謙也、江口紘太郎、坂井梓、松本吉史、小村豪、吉本世一
    • 学会等名
      第31回日本頭頸部外科学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 頭蓋底手術における嗅神経温存の工夫2020

    • 著者名/発表者名
      小林 謙也、伊東 明子、江口 紘太朗、坂井 梓、池田 篤生、松村 聡子、小村 豪、吉本 世一
    • 学会等名
      頭頸部癌学会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 当院における小児悪性腫瘍の 治療経験2020

    • 著者名/発表者名
      小林謙也、江口紘太朗、坂井梓、池田篤生、松村聡子、小村豪、吉本世一
    • 学会等名
      第30回頭頸部外科学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Risk factors for delayed surgical recovery and massive bleeding in skull base surgery.2019

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi K, Matsumoto F, Miyakita Y, Moti T, Omura G, Fukasawa M, Matsumoto Y, Matsumuta S, Akamatsu M, Yoshimoto S
    • 学会等名
      the 6th Asian society of head and neck oncology
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 再発頭頸部扁平上皮癌におけるTP53変異の時系列解析2019

    • 著者名/発表者名
      小林謙也、森泰介昌、安藤瑞生、坂井梓、池田篤生、赤松摩紀、松村聡子、小村豪、松本文彦、吉本世一
    • 学会等名
      第43回頭頸部癌学会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] 腺様嚢胞癌2021

    • 著者名/発表者名
      小林謙也
    • 出版者
      日本臨牀
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] JHONS 【治療法がめずらしい】嗅神経芽細胞腫2020

    • 著者名/発表者名
      小林謙也
    • 出版者
      東京医学社
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [図書] 日本臨牀 肉腫ー基礎・臨床の最新動向ー軟部肉腫 頭頸部2020

    • 著者名/発表者名
      小林謙也
    • 出版者
      日本臨牀社
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2023-01-30  

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