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時空間分子プログラミングの新展開

研究課題

研究課題/領域番号 20H00618
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

村田 智  東北大学, 工学研究科, 教授 (10334533)

研究分担者 川又 生吹  京都大学, 理学研究科, 准教授 (30733977)
安部 桂太  東北大学, 工学研究科, 特任助教 (00982860)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 交付 (2024年度)
配分額 *注記
44,200千円 (直接経費: 34,000千円、間接経費: 10,200千円)
2024年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2023年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2020年度: 23,530千円 (直接経費: 18,100千円、間接経費: 5,430千円)
キーワード空間分子プログラミング / DNAコンピューティング / 反応拡散系 / マテリアライゼーション / 時空間分子プログラミング / DNAコンピューティング
研究開始時の研究の概要

本研究では,分子プログラミングの技術をもちいて,生物が実現しているような自由自在な化学反応場の時空間制御を実現する.近年,人工的な反応拡散系によるパターン形成の研究が注目を集めているが,分子の拡散を制御するという観点が欠けているためできたパターンがすぐに散逸してしまうという問題や,できたパターンを機能化するための方法論がないといった問題があり,応用に結び付いていない.そこで本研究では,化学反応場において分子の拡散を積極的に制御する方法,および,できたパターンから物理化学的機能を引き出す方法を開発することにより,こうした問題を解決し,時空間分子プログラミングの基盤技術を確立する.

研究実績の概要

本研究では,(1)時空間分子プログラミングに適した反応系の設計,(2)形成したパターンの物質化,(3)シミュレーションモデルの構築の3つを研究目的としている.
今年度,(1)の時空間プログラミングに適した反応系の設計,および(2)の形成したパターンの物質化については,ゾル中の反応拡散パターン形成実験を行い,波打ちや霧散などの特徴的な動的パターンの生成条件を絞り込むと同時に,生成された動的パターンの物性測定に取組んだ.また,新たな試みとして反応場中のDNA分子に電場を印加することにより積極的にパターンを形成する手法の開発に着手した.これまでに,予備的な流路形状の設計,泳動条件の検討,反応系の設計などを行い,スケーラブルなシステム構築が可能であるという感触を得ている.(3)のシミュレーションモデルの構築については,前述の電場駆動反応拡散場のスケーラブルな拡張可能性について数理的な検討を行った.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

動的パターンの形成現象について,さまざまな観点からの評価を勧めるとともに,より積極的なパターン形成の方法として電場駆動の検討に着手し,スケーラブルな反応系構築に向けた手掛かりを得ることができたため.

今後の研究の推進方策

動的なパターン現象について,今後は,マイクロビーズなどの微粒子を系に混入することで,より精密な計測を行い,反応,拡散および移流のそれぞれの効果について定量的に評価し,動的反応拡散現象のモデル化に取り組む.また,能動的に動くエージェント,例えば電場駆動ヤヌス粒子や分子モーターなどをゲル中に封入し,その挙動をDNAによってプログラムし制御する方法の開発にも取り組む.あわせて,電場駆動反応拡散系の実証を目指し,複数の反応槽での反応拡散生成物をマイクロ流路により分離統合した反応拡散システムを構築する技術の開発に取り組む.

報告書

(5件)
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (25件)

すべて 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 6件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 4件、 招待講演 1件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ソルボンヌ大学(Jean Perrin Laboratory)(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Liquid DNA Coacervates form Porous Capsular Hydrogels via Viscoelastic Phase Separation on Microdroplet Interface2024

    • 著者名/発表者名
      Morita Masamune、Sakamoto Tetsuro、Nomura Shin‐ichiro M.、Murata Satoshi、Yanagisawa Miho、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Advanced Materials Interfaces

      巻: 11 号: 13 ページ: 2300898-2300898

    • DOI

      10.1002/admi.202300898

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-catalytic role of phosphoinositide 3-kinase in mesenchymal cell migration through non-canonical induction of p85β/AP2-mediated endocytosis2024

    • 著者名/発表者名
      Matsubayashi Hideaki T.、Mountain Jack、Takahashi Nozomi、Deb Roy Abhijit、Yao Tony、Peterson Amy F.、Saez Gonzalez Cristian、Kawamata Ibuki、Inoue Takanari
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46855-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals2023

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: To appear 号: 5 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] From Molecular Robotics to Molecular Cybernetics: The First Step Toward Chemical Artificial Intelligence2023

    • 著者名/発表者名
      Kuzuya Akinori、Nomura Shin-Ichiro M.、Toyota Taro、Nakakuki Takashi、Murata Satoshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications

      巻: 9 号: 3 ページ: 354-363

    • DOI

      10.1109/tmbmc.2023.3304243

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6459-6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Collective Cargo Transport and Sorting with Molecular Swarms2023

    • 著者名/発表者名
      Aubert-Kato Nathanael、Nitschke Geoff、Kawamata Ibuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      ALIFE 2023

      巻: -

    • DOI

      10.1162/isal_a_00593

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      CBIジャーナル

      巻: 21 号: 0 ページ: 28-38

    • DOI

      10.1273/cbij.21.28

    • NAID

      130008031759

    • ISSN
      1347-0442, 1347-6297
    • 年月日
      2021-04-30
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 25 号: 25 ページ: 6160-6167

    • DOI

      10.1039/d1sm00296a

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Autonomous control of assembling and disassembling of microtubules by DNA2024

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      Seminar at The Institute of Intelligent Systems and Robotics (ISIR), Paris, France
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子ロボティクス2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹
    • 学会等名
      CBI学会2023大会  口頭発表 O08
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 人工生体分子で脂質膜間通信を目指す2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 佐藤 佑介, 小宮 健, 多田隈 尚史, 豊田 太郎
    • 学会等名
      CBI学会2023大会 フォーカストセッション FS07
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 分岐したDNAモチーフを用いたゾル媒体中でのパターン形成2022

    • 著者名/発表者名
      緒方寛,安部桂太,川又生吹,村田智
    • 学会等名
      第6回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Pattern formation in sol media using branched DNA motifs2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ogata, Keita Abe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Cascaded pattern formation in DNA based Reaction-diffusion system2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      FNANO 2021: 18th Annual Conference Foundations of Nanoscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cascaded Pattern Formation in DNA-based Reaction-Diffusion System2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      DNA27: International Conference on DNA computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA-based reaction-diffusion system for cascaded pattern formation2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNA反応拡散系におけるパターン形成のカスケード化2020

    • 著者名/発表者名
      安部桂太,村田智,川又生吹
    • 学会等名
      第4回分子ロボティクス年次大会(併催分子ロボット倫理シンポジウム)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] DNAの重合反応を応用した反応拡散系のプログラムによるハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • 著者名/発表者名
      安部 桂太, 川又生吹, 村田 智
    • 学会等名
      SICE分子ロボティクス研究会第2回オンライン定例研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 合成DNAによる反応拡散系のプログラムを用いたハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • 著者名/発表者名
      安部桂太
    • 学会等名
      第3回 非線形科学オンライン研究会(若手の会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Cascaded Pattern Formation in Hydrogel using Reaction-Diffusion System2020

    • 著者名/発表者名
      Keita ABE, Ibuki KAWAMATA, Shin-ichiro M. NOMURA, and Satoshi MURATA
    • 学会等名
      26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Visions of DNA Nanotechnology at 40 for the Next 40: A Tribute to Nadrian C. Seeman2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata (Editors: Natasha Jonoska, Erik Winfree)
    • 総ページ数
      431
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811998904
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法 -AI、ロボット技術、ChatGPT、MI、ベイズ最適化、秘密計算など-2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 清水 稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎(第10章5節)
    • 総ページ数
      545
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861049941
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] Molecular Robotics -An Introduction2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata (Editor)
    • 総ページ数
      296
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811939860
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 分子ロボティクス研究室ウェブサイト/研究成果/反応拡散によるパターン形成

    • URL

      http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/achievements/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-12-25  

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