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網羅的エピゲノムデータのモチーフ解析によるmiRNAの転写制御への関与の検討

研究課題

研究課題/領域番号 20016002
研究種目

特定領域研究

配分区分補助金
審査区分 生物系
研究機関群馬大学

研究代表者

畑田 出穂  群馬大学, 生体調節研究所, 准教授 (50212147)

研究分担者 堀居 拓郎  群馬大学, 生体調節研究所, 助教 (00361387)
中井 謙太  東京大学, 医科学研究所, 教授 (60217643)
研究期間 (年度) 2008 – 2009
研究課題ステータス 完了 (2009年度)
配分額 *注記
8,500千円 (直接経費: 8,500千円)
2009年度: 4,200千円 (直接経費: 4,200千円)
2008年度: 4,300千円 (直接経費: 4,300千円)
キーワードエピジェネティクス / マイクロアレイ / DNAメチル化 / miRNA / DNAメチル
研究概要

<研究の目的と進め方>
我々はこれまでマイクロアレイを用いたDNAメチル化の網羅的解析法であるMIAMI法を用いて肺癌と正常肺との比較し、癌で脱メチル化されている配列の近傍において有意に多い配列が、はmicroRNA(miRNA)のひとつで3'側に末端の配列と一致していることをみいだした。ところで哺乳類でRNAinterference(RNAi)機構と転写の関係はあまりわかっていないが、最近、プロモーター配列に対する21merの2重鎖RNA(dsRNA)を導入することにより転写活性化がおこるdsRNA-induced gene activation(RNAa)という現象が報告されている。そこで我々はmiRNAの転写制御への関与の検証をおこなう。さらにMIAMI法による解析の対象を癌以外にも広げてデータベース化し、同様のモチーフ解析、機能の検証を進め、見つかってきた転写制御miRNAの共通性を探る。
<2009年度の成果>
転写開始点近傍にmiRNAと相補性をもつ遺伝子を数え上げ、転写開始点近傍にそのターゲットが有意に濃縮しているかどうかを調べた。その結果、転写開始点上流でmiRNAとマッチする配列がランダムな配列と比べて有意に多いことがわかった。一方センス鎖とアンチセンス鎖との間でターゲットの出現頻度の差はなかった。
またこれらのmiRNAの中でmiR-663が最もそのターゲットが転写開始点近傍に多いことがわかった。miR-663は乳がんで発現が減少していることが報告されているが(Lehmann U et al.J Pathol.2008 ; 214(1): 17-24.)、ターゲットとなる転写開始点近傍領域をもつ遺伝子のオントロジー解析をおこなったところ、興味深いことにシグナル伝達やキナーゼといった遺伝子が有意に多かった。

報告書

(2件)
  • 2009 実績報告書
  • 2008 実績報告書
  • 研究成果

    (12件)

すべて 2010 2009 2008

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件) 学会発表 (3件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] Epigenetic Regulation of Adipocyte Differentiation by a Rho Guanine Nucleotide Exchange Factor, WGEF.2009

    • 著者名/発表者名
      Horii T, Morita S, Kimura M, Hatada I.
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4

    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Dicer is required for maintaining adult pancreas2009

    • 著者名/発表者名
      Morita S, Hara A, Kojima I, Horii T, .Kimura M, Kitamura T, Ochiya T, Nakanishi K, Matoba R, Matsubara K, Hatada I
    • 雑誌名

      PLoS ONE 4

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Astrocyte-specific genes are generally demethylated in neural precursor cells prior to astrocytic differentiation2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I, Namihira M, Morita S, Kimura M, Horii T, Nakashima K
    • 雑誌名

      PLoS ONE 3

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] A comparative analysis of the transcriptome and signal pathways in hepatic differentiation of human adipose mesenchymal stem cells2008

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto Y, Banas A, Murata S, Ishikawa M, Lim CR, Teratani T, Hatada I, MatsubaraK, K ato T, Ochiva T
    • 雑誌名

      FEBS J 275

      ページ: 1260-1273

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Mecp-2 dependent repression of an imprinted miR-184 released by depolarization2008

    • 著者名/発表者名
      Nomura T, Kimura M, Horii T, Morita S, Soejima H, Kudo S & Hatada I
    • 雑誌名

      Hum Mol Genet 28

      ページ: 1192-1199

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Loss of Genomic Imprinting in Mouse Parthenogenetic Embryonic Stem Cells2008

    • 著者名/発表者名
      Horii T, Kimura M, Morita S, Nagao Y & Hatada I
    • 雑誌名

      Stem cells 26

      ページ: 79-88

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Geome-wide demethylation during neural differentiation of P19 embryonal carcinoma cells2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I,Morita S, Kimura M, Horii T, Yamashita R & Nakai K
    • 雑誌名

      J Hum Genet 53

      ページ: 185-191

    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] Development of genome-wide DNA methylation analysis method and applications2009

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 学会等名
      68^<th> Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • 発表場所
      Yokohama, Japan
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [学会発表] Profiling and characterization of DNA methylation targets2009

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 学会等名
      JapanDenmark Joint Workshop on "Molecular Cancer Research"
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [学会発表] Profiling of DNA methylation targets2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 学会等名
      Decoding Epigenetic Code
    • 発表場所
      Tokyo
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書
  • [図書] The epigenomics of cancer. In Omics perspective of cancer Cho, William C.S.(Ed.)2010

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 総ページ数
      269
    • 出版者
      Springer
    • 関連する報告書
      2009 実績報告書
  • [図書] Genomic-wide DNA Methylation Profiling Methods From RLGS to MIAMI In Progress in DNA Methylation Research2008

    • 著者名/発表者名
      Hatada I
    • 総ページ数
      256
    • 出版者
      Nova Publishes
    • 関連する報告書
      2008 実績報告書

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公開日: 2008-04-01   更新日: 2018-03-28  

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