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実世界で動作するDNAナノマシン構築手法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 19K12216
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分62010:生命、健康および医療情報学関連
研究機関国立研究開発法人海洋研究開発機構 (2021-2023)
東京工業大学 (2019-2020)

研究代表者

小宮 健  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 研究員 (20396790)

研究期間 (年度) 2019-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2021年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2020年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
2019年度: 1,560千円 (直接経費: 1,200千円、間接経費: 360千円)
キーワードDNAコンピューティング / DNAナノマシン / 分子ロボティクス
研究開始時の研究の概要

本研究課題では、所望の性能を示すナノマシンを定量的に設計して構築する手法の確立を目的として、複数の安定状態を考慮したモデルを用いて設計を行い、実際にナノマシンを構築して動作を検証する。DNAの結合を競合させるという独自の着想にもとづいて、これまで検証されてこなかった「最安定ではない構造をどのように取り扱うべきか?」という問いに取り組む。三年間の研究期間において複数のDNAナノマシンを設計し、各ナノマシンが設計通りの動作特性を示すかを実験で検証して、構築手法の有効性を実証する。

研究成果の概要

ナノ構造の設計に対し、ナノマシンの設計では構造間で変化する効率なども考慮して設計する必要がある。本研究では、シミュレーションと実験を併用しながら、ナノ構造を段階的に変化させて仕事をする人工ナノマシンを構築する手法の開発に取り組んだ。従来の反応条件の最適化では不可避であった酵素反応における副反応を、人工核酸の導入により抑制できることを見出したほか、多段階の伸長反応で情報処理を実行するDNAナノマシンを所望の温度条件下で効率良く動作させることなどに成功し、その成果について学会発表や論文公表を行った。

研究成果の学術的意義や社会的意義

従来の反応条件の最適化では抑制できない酵素反応の副反応を、人工核酸の導入によって抑制する効果の発見は、本研究課題で構築するDNAナノマシンのみならず、DNAポリメラーゼを用いて一本鎖DNAを合成する反応系に広く適用できる有用な知見であり、核酸検査から材料調整まで多くの分野で活用が期待される。また、情報処理を実行するDNAナノマシンによる多段階動作の達成は、分子反応で情報を処理する実用レベルの反応系を創製するための基盤となる成果である。

報告書

(6件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実施状況報告書
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 2019 実施状況報告書
  • 研究成果

    (37件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 2019 その他

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (25件) (うち国際学会 5件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 備考 (3件)

  • [雑誌論文] Characterization of Cascaded DNA Generation Reaction for Amplifying DNA Signal2024

    • 著者名/発表者名
      Komiya, K., Noda, C., Yamamura, M
    • 雑誌名

      New Generation Computing

      巻: - 号: 2 ページ: 305-305

    • DOI

      10.1007/s00354-024-00249-2

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Practice of responsible research and innovation in the formulation and revision of ethical principles of molecular robotics in Japan2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya*, Ryuma Shineha*(*equal contribution), Naoto Kawahara
    • 雑誌名

      SN Applied Science

      巻: 4 号: 11 ページ: 305-305

    • DOI

      10.1007/s42452-022-05164-z

    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Molecular programming2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 雑誌名

      Encyclopedia of Robotics (M. H. Ang, O. Khatib, B. Siciliano Eds.)

      巻: - ページ: 1-7

    • DOI

      10.1007/978-3-642-41610-1_210-1

    • ISBN
      9783642416101
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Monotone Control of R Systems2022

    • 著者名/発表者名
      Ryutaro Yako, Daihei Ise, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 雑誌名

      New Generation Computing

      巻: in press 号: 2 ページ: 623-657

    • DOI

      10.1007/s00354-022-00166-2

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Reducing control alphabet size for the control of right linear grammars with unknown behaviors2021

    • 著者名/発表者名
      Kimoto Nobuya、Nakamura Shigetaka、Komiya Ken、Fujimoto Kenzo、Kobayashi Satoshi
    • 雑誌名

      Theoretical Computer Science

      巻: 862 ページ: 193-213

    • DOI

      10.1016/j.tcs.2020.11.051

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Leak-free million-fold DNA amplification with locked nucleic acid and targeted hybridization in one pot2019

    • 著者名/発表者名
      Komiya K.、Komori M.、Noda C.、Kobayashi S.、Yoshimura T.、Yamamura M.
    • 雑誌名

      Organic & Biomolecular Chemistry

      巻: 17 号: 23 ページ: 5708-5713

    • DOI

      10.1039/c9ob00521h

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Measurement of microRNA with isothermal DNA amplification on fully automated immunoassay analyzers2019

    • 著者名/発表者名
      Komori M.、Komiya K.、Shirakawa T.、Morikawa T.J.、Yoshimura T.
    • 雑誌名

      Analytical and Bioanalytical Chemistry

      巻: 411 号: 17 ページ: 3789-3800

    • DOI

      10.1007/s00216-019-01878-z

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Isothermal amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles2019

    • 著者名/発表者名
      Yusuke Sato, Ken Komiya, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Shin-ichiro M. Nomura
    • 雑誌名

      Chemical Communications

      巻: 印刷中 号: 62 ページ: 9084-9087

    • DOI

      10.1039/c9cc03277k

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] THERANOSTICS MOLECULAR ROBOT: DETECT A MIRNA FROM TUMOR CELLS AND GENERATE THE DNA DRUG IN A LIPOSOME2023

    • 著者名/発表者名
      H. Suzuki, K. Komiya, R. Kawano
    • 学会等名
      The 27th International Conference on Miniaturized Systems for Chemistry and Life Sciences (μTAS 2023)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Simple Cascading of DNA Generation Reaction for Avoiding Leak Amplification2023

    • 著者名/発表者名
      K. Komiya, C. Noda
    • 学会等名
      Twentyninth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA29)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of a DNA state machine driven by primer extension accompanying strand displacement reaction toward biological application2023

    • 著者名/発表者名
      K. Komiya, K. Sakamoto
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] Experimental Investigation of Cascaded DNA Generation Reaction as A Signal Amplification Circuit2023

    • 著者名/発表者名
      K. Komiya, C. Noda, M. Yamamura
    • 学会等名
      CBI学会2023年大会
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] miRNA 検出とアンチセンス薬生成のためのCascade 反応を内包した分子ロボット開発2023

    • 著者名/発表者名
      鈴木春音, 小宮健, 川野竜司
    • 学会等名
      「細胞を創る」研究会 16.0
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 分子ロボット研究者はなぜ未来について考えるのか2023

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      分子ロボット倫理シンポジウム「分子ロボットELSI論点モデル・ライフコースモデルの先へ:科学コミュニケーション実践をつうじた論点モデルの構築」
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Experimental Investigation of Extended Nucleic Acid Generation Circuits for DNA-based Signal Transduction2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Chizuru Noda
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] Characterization of Nucleic Acid Generation Circuits for DNA-based Signal Transduction2022

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Chizuru Noda
    • 学会等名
      第60回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] 10年後の分子ロボット倫理研究に向けて2022

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第6回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [学会発表] DNA Sequence Search for Hairpins with Hill-Shaped Melting Curve2021

    • 著者名/発表者名
      Takayuki Suzuki, Ken Komiya, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      Twentyseventh International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA27)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] On Monotone Control of Right Linear Grammars with Unknown Behaviors2021

    • 著者名/発表者名
      Daihei Ise, Shigetaka Nakamura, Ken Komiya, Kenzo Fujimoto, Satoshi Kobayashi
    • 学会等名
      Twentyseventh International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA27)
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Reduction of the length of state sequences for efficient operation of a DNA state machine under low temperature conditions2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Investigation of the optimal arrangement of state sequences for efficient operation of a DNA state machine2021

    • 著者名/発表者名
      Ken Komiya, Satoshi Kobayashi, Masayuki Yamamura and John A. Rose
    • 学会等名
      CBI学会2021年大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAが切り拓くものつくりについて2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      近畿青年技術士懇談会 2021年7月度例会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 分子ロボット技術の継続的なRRI実践モデルの構築2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第5回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] DNAコンピューティングによる”機器不要”診断薬の創製に向けて2021

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      バイオインダストリー奨励賞受賞者セミナー
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Optimization of the multi-step DNA computing reaction that implements a state machine2020

    • 著者名/発表者名
      Shuntaro Sato、Masayuki Yamamura、Ken Komiya
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Optimization of the multi-step DNA computing reaction using oxDNA MD simulation2020

    • 著者名/発表者名
      Shuntaro Sato、Masayuki Yamamura、Ken Komiya
    • 学会等名
      CBI学会2020年大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子ロボット将来像の共創に向けて2020

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      第4回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 核酸素子で生命のソフトウェア工学を探究する2020

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      核酸化学懇話会2020 北海道・東北地区セミナー
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Construction of DNA Amplification Circuit for Directing DNA Nanodevices and Quantifying Nucleic Acids2019

    • 著者名/発表者名
      Komiya K.、Enomoto T.、Yamamura M.
    • 学会等名
      Twentyfifth International Meeting on DNA Computing and Molecular Programming (DNA25)
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Characterization of DNA Generation Circuits for Controlling DNA Nanodevices2019

    • 著者名/発表者名
      Komiya K.、Enomoto T.、Yamamura M.
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Amplification of specific DNA molecules inside giant unilamellar vesicles at isothermal and physiological temperature2019

    • 著者名/発表者名
      Sato Y.、Komiya K.、Kawamata I.、Murata S.、Nomura S.M.
    • 学会等名
      第57回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] Experimental Investigation of DNA Generation Circuits toward Molecular Robot Control2019

    • 著者名/発表者名
      Komiya K.、Noda C.、Enomoto T.、Yamamura M.
    • 学会等名
      CBI学会2019年大会
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [学会発表] 分子からIoTまで、ものつくりのシンギュラリティ2019

    • 著者名/発表者名
      小宮健
    • 学会等名
      Tokyo Tech Research Festival 2019
    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書
  • [図書] Design Theory of Molecular Robots (in Molecular Robotics -An Introduction (S. Murata Eds.))2022

    • 著者名/発表者名
      Takashi Nakakuki, Ibuki Kawamata, Satoshi Kobayashi, Ken Komiya, Nathanael Aubert-Kato, Shun-ichi Azuma, Gutmann Gregory Spence, Akihiko Konagaya, Yukiko Yamauchi, Yasuhiro Suzuki, Ken Sugawara
    • 総ページ数
      46
    • 出版者
      Springer Singapore
    • ISBN
      9789811939860
    • 関連する報告書
      2022 実施状況報告書
  • [備考] IoMグループ

    • URL

      https://bio-inspired.chemistry.jpn.com/%e6%9c%80%e8%bf%91%e3%81%ae%e3%83%8b%e3%83%a5%e3%83%bc%e3%82%b9/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 山村研究室 IoMグループのページ

    • URL

      https://bio-inspired.chemistry.jpn.com/

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 山村研究室 IoMグループのページ

    • URL

      http://bio-inspired.chemistry.jpn.com/

    • 関連する報告書
      2019 実施状況報告書

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公開日: 2019-04-18   更新日: 2025-01-30  

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