研究課題/領域番号 |
19K16105
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研究種目 |
若手研究
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配分区分 | 基金 |
審査区分 |
小区分43050:ゲノム生物学関連
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研究機関 | 横浜市立大学 |
研究代表者 |
保坂 碧 横浜市立大学, 木原生物学研究所, 共同研究員 (10837347)
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研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2023-03-31
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研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2022年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2021年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2020年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2019年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
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キーワード | ゲノムアセンブル / エピゲノム / RNA-seq / BS-seq / 植物幹細胞 / 構造変異 |
研究開始時の研究の概要 |
トランスポゾンとはゲノムに寄生する反復性の配列であり、転移、増殖することことができる配列である。トランスポゾンは宿主にとって潜在的に有害な因子である一方、ゲノム進化にも大きく貢献することが知られている。しかしトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体は未だ不明な点が多い。 本研究ではイネの栽培種および野生種の幹細胞組織を材料に、トランスポゾンの分布、エピジェネティックな状態および発現パターンの違いを統合的に比較解析することでトランスポゾンと宿主の相互作用の分子実体を明らかにすることを目指す。
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研究成果の概要 |
植物メリステムにおける比較エピゲノム解析を行うためには高精度なゲノム情報が必須となる。そこで、本研究では栽培イネおよび野生イネを材料として新規ゲノム配列構築のための実験手法およびデータ解析手法を確立した。 得られたゲノム情報をもとに種間における遺伝子発現パターンおよびエピゲノムパターンの比較解析を行った。また、微小組織におけるエピゲノム解析手法の条件検討を行った。
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研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究で取得したゲノム配列およびアノテーション情報はこれまでに公開されている情報に比べて高精度であり比較ゲノム研究に広く活用可能である。また、雑種強勢を示す種間におけるエピゲノムおよび発現解析は雑種強勢の分子基盤の理解に貢献し、新規育種マーカーの創出につながると期待される。
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