| 研究課題/領域番号 |
19K22460
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| 研究種目 |
挑戦的研究(萌芽)
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| 配分区分 | 基金 |
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| 審査区分 |
中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
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| 研究機関 | 東京都立大学 |
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研究代表者 |
野澤 昌文 東京都立大学, 理学研究科, 准教授 (50623534)
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| 研究期間 (年度) |
2019-06-28 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
6,370千円 (直接経費: 4,900千円、間接経費: 1,470千円)
2021年度: 2,080千円 (直接経費: 1,600千円、間接経費: 480千円)
2020年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
2019年度: 1,950千円 (直接経費: 1,500千円、間接経費: 450千円)
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| キーワード | 低分子RNA / 遺伝子発現制御 / 進化 / ショウジョウバエ / miRNA / 大規模シーケンス / 遺伝子発現 |
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| 研究開始時の研究の概要 |
本研究では、対合するmiRNA-mRNAペアをそのまま抽出し、それを直接大規模シーケンスすることで、miRNAの標的遺伝子を正確かつ網羅的に同定するという新手法を開発する。次に、開発する本手法を用いてショウジョウバエ種のmiRNA-標的遺伝子ペアを網羅的に同定し、ペアの入れ替わり速度からmiRNAによる遺伝子発現制御の進化を明らかにする。
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| 研究成果の概要 |
研究期間内にmiRNA-標的mRNAペアを安定的に回収して決定する方法を確立することはできなかった。ライブラリを作成し、ショートリードシーケンスも行ってみたが、得られたリードにはmiRNAの配列がほとんど含まれておらず、信頼できるデータは得られなかった。一方、miRNA-標的mRNAペアの同定にあたって必要となる高精度ゲノム配列の決定に関しては、ショウジョウバエ4種においてロングリードとショートリードの併用によりScaffold N50が数Mbpの長さのアセンブリを得た。さらに、3～16MbpのY染色体配列を決定することに成功した。
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| 研究成果の学術的意義や社会的意義 |
本研究で確立したY染色体配列の決定方法は、今後様々な生物においてゲノム配列を決定する際に重要な基盤となるはずである。特にこれまでなかなか難しかったY染色体の決定方法をある程度確立できたことは、今後、性決定以外の点におけるY染色体の機能や毒性などを研究する上で、重要な基盤になると考えられる。
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