| 研究課題/領域番号 |
19K16113
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| 研究種目 |
若手研究
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
小区分43060:システムゲノム科学関連
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| 研究機関 | 東京農業大学 |
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研究代表者 |
田中 啓介 東京農業大学, その他部局等, 助教 (60747294)
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| 研究期間 (年度) |
2019-04-01 – 2021-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2020年度)
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| 配分額 *注記 |
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2020年度: 780千円 (直接経費: 600千円、間接経費: 180千円)
2019年度: 3,380千円 (直接経費: 2,600千円、間接経費: 780千円)
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| キーワード | マイクロサテライト / 次世代シーケンサー / DNAマーカー / データベース / 解析パイプライン / NGS / SSR |
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| 研究開始時の研究の概要 |
生命の設計図とも言われるDNAの塩基配列は、A・T・G・Cの4文字からなる文字列によって表現されている。その中には、「マイクロサテライト」と呼ばれる単純反復する領域（例えば、AGAGAG…）がいくつも存在しており、領域によっては系統や個体間で異なった反復数を示すことが知られている。そのため、農学・法科学においてDNAマーカー開発や個体識別技術、そのほか生態保全や遺伝資源を担保するアプリケーションとして役立つことにも期待される。そこで、本研究は、500種の生物を対象にマイクロサテライトを広範に解読し、そして誰もが手軽に利用できるデータベースおよび解析パイプラインを構築することで有用化を目指す。
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| 研究成果の概要 |
SNSなどを通じてマイクロサテライト情報の需要がある生物種に対するDNAサンプルの募集を行い、目標の500種を達成することができた。また、マイクロサテライト検出を行うために本研究代表者が考案した実験系では、制限酵素とフォークドアダプターを用いるプロトコルを取り入れることで、従来よりも効率的かつ半分のコストでデータを得ることに成功した。そのほか、公共データベースから配列データを取得し、そこからマイクロサテライト情報の検出を行い、データベースの拡充化を図った。コンピュータ利用による多型解析では、データベース上の配列と相同性検索ができるツールを実装した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
これまで品種改良が遅れていた作物・園芸品種に対してDNAマーカー開発が容易となり、マーカー選抜による育種効率の向上や、現場証拠として鑑定が必要な植物個体の識別技術の発展につながること、さらにDNAマーカー開発への適用は、生態保全や遺伝資源の担保につなげられることにも期待される。また、本研究代表者が所属する東京農業大学 生物資源ゲノム解析センターが掲げる農学支援としても非常に有用なゲノムリソースになるといえる。
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