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時空間分子プログラミングの新展開

研究課題

研究課題/領域番号 20H00618
研究種目

基盤研究(A)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 中区分62:応用情報学およびその関連分野
研究機関東北大学

研究代表者

村田 智  東北大学, 工学研究科, 教授 (10334533)

研究分担者 川又 生吹  京都大学, 理学研究科, 准教授 (30733977)
安部 桂太  東北大学, 工学研究科, 助教 (00982860)
研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2025-03-31
研究課題ステータス 完了 (2024年度)
配分額 *注記
44,200千円 (直接経費: 34,000千円、間接経費: 10,200千円)
2024年度: 5,330千円 (直接経費: 4,100千円、間接経費: 1,230千円)
2023年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2022年度: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円)
2021年度: 5,980千円 (直接経費: 4,600千円、間接経費: 1,380千円)
2020年度: 23,530千円 (直接経費: 18,100千円、間接経費: 5,430千円)
キーワード時空間分子プログラミング / DNAコンピューティング / 反応拡散系 / 空間分子プログラミング / マテリアライゼーション / DNAコンピューティング
研究開始時の研究の概要

本研究では,分子プログラミングの技術をもちいて,生物が実現しているような自由自在な化学反応場の時空間制御を実現する.近年,人工的な反応拡散系によるパターン形成の研究が注目を集めているが,分子の拡散を制御するという観点が欠けているためできたパターンがすぐに散逸してしまうという問題や,できたパターンを機能化するための方法論がないといった問題があり,応用に結び付いていない.そこで本研究では,化学反応場において分子の拡散を積極的に制御する方法,および,できたパターンから物理化学的機能を引き出す方法を開発することにより,こうした問題を解決し,時空間分子プログラミングの基盤技術を確立する.

研究成果の概要

本研究では,分子プログラミングの技術をもちいて,生物が実現しているような自由自在な化学反応場の時空間制御を実現することを目指した.近年,人工的な反応拡散系によるパターン形成の研究が注目を集めているが,分子の拡散を制御するという観点が欠けているためできたパターンがすぐに散逸してしまうという問題や,できたパターンを機能化するための方法論がないといった問題があった.そこで本研究では,化学反応場において分子の拡散を積極的に制御する方法,および,できたパターンから物理化学的機能を引き出す方法などを開発し,時空間分子プログラミングの基盤技術を確立した.

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究では,時空間プログラミングに適した反応系として,DNA重合反応を利用する新しい反応拡散システムの設計論を確立した.これにより初期反応空間に存在する単純な非対称性から出発して段階的に反応空間を複雑化することが可能になった.また,反応空間全体を粘性媒体とすることにより,形成された局所的な分子構造(ゲル)のパターンが波打つ動的な現象を見出した.これらは人工の反応拡散系によるパターン形成を自在に制御するための基盤的な知見となるもので,将来的には人工臓器などの人工的な生体組織の創成に資するものである.

報告書

(7件)
  • 2024 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2023 実績報告書
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 2020 審査結果の所見   実績報告書
  • 研究成果

    (31件)

すべて 2025 2024 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (12件) (うち国際共著 7件、 査読あり 12件、 オープンアクセス 12件) 学会発表 (14件) (うち国際学会 6件、 招待講演 1件) 図書 (3件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] ソルボンヌ大学(Jean Perrin Laboratory)(フランス)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [雑誌論文] Intra- and Interbead Communications by an Anchored DNA Structure and Cascaded DNA Reactions2025

    • 著者名/発表者名
      Kawamata Ibuki、Yoshizawa Satoru、Abe Keita、Takinoue Masahiro、Nomura Shin-Ichiro M.、Murata Satoshi
    • 雑誌名

      ACS Synthetic Biology

      巻: 14 号: 4 ページ: 1121-1128

    • DOI

      10.1021/acssynbio.4c00709

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Micrometer‐Sized Liposome‐Based Systems: A Hierarchical Breakdown2025

    • 著者名/発表者名
      Hamada Shogo、Sugiyama Hironori、Zhang Yiting、Iwabuchi Shoji、Hiroi Soichiro、Maruyama Toshiki、Balaji Yuktesh、Kumagai Sota、Murata Satoshi、Toyota Taro
    • 雑誌名

      ChemSystemsChem

      巻: - 号: 3

    • DOI

      10.1002/syst.202400074

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 分子ロボットの過去・現在・未来2025

    • 著者名/発表者名
      小長谷 明彦、村田 智
    • 雑誌名

      ファルマシア

      巻: 61 号: 4 ページ: 297-301

    • DOI

      10.14894/faruawpsj.61.4_297

    • ISSN
      0014-8601, 2189-7026
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Autonomous assembly and disassembly of gliding molecular robots regulated by a DNA-based molecular controller2024

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata, Kohei Nishiyama, Daiki Matsumoto, Shosei Ichiseki, Jakia J. Keya, Kohei Okuyama, Masatoshi Ichikawa, Arif M. R. Kabir, Yusuke Sato, Daisuke Inoue, Satoshi Murata, Kazuki Sada, Akira Kakugo, Shin-ichiro M. Nomura
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 10 号: 22

    • DOI

      10.1126/sciadv.adn4490

    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Liquid DNA Coacervates form Porous Capsular Hydrogels via Viscoelastic Phase Separation on Microdroplet Interface2024

    • 著者名/発表者名
      Morita Masamune、Sakamoto Tetsuro、Nomura Shin‐ichiro M.、Murata Satoshi、Yanagisawa Miho、Takinoue Masahiro
    • 雑誌名

      Advanced Materials Interfaces

      巻: 11 号: 13 ページ: 2300898-2300898

    • DOI

      10.1002/admi.202300898

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Non-catalytic role of phosphoinositide 3-kinase in mesenchymal cell migration through non-canonical induction of p85β/AP2-mediated endocytosis2024

    • 著者名/発表者名
      Matsubayashi Hideaki T.、Mountain Jack、Takahashi Nozomi、Deb Roy Abhijit、Yao Tony、Peterson Amy F.、Saez Gonzalez Cristian、Kawamata Ibuki、Inoue Takanari
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 15 号: 1 ページ: 1-16

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46855-y

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Multi-Reconfigurable DNA Origami Nanolattice Driven by the Combination of Orthogonal Signals2023

    • 著者名/発表者名
      Kotaro Watanabe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata, Yuki Suzuki
    • 雑誌名

      JACS Au

      巻: To appear 号: 5 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00091

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] From Molecular Robotics to Molecular Cybernetics: The First Step Toward Chemical Artificial Intelligence2023

    • 著者名/発表者名
      Kuzuya Akinori、Nomura Shin-Ichiro M.、Toyota Taro、Nakakuki Takashi、Murata Satoshi
    • 雑誌名

      IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications

      巻: 9 号: 3 ページ: 354-363

    • DOI

      10.1109/tmbmc.2023.3304243

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Chemo-mechanical forces modulate the topology dynamics of mesoscale DNA assemblies2023

    • 著者名/発表者名
      Karna Deepak、Mano Eriko、Ji Jiahao、Kawamata Ibuki、Suzuki Yuki、Mao Hanbin
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 14 号: 1 ページ: 6459-6459

    • DOI

      10.1038/s41467-023-41604-z

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Collective Cargo Transport and Sorting with Molecular Swarms2023

    • 著者名/発表者名
      Aubert-Kato Nathanael、Nitschke Geoff、Kawamata Ibuki、Kakugo Akira
    • 雑誌名

      ALIFE 2023

      巻: -

    • DOI

      10.1162/isal_a_00593

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Web Server with a Simple Interface for Coarse-grained Molecular Dynamics of DNA Nanostructures2021

    • 著者名/発表者名
      Yudai Yamashita, Kotaro Watanabe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      CBIジャーナル

      巻: 21 号: 0 ページ: 28-38

    • DOI

      10.1273/cbij.21.28

    • NAID

      130008031759

    • ISSN
      1347-0442, 1347-6297
    • 年月日
      2021-04-30
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Cascaded pattern formation in hydrogel medium using the polymerisation approach2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata, Ibuki Kawamata
    • 雑誌名

      Soft Matter

      巻: 25 号: 25 ページ: 6160-6167

    • DOI

      10.1039/d1sm00296a

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Hydrogel cubes for building DNA-based reaction-diffusion system2024

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe and Satoshi Murata
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA30), Johns Hopkins U
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Implementation of DNA oscillator to artificial cells for inter-cellular information processing2024

    • 著者名/発表者名
      Kazumo Takahashi, Ibuki Kawamata, Keita Abe, Hideaki Matsubayashi, Shin-Ichiro Nomura and Satoshi Murata
    • 学会等名
      International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA30), Johns Hopkins U.
    • 関連する報告書
      2024 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Autonomous control of assembling and disassembling of microtubules by DNA2024

    • 著者名/発表者名
      Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      Seminar at The Institute of Intelligent Systems and Robotics (ISIR), Paris, France
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 分子ロボティクス2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹
    • 学会等名
      CBI学会2023大会  口頭発表 O08
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 人工生体分子で脂質膜間通信を目指す2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 佐藤 佑介, 小宮 健, 多田隈 尚史, 豊田 太郎
    • 学会等名
      CBI学会2023大会 フォーカストセッション FS07
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [学会発表] 分岐したDNAモチーフを用いたゾル媒体中でのパターン形成2022

    • 著者名/発表者名
      緒方寛,安部桂太,川又生吹,村田智
    • 学会等名
      第6回分子ロボティクス年次大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Pattern formation in sol media using branched DNA motifs2022

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Ogata, Keita Abe, Ibuki Kawamata, Satoshi Murata
    • 学会等名
      CBI学会2022年大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Cascaded pattern formation in DNA based Reaction-diffusion system2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      FNANO 2021: 18th Annual Conference Foundations of Nanoscience
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Cascaded Pattern Formation in DNA-based Reaction-Diffusion System2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      DNA27: International Conference on DNA computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] DNA-based reaction-diffusion system for cascaded pattern formation2021

    • 著者名/発表者名
      Keita Abe, Satoshi Murata and Ibuki Kawamata
    • 学会等名
      第59回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] DNA反応拡散系におけるパターン形成のカスケード化2020

    • 著者名/発表者名
      安部桂太,村田智,川又生吹
    • 学会等名
      第4回分子ロボティクス年次大会(併催分子ロボット倫理シンポジウム)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] DNAの重合反応を応用した反応拡散系のプログラムによるハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • 著者名/発表者名
      安部 桂太, 川又生吹, 村田 智
    • 学会等名
      SICE分子ロボティクス研究会第2回オンライン定例研究会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 合成DNAによる反応拡散系のプログラムを用いたハイドロゲル中でのパターン形成2020

    • 著者名/発表者名
      安部桂太
    • 学会等名
      第3回 非線形科学オンライン研究会(若手の会)
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Cascaded Pattern Formation in Hydrogel using Reaction-Diffusion System2020

    • 著者名/発表者名
      Keita ABE, Ibuki KAWAMATA, Shin-ichiro M. NOMURA, and Satoshi MURATA
    • 学会等名
      26th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Visions of DNA Nanotechnology at 40 for the Next 40: A Tribute to Nadrian C. Seeman2023

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata (Editors: Natasha Jonoska, Erik Winfree)
    • 総ページ数
      431
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811998904
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法 -AI、ロボット技術、ChatGPT、MI、ベイズ最適化、秘密計算など-2023

    • 著者名/発表者名
      川又生吹, 清水 稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎(第10章5節)
    • 総ページ数
      545
    • 出版者
      技術情報協会
    • ISBN
      9784861049941
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [図書] Molecular Robotics -An Introduction2022

    • 著者名/発表者名
      Satoshi Murata (Editor)
    • 総ページ数
      296
    • 出版者
      Springer
    • ISBN
      9789811939860
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 分子ロボティクス研究室ウェブサイト/研究成果/反応拡散によるパターン形成

    • URL

      http://www.molbot.mech.tohoku.ac.jp/achievements/

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書 2020 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2026-01-16  

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