耐熱化過程におけるゲノムネットワークの解析

• 研究課題/領域番号: 20370092
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 進化生物学
• 研究機関: 大阪大学
• 研究代表者: 四方 哲也 大阪大学, 大学院・情報科学研究科, 教授 (00222399)
• 研究分担者: 岸本 利彦 東邦大学, 理学部, 准教授 (90339200)
• 研究期間 (年度): 2008 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 20,670千円 (直接経費: 15,900千円、間接経費: 4,770千円); 2010年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円); 2009年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円); 2008年度: 10,530千円 (直接経費: 8,100千円、間接経費: 2,430千円)
• キーワード: トランスクリプトーム解析 / プロテオーム解析 / 耐熱化機構 / 大腸菌 / 諭

研究概要

生物進化メカニズムをゲノム変異、遺伝子発現、タンパク質機能と相関させたゲノムネットワークレベルで解明するために、大腸菌耐熱進化過程を題材とし、高温環境への耐熱進化大腸菌の創出、耐熱進化過程の大腸菌のゲノム変異解析、遺伝子発現解析、発現タンパク質解析を行い、高温適応進化過程においての変異率上昇による自然選択から中立進化への変遷、遺伝子発現の揺らぎの増大と収束、タンパク質耐熱化を伴わない細胞レベルの耐熱化等が耐熱進化に寄与していることを明らかとした。

研究成果

• [雑誌論文] Cooperative adaptation to establishment of a synthetic bacterial mutua lism. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kazufumi Hosoda, Shingo Suzuki, Yoshinori Yamauchi, Yasunori Shi roguchi, Akiko Kashiwagi, Naoaki Ono, Kotaro Mori, Tetsuya Yomo.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: Vol.6 No.2
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transition frpositive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution. (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Kishimoto, Leo Iijima, Makoto Tatsumi, Naoaki Ono, Ayana Oyake, Tomomi Hashimoto, Moe Matsuo, Masato Okubo, Shingo Suzuki, Kotaro Mori, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo
  • 雑誌名: PLoS Genetics. 6巻10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu
  • 雑誌名: BMC Genomics. 11巻579
  • 査読あり
• [雑誌論文] Refined method for the genomic integration of complex synthetic circuits. (2010)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Yoichiro Ito, Yostihiro Shimizu, Tetsuya Yomo.
  • 雑誌名: J Biosci Bioeng. 巻: Vol.110 No.5
  • NAID: 110007988801
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transition from positive to neutral in mutation fixation along with continuing rising fitness in thermal adaptive evolution. (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Kishimoto, Leo Iijima, Makoto Tatsumi, Naoaki Ono, Ayana Oyake, Tomomi Hashimoto, Moe Matsuo, Masato Okubo, Shingo Suzuki, Kotaro Mori, Akiko Kashiwagi, Chikara Furusawa, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo.
  • 雑誌名: PLoS Genetics 巻: Vol.6 No.10
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transcriptome analysis of parallel-evolved Escherichia coli strains under ethanol stress. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takaaki Horinouchi, Kuniyasu Tamaoka, Chikara Furusawa, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Takashi Hirasawa, Tetsuya Yomo, Hiroshi Shimizu.
  • 雑誌名: BMC Genomics 巻: Vol.11 No.579
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evolvability and single-genotype fluctuation in phenotypic properties : a simule heteropolymer model. (2010)
  • 著者名/発表者名: Chen T, Vernazobres D, Yomo T, Bornberg-Bauer E, Chan HS.
  • 雑誌名: Biophysical Journal 巻: Vol.98 No.11 ページ: 2487-2496
  • 査読あり
• [雑誌論文] Compartmentalization in a water-in-oil emulsion repressed the spontaneous amplification of RNA by Qbeta replicase (2010)
  • 著者名/発表者名: Urabe, H., Ichihashi, N., Matsuura, T., Hosoda, K., Kazuta, Y., Kita, H., Yomo, T.
  • 雑誌名: Biochemistry (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Cellular compartment model for exploring the effect of the lipidic membrane on the kinetics of encapsulated biochemical reactions (2010)
  • 著者名/発表者名: Sunami, T., Hosoda, K., Suzuki, H., Matsuura, T., Yomo, T.
  • 雑誌名: Langmuir (in press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantifying epistatic interactions among the components constituting the protein translation system. (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsuura, T., Kazuta, Y., Aita, T., Adachi, J., Yomo, T.
  • 雑誌名: Molecular Systems Biology 5巻297
  • 査読あり
• [雑誌論文] How selection affects phenotypic fluctuation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ito, Y., Toyota, H., Kaneko, K., Yomo, T.
  • 雑誌名: Molecular Systems Biology 5巻264
  • 査読あり
• [雑誌論文] Population Analysis of Structural Properties of Giant Liposomes by Flow Cytometry. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nishimura, K., Hosoi, T., Sunami, T., Toyota, T., Fujinami, M., Oguma, K., Matsuura, T., Suzuki, H., Yomo, T.
  • 雑誌名: Langmuir ページ: 10439-10443
  • 査読あり
• [雑誌論文] Quantifying epistatic interactions among the components constituting the protein translation system. (2009)
  • 著者名/発表者名: Matsuura, T., Kazuta, Y., Aita, T., Adachi, J., Yomo, T.
  • 雑誌名: Mol. Syst. Biol., 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Noisy cell growth rate leads to fluctuating protein concentration in bacteria (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsuru, S., Ichinose, J., Kashiwagi, A., Ying, B-W., Kaneko, K., Yomo, T.
  • 雑誌名: Physical Biology 6(3)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of stochasticity in promoter activation by using a dual-fluorescence reporter system. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ou, J., Furusawa, C., Yomo, T., Shimizu, H.
  • 雑誌名: BioSystems 97(3) ページ: 160-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] How selection affects phenotypic fluctuation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Ito, Y., Toyota, H., Kaneko, K., Yomo, T.
  • 雑誌名: Mol. Syst. Biol., 5
  • 査読あり
• [雑誌論文] Global/temporal gene expression analysis of Escherichia coli in the early stages of symbiotic relationship development with the cellular slime mold Dictyostelium discoideum (2009)
  • 著者名/発表者名: Kihara, K., Mori, K., Suzuki, S., Ono, N., Furusawa, C., Yomo, T.
  • 雑誌名: BioSystems 96(2) ページ: 141-164
  • 査読あり
• [雑誌論文] (2009)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Sunami, Tomoaki Matsuura, Hiroaki Suzuki, Tetsuya Yomo
  • 雑誌名: Cell-Free Protein Production Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology Vol.607)(Humana Press) ページ: 243-256
• [雑誌論文] (2009)
  • 著者名/発表者名: Takeshi Sunami, Hiroshi Kita, Kazufumi Hosoda, Tomoaki Matsuura, Hiroaki Suzuki, Tetsuya Yomo
  • 雑誌名: Methods in Enzymology Volume 464(Academic Press, New York) ページ: 19-29
• [雑誌論文] (2009)
  • 著者名/発表者名: Hayashi, Y., Aita, T., Yomo, T.
  • 雑誌名: Contemporarv Trends in Bacteriophaee Research(Nova Science Publishers Inc., New York) ページ: 179-190
• [雑誌論文] Evolution of carrying capacity in evolution experiments focusing on asingle locus on the Escherichia coli chromosome. (2009)
  • 著者名/発表者名: Mori, K., Kashiwagi, A., Urabe, I., Yomo, T.
  • 雑誌名: BioSystems 95 (2) ページ: 114-119
  • 査読あり
• [雑誌論文] Construction of Escherichia coli gene expression level perturbationcollection. (2009)
  • 著者名/発表者名: Kashiwagi, A., Sakurai, T., Tsuru, S., Ying, B-W., Mori, K., Yomo, T.
  • 雑誌名: Metab. Eng. 11 ページ: 56-63
  • 査読あり
• [雑誌論文] Model-based analysis of non-specific binding for background correctionof high-density oligonucleotide microarrays. (2009)
  • 著者名/発表者名: Furusawa, C, Ono, N., Suzuki, S., Agata, T., Shimizu, H., Yomo, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 25 ページ: 36-41
  • 査読あり
• [雑誌論文] Comprehensive analysis of the effects of Escherichia coli ORFs on protein translation reaction. : . (2008)
  • 著者名/発表者名: Kazuta, Y., Adachi, J., Matsuura, T., Ono, N., Mori, H., andYomo, T.
  • 雑誌名: Mol. Cell. Proteomics 7 (8) ページ: 1530-1540
  • 査読あり
• [雑誌論文] An improved physico-chemical model of hybridization on high-density oligonucleotide microarrays. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ono, N., Suzuki, S., Furusawa, C, Agata, T., Kashiwagi, A., Shimizu, H., Yomo, T.
  • 雑誌名: Bioinformatics 24(10) ページ: 1278-1285
  • 査読あり
• [学会発表] 高温適応進化における大腸菌の発現パターンの再編 (2010)
  • 著者名/発表者名: 北原和樹, 岸本利彦, 小野直亮, 古澤力, 鈴木真吾, インベイウェン, 四方哲也
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] Genome-wide mutation and transcriptional reorganization in the thermal adaptive Escherichia coli from laboratory evolution (2010)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Kazuki Kitahara, Leo Ijima, Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Construction of high temperature genetic engineering system for thermo-tolerant E. coli (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Kishimoto, Saeko Shimada, Ayana Oyake, Tomomi Hashimoto, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生, 小宅綾菜, 橋本智美, 金子冬郎, 鈴木真吾, 岸本利彦, 應〓文, 四方哲也
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] Construction of high temnerature genetic engineering system for thermo-tolerant E.coli. (2010)
  • 著者名/発表者名: Toshihiko Kishimoto, Saeko Shimada, Ayana Oyake, Tomoni Hashimoto, Tetsuya Yomo.
  • 学会等名: BMB2010(第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会 合同大会)
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2010-12-07
• [学会発表] 複雑システムとしての生物の進化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 理研ASI細胞システムコロキウムシリーズI「理論生物学」鈴木梅太郎記念ホール
  • 発表場所: 理化学研究所和光キャンパス
  • 年月日: 2010-12-03
• [学会発表] 複雑システムとしての生物の進化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 理研ASI細胞システムコロキウムシリーズI「理論生物学」
  • 発表場所: 鈴木梅太郎記念ホール(理化学研究所和光キャンパス)(招待発表)
  • 年月日: 2010-12-03
• [学会発表] 細胞の個性と環境応答 (2010)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: JSME26(第26回日本微生物生態学大会)
  • 発表場所: 筑波大学
  • 年月日: 2010-11-26
• [学会発表] 細胞の個性と環境応答 (2010)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: JSME26(第26回日本微生物生態学大会)
  • 発表場所: 筑波大学(招待発表)
  • 年月日: 2010-11-26
• [学会発表] 大腸菌の耐熱進化における細胞内状態の最適化-細胞内DNA、RNA、タンパク質の適応変化 (2010)
  • 著者名/発表者名: 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、鈴木真吾、古澤力、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会3.0
  • 発表場所: 東京大学生産技術研究所
  • 年月日: 2010-11-12
• [学会発表] 長期実験室内進化からみた大腸菌の変異と発現の変遷 (2010)
  • 著者名/発表者名: 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] 長期実験室内進化からみた大腸菌の変異と発現の変遷 (2010)
  • 著者名/発表者名: 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] 高温適応進化における大腸菌の発現プロフィールのスナップショット (2010)
  • 著者名/発表者名: 北原和樹、岸本利彦、小野直亮、古澤力、鈴木真吾、應〓文、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] 複数系列の大腸菌の高温適応進化過程におけるゲノム変異解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生、小宅綾菜、橋本智美、金子冬朗、鈴木真吾、岸本利彦、應〓文、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] 大腸菌の耐熱進化時に見られる相互作用の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] 大腸菌高温適応時にみられる細胞挙動の解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 橋本智美、小宅綾菜、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第12回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京工業大学 大岡山キャンパス
  • 年月日: 2010-08-03
• [学会発表] Synthetic Toggle Switch for Selective Gene Expression in Bacteria. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yuki Matsumoto, Yoichiro Ito, Bei-Wen Ying, Tetsuya Yomo.
  • 学会等名: ibio2010
  • 発表場所: Dalian Municipal Party Committee Hotel, China
  • 年月日: 2010-07-27
• [学会発表] Biological Noise Induced Gene Production in Bacteria-a Universal Principle in the Adaptive Response to Starvation. (2010)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Yuki Matsumoto, Yoshihiro Shimizu, Yoichiro Ito, Tetsuya Yomo.
  • 学会等名: ibio2010
  • 発表場所: Dalian Municipal Party Committee Hotel, China
  • 年月日: 2010-07-27
• [学会発表] Biological Noise Induced Gene Production in Bacteria-a Universal Principle in the Adaptive Response to Starvation (2010)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Saburo Tsuru, Yuki Matsumoto, Yoshihiro Shimizu, Yoichiro Ito, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: ibio2010, Dalian Municipal Party Committee Hotel
  • 発表場所: China
  • 年月日: 2010-07-25
• [学会発表] Constructive approach to proto-cellular life. (2010)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: UK-Japan Workshop on Synthetic Biology
  • 発表場所: British Embassy, Tokyo
  • 年月日: 2010-01-21
• [学会発表] Constructive approach to proto-cellular life (2010)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T.
  • 学会等名: UK-Janan Workshop on Synthetic Biology
  • 発表場所: British Embassy, Tokyo
• [学会発表] Laboratory evolution of thermal adaptive Escherichia coli (2010)
  • 著者名/発表者名: Iijima, L., Ying, BW., Ono, N., Suzuki, S., Kishimoto, T., Tatsumi, M., Mori, K., Furusawa, C., Yomo, T.
  • 学会等名: 定量生物学の会第2回年会
  • 発表場所: 大阪大学コンベンションセンター、銀杏会館
• [学会発表] 大腸菌高温適応進化過程における細胞間相互作用の増殖速度への影響 (2009)
  • 著者名/発表者名: 小宅綾菜、橋本智美、青柳美穂、岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-12
• [学会発表] Genome-wide analysis of thermal adaptive Escherichia coli from laboratory evolution. (2009)
  • 著者名/発表者名: インベイウェン、北原和樹、飯島玲王、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、古澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
  • 年月日: 2009-12-10
• [学会発表] Phenotypic fluctuation induced biological adaptation. (2009)
  • 著者名/発表者名: Bei -Wen Ying, Yoichiro Ito, Yoshihiro Shimizu, Yuki Matsumoto, Junya Ichinose, Saburo Tsuru, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: 第47回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島文理大学
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] Phenotypic fluctuation induced biological adaptation (2009)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Yoichiro Ito, Yoshihiro Shimizu, Yuki Matsumoto, Junya Ichinose, Saburo Tsuru, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: 第47回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島文理大学, 2009年10月30日-11月1日
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] Adaptive response to environmental changes utilizing the bistability of the lactose operon (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshihiro Shimizu, Bei-Wen Ying, Junya Ichinose, Yoichiro Ito, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: 第47回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 徳島文理大学, 2009年10月30日-11月1日
  • 年月日: 2009-10-30
• [学会発表] 大腸菌ゲノムの高温適応進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会2.0
  • 発表場所: 東京大学鉄門記念講堂
  • 年月日: 2009-10-03
• [学会発表] Phenotypic fluctuation in experimental evolution. (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: International Symposium on Complex System Biology
  • 発表場所: The University of Tokyo, Japan
  • 年月日: 2009-09-30
• [学会発表] How Darwinian selection affects phenotypic fluctuation. (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 13th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
  • 発表場所: Marseilles, France
  • 年月日: 2009-09-25
• [学会発表] 遺伝子発現揺らぎを用いた適応応答 (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 日本遺伝学会第81回大会
  • 発表場所: 信州大学
  • 年月日: 2009-09-17
• [学会発表] 実験室内進化させた高温適応大腸菌のゲノムワイド解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 應〓文、北原和樹、飯島玲生、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、古澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第11回日本進化学会大会
  • 発表場所: 北海道大学
  • 年月日: 2009-09-04
• [学会発表] Constructive approach to proto-cellular life. (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: Workshop OQOL'09 : Open Questions on the Origins of Life 2009
  • 発表場所: San Sebastian, Spain
  • 年月日: 2009-05-21
• [学会発表] Construction of Escherichia coli gene expression level perturbation collection (2009)
  • 著者名/発表者名: Akiko Kashiwagi, Takahiro Sakurai, Saburo Tsuru, Bei-Wen Ying, Kotaro Mori, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: APBioChEC'09 (Asia Pacific Biochemical Engineering Conference 2009)
  • 発表場所: Kobe International Conference Center, Japan
• [学会発表] A model-based analysis method for detection of single-base substitution using resequencing microarrays (2009)
  • 著者名/発表者名: Naoaki Ono, Shingo Suzuki, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: APBioChEC'09 (Asia Pacific Biochemical Engineering Conference 2009)
  • 発表場所: Kobe International Conference Center, Japan
• [学会発表] Adaptive phenotypic change in a synthetic ecosystem composed of two strains of Escherichia coli. (2009)
  • 著者名/発表者名: Hosoda, K., Shiroguchi, Y., Yamauchi, Y., Mori, K., Suzuki, S., Kashiwagi, A., Yomo, T.
  • 学会等名: International Symposium on Complex System Biology
  • 発表場所: The University of Tokyo, Japan
• [学会発表] Analysis of adaptive gene expression to nutrient depletion out of native regulatory mechanisms. (2009)
  • 著者名/発表者名: Tsuru, S., Ying, B.W., Mori, K., Ushioda, J., Kashiwagi, A., Yomo, T.
  • 学会等名: International Symposium on Complex System Biology
  • 発表場所: The University of Tokyo, Japan
• [学会発表] Genome-wide mutation analysis of the thermostable bacteria from experimental evolution. (2009)
  • 著者名/発表者名: Iijima, L., Ying, BW, Ono, N., Suzuki, S., Mori, K., Tatsumi, M., Kishimoto, T., Furusawa, C., Yomo,
  • 学会等名: International Symposium on Complex System Biology
  • 発表場所: The University of Tokyo, Japan
• [学会発表] How Darwinian selection affects phenotypic fluctuation (2009)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T.
  • 学会等名: 13th Evolutionary Biology Meeting at Marseilles
  • 発表場所: Marseilles, FRANCE
• [学会発表] Transcriptome analysis of thermal adaptive Escherichia coli (2009)
  • 著者名/発表者名: Kitahara, K., Ying, B-W., Ono, N., Suzuki, S., Kishimoto, T., Furusawa, C., Yomo, T.
  • 学会等名: The 8th International Workshop on Advanced Genomics
  • 発表場所: National Center of Sciences, Tokyo
• [学会発表] Genome-wide analysis of thermal adaptive Escherichia coli from laboratory evolution (2009)
  • 著者名/発表者名: インベイウェン、北原和樹、飯島玲王、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、吉澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 大腸菌の実験室内での高温適応進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生、インベイウェン、鈴木真吾、岸本利彦、小野直亮、吉澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 耐熱進化させた大腸菌のトランスクリプトーム解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 北原和樹、インベイウェン、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、古澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第32回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜
• [学会発表] 大腸菌ゲノムの高温適応進化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会2.0
  • 発表場所: 東京大学 鉄門記念講堂
• [学会発表] Laboratory evolution of thermal adaptive Escherichia coli (2009)
  • 著者名/発表者名: Iijima, L., Ying, BW., Ono, N., Suzuki, S., Kishimoto, T., Tatsumi, M., Mori, K., Furusawa, C., Yomo, T.
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会2.0
  • 発表場所: 東京大学 鉄門記念講堂
• [学会発表] 大腸菌と溶菌性RNAバクテリオファージQβの実験室内共培養系における個体群動態とRNAバクテリオファージ集団のゲノム塩基配列変化 (2009)
  • 著者名/発表者名: 柏木明子、四方哲也
  • 学会等名: 第11回日本進化学会大会
  • 発表場所: 北海道大学
• [学会発表] 耐熱性を進化させた大腸菌のゲノム変異の解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生、應〓文、小野直亮、鈴木真吾、森光太郎、辰巳誠、岸本利彦、古澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第11回日本進化学会大会
  • 発表場所: 北海道大学
• [学会発表] Fitness-induced attractor selection upon a genetic switch (2008)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T.
  • 学会等名: 2008 CSHL Meeting on Engineering Principles in Biological Systems
  • 発表場所: Cold Spring Harbor, NY
  • 年月日: 2008-12-11
• [学会発表] 耐熱性を進化させた大腸菌のゲノム変異の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生、小野直亮、鈴木真吾、岸本利彦、辰巳誠、森光太郎、インベイウェン、古澤力、四方哲也
  • 学会等名: 第81回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸ポートアイランド
  • 年月日: 2008-12-10
• [学会発表] Adaptive response of fluctuating gene network (2008)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T.
  • 学会等名: 3rd Int. Conference on Bio-Inspired Models of Network, Information, and Computing Systems
  • 発表場所: Awaji Yumebutai International Conference Center
  • 年月日: 2008-11-25
• [学会発表] Quantitative expression analysis using oligonucleotide microarrays basedon a physico-chemical model. (2008)
  • 著者名/発表者名: Ono, N., Suzuki, S., Furusawa, C, Shimizu, H., Yomo, T.
  • 学会等名: 3rd International Conference on Bio-Inspired Models of Network, Information, and Computing Systems (BIONETICS 2008)
  • 発表場所: Awaji Yumebutai International Conference Center, Hyogo
  • 年月日: 2008-11-25
• [学会発表] Cellular fluctuation in protein concentration and its role on adaptive response (2008)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T., Tsuru, S., Ichinose, J., Kaneko, K., Ying, B.W.
  • 学会等名: The 9th International Conference on Systems Biology.
  • 発表場所: Goteborg, Sweden
  • 年月日: 2008-08-25
• [学会発表] 大腸菌を使った耐熱化実験進化系の中で出現した相互作用を中心とした現象の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 岸本利彦、四方哲也
  • 学会等名: 第10回日本進化学会大会
  • 発表場所: 東京大学駒場キャンパス
  • 年月日: 2008-08-23
• [学会発表] Cellular fluctuation in protein concentration and its role on adaptiveresponse (2008)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T., Tsuru, S., Ichinose, J., Kaneko, K., Ying, B-W.
  • 学会等名: The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
  • 発表場所: Goteborg, Sweden
  • 年月日: 2008-08-23
• [学会発表] Efficient method for integration of complex genetic design into genome (2008)
  • 著者名/発表者名: Ying, B. W., Ito, Y., Yomo, T.
  • 学会等名: The Fourth International Meeting on Synthetic Biology
  • 発表場所: Hong Kong University ofScience and Technology
• [学会発表] Cellular fluctuation in protein concentration and its role on adaptiveresponse. (2008)
  • 著者名/発表者名: Yomo, T., Tsuru, S., Ichinose, J., Kaneko, K., Ying, B-W.
  • 学会等名: The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
  • 発表場所: Goteborg, Sweden
• [学会発表] Adaptive gene expression to nutrient depletion out of native regulatorymechanisms. (2008)
  • 著者名/発表者名: Tsuru, S., Ying, B. W., Ushioda, J., Kashiwagi, A., Yomo, T.
  • 学会等名: The 9th International Conference on Systems Biology (ICSB 2008)
  • 発表場所: Goteborg, Sweden
• [学会発表] 大腸菌を用いた人工共生系における適応的細胞状態変化 (2008)
  • 著者名/発表者名: 細田一史, 森光太郎, 柏木明子, 山内義教, 城口泰典, 四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会1.0
  • 発表場所: 大阪大学銀杏会館
• [学会発表] 栄養枯渇に対する本来の制御系を用いない適応的な遺伝子発現 (2008)
  • 著者名/発表者名: 津留三良, 森光太郎, Bei-WenYing, 潮田純弥, 柏木明子, 四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会1.0
  • 発表場所: 大阪大学銀杏会館
• [学会発表] Simple approach for construction of genome-integrated artificial genetic circuit (2008)
  • 著者名/発表者名: Bei-Wen Ying, Yoichiro Ito, Tetsuya Yomo
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会1.0
  • 発表場所: 大阪大学銀杏会館
• [学会発表] 二重安定性における適応応答 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義博, インベイウェン, 伊藤洋一郎, 一ノ瀬純也, 四方哲也
  • 学会等名: 「細胞を創る」研究会1.0
  • 発表場所: 大阪大学銀杏会館
• [学会発表] リシーケンスマイクロアレイを用いた大腸菌の全ゲノム変異解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 小野直亮, 鈴木真吾, 古潭力, 情水浩, 四方哲也
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 同じ制御下の異なる遺伝子の環境変化に対する発現応答 (2008)
  • 著者名/発表者名: 三田弘道, Ying Bei-Wen, 伊藤洋一郎, 四方哲也
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] lacオペロンの二重安定性における環境応答 (2008)
  • 著者名/発表者名: 清水義博, インベイウェン, 伊藤洋一郎, 一ノ瀬純也, 四方哲也
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 生物のゆらぎは進化によっても創られる (2008)
  • 著者名/発表者名: 伊藤洋一郎, 豊田一志, 金子邦彦, 四方哲也
  • 学会等名: 第46回日本生物物理学会年会
  • 発表場所: 福岡国際会議場
• [学会発表] 耐熱性を進化させた大腸菌のゲノム変異の解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 飯島玲生, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 辰巳誠, 森光太郎, インベイウェン, 古滓力, 四方哲也
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会・合同大会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [学会発表] 耐熱進化させた大腸菌のトランスクリプトーム解析 (2008)
  • 著者名/発表者名: 北原和樹, インベイウェン, 小野直亮, 鈴木真吾, 岸本利彦, 古滓力, 四方哲也
  • 学会等名: 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会・合同大会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
• [図書] 現代生物科学入門9 合成生物学 (2010)
  • 著者名/発表者名: 柳川弘志・土居信英・板谷光泰・菅原正・四方哲也
  • 出版者: 岩波書店
• [図書] 高等研報告書 : ダイナミックスからみた生命的システムの進化と意義 (2008)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也(分担)
  • 出版者: 財団法人国際高等研究所発行
• [図書] 「生る」(生命誌 年刊号vol. 53-56)中村桂子編 (2008)
  • 著者名/発表者名: 四方哲也(分担)
  • 出版者: JT生命誌研究館
• [産業財産権] タンパク質の可逆的デュアルラベリング法 (2010)
  • 発明者名: 柳田勇人、松浦友亮、四方哲也
  • 産業財産権番号: 2010-000705
  • 出願年月日: 2010-01-05
• [産業財産権] エマルジョンを用いたRNAの選択的増幅法 (2009)
  • 発明者名: 四方哲也、松浦友亮、市橋伯一、占部博也
  • 産業財産権番号: 2009-168285
  • 出願年月日: 2009-07-16