• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 前のページに戻る

環境DNAを用いたサケ科魚類および回遊性魚類の種内多型解析手法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20H03005
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分39060:生物資源保全学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

荒木 仁志  北海道大学, 農学研究院, 教授 (20707129)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
17,680千円 (直接経費: 13,600千円、間接経費: 4,080千円)
2022年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2021年度: 5,720千円 (直接経費: 4,400千円、間接経費: 1,320千円)
2020年度: 6,240千円 (直接経費: 4,800千円、間接経費: 1,440千円)
キーワード環境DNA / 種内多型 / 魚類 / 回遊性魚類 / 純淡水魚 / マイクロサテライト
研究開始時の研究の概要

本研究では、近年発展目覚ましい「環境DNA技術」を種内多型解析ツールとして発展させ、サケ科魚類に代表される地域特異性の高い回遊魚の生物分布と遺伝的多様性を同時に評価する手法を開発する。回遊魚は日本人にとって資源・文化両面から極めて重要な存在だが、分布域における季節性や個体群の遺伝的特性に関する情報はしばしば著しく制限されている。本研究では、捕獲に依らず、河川・沿岸で採取した環境水から抽出したDNAを解析する環境DNA技術を用いて回遊魚の移住特性と遺伝的背景の関係を明らかにすると共に、本技術を用いた効果的な水圏野生動物の遺伝的背景の解析技術を確立する。

研究成果の概要

サケ科魚類は水産資源として高い価値を有すると同時に、食物連鎖を介して森・川・海を繋ぐ重要な生態的役割を担っている。しかし、生活史を通して広範囲に移動する彼らの生態を網羅的に把握するのは非常に困難で、生物保全・管理上の障壁となっている。そこで本研究では広域の生物分布を効率的に推定可能な環境DNA技術を応用し、種内変異解析を可能な技術へと発展させることで、周辺生物の分布と同時にその遺伝的多様性の推定を実現した。その結果、河川水に含まれるDNAから絶滅危惧種イトウの分布とその制限要因となりうる外来種ニジマスの影響を定量的に評価できたほか、北日本のサケの系統群を明確に区別することが可能になった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

サケなどの回遊性魚類は重要な水産資源であると同時に、食物連鎖を介して陸と海を繋ぐ重要な生態的役割を担っている。しかし、広範囲に移動する彼らの生態を網羅的に把握するのは非常に困難で、生物保全・管理上の障壁となってきた。そこで本研究では環境DNA技術を応用し、周辺水圏生物の在不在や分布のみならず、種内多型に関する情報の推定を試みた。その結果、希少種イトウの分布制限要因となるニジマスの影響を定量評価したほか、サケの個体群の遺伝的構成を環境水から再現することに成功した。これらの結果は水産有用種のみならず希少種・外来種管理に広く応用可能で、今後の生物モニタリングに広く適用されることが期待される。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (27件)

すべて 2023 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (7件) (うち査読あり 7件、 オープンアクセス 6件) 学会発表 (18件) (うち国際学会 6件、 招待講演 4件) 図書 (1件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] edna2021: The fourth annual meeting of The eDNA Society “Species distributions, and beyond”2022

    • 著者名/発表者名
      Araki Hitoshi、Kanbe Takashi、Yamanaka Hiroki、Minegishi Yuki、Koizumi Noriyuki
    • 雑誌名

      Environmental DNA

      巻: 00 号: 3 ページ: 1-5

    • DOI

      10.1002/edn3.278

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] 北海道の渓流魚を対象とした治山ダムの改良効果の検証:長期モニタリングによる検証と環境 DNA の活用可能性2021

    • 著者名/発表者名
      HAYAMIZU Masato、ISHIYAMA Nobuo、MIZUMOTO Hiroki、KANBE Takashi、SHIMODA Kazutaka、MISAKA Naoyuki、URABE Hirokazu、NAGASAKA Akiko、NAGASAKA Yu、ONO Satoru、ARAKI Hitoshi、NAKAJIMA Nobuyoshi、FUKUSHIMA Michio
    • 雑誌名

      応用生態工学

      巻: 24 号: 1 ページ: 61-73

    • DOI

      10.3825/ece.20-00043

    • NAID

      130008095704

    • ISSN
      1344-3755, 1882-5974
    • 年月日
      2021-07-28
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Utilizing environmental DNA for wide-range distributions of reproductive area of an invasive terrestrial toad in Ishikari river basin in Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Mizumoto Hiroki、Kishida Osamu、Takai Kotaro、Matsuura Naru、Araki Hitoshi
    • 雑誌名

      Biological Invasions

      巻: 24 号: 4 ページ: 1199-1211

    • DOI

      10.1007/s10530-021-02709-y

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An illustrated manual for environmental DNA research: Water sampling guidelines and experimental protocols2020

    • 著者名/発表者名
      Minamoto Toshifumi、Miya Masaki、Sado Tetsuya、Seino Satoquo、Doi Hideyuki、Kondoh Michio、Nakamura Keigo、Takahara Teruhiko、Yamamoto Satoshi、Yamanaka Hiroki、Araki Hitoshi、Iwasaki Wataru、Kasai Akihide、Masuda Reiji、Uchii Kimiko
    • 雑誌名

      Environmental DNA

      巻: 3 号: 1 ページ: 8-13

    • DOI

      10.1002/edn3.121

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An Environmental DNA Survey on Distribution of an Endangered Salmonid Species, Parahucho perryi, in Hokkaido, Japan2020

    • 著者名/発表者名
      Mizumoto Hiroki、Mitsuzuka Takashi、Araki Hitoshi
    • 雑誌名

      Frontiers in Ecology and Evolution

      巻: 8 ページ: 569425-569425

    • DOI

      10.3389/fevo.2020.569425

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Understanding seasonal migration of Shishamo smelt in coastal regions using environmental DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Yatsuyanagi Tetsu、Araki Hitoshi
    • 雑誌名

      PLOS ONE

      巻: 15 号: 10 ページ: e0239912-e0239912

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0239912

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Environmental DNA monitoring for short‐term reproductive migration of endemic anadromous species, Shishamo smelt ( Spirinchus lanceolatus )2020

    • 著者名/発表者名
      Yatsuyanagi Tetsu、Ishida Ryotaro、Sakata Masayuki K.、Kanbe Takashi、Mizumoto Hiroki、Kobayashi Yumi、Kamada Shoko、Namba Satoko、Nii Hisaya、Minamoto Toshifumi、Araki Hitoshi
    • 雑誌名

      Environmental DNA

      巻: 2 号: 2 ページ: 130-139

    • DOI

      10.1002/edn3.50

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] eDNA applications to rare and invasive species in northern biosphere of Hokkaido, Japan2023

    • 著者名/発表者名
      Hitoshi Araki
    • 学会等名
      1st Australian & New Zealand Environmental DNA Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 河川・湖沼の環境DNAアプリケーション2022

    • 著者名/発表者名
      荒木仁志
    • 学会等名
      信州大学・東京大学・北海道大学・水産技術研究所 合同研究セミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Downstream migration of released salmon juveniles estimated with environmental DNA2022

    • 著者名/発表者名
      Fujii, Kanbe, Inoue, Araki
    • 学会等名
      IYS 2022 Pan-Pacific Expedition Hybrid Preliminary Results Meeting
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] サケに触れずにサケを知る ~環境DNAの挑戦2022

    • 著者名/発表者名
      荒木仁志
    • 学会等名
      第15 回 サケ学研究会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 環境DNAハプロタイピングにもとづくオショロコマの遺伝子浸透率推定2022

    • 著者名/発表者名
      小澤、神戸、荒木
    • 学会等名
      環境DNA学会ワークショップ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを透して見る北方水圏生態系の生き物たち2021

    • 著者名/発表者名
      荒木仁志
    • 学会等名
      日本動物学会北海道支部・公開シンポジウム
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 環境DNAを用いた生物相モニタリングとその活用2021

    • 著者名/発表者名
      荒木仁志
    • 学会等名
      全国湖沼河川養殖研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Anadromous fish monitoring using environmental DNA2021

    • 著者名/発表者名
      Hitoshi Araki, Hiroki Mizumoto, Tetsu Yatsuyanagi, Takashi Kanbe
    • 学会等名
      NPAFC-IYS workshop
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 絶滅危惧種イトウの分布解明2021

    • 著者名/発表者名
      水本寛基、三塚多佳志、荒木仁志
    • 学会等名
      野生生物と社会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Seasonally differentiated distributions of the two smelt species in Hokkaido2021

    • 著者名/発表者名
      Takahito Ikeda, Takashi Kanbe, Hitoshi Araki
    • 学会等名
      環境DNA学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] eDNA survey on distribution of domestic alien freshwater shrimp, Paratya compressa, in Hokkaido2021

    • 著者名/発表者名
      Yuki Kato, Takashi Kanbe, Hitoshi Araki
    • 学会等名
      環境DNA学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] An eDNA survey on toxic invasive toad in Hokkaido2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroki MIZUMOTO, Osamu KISHIDA, Kotaro TAKAI, Naru MATSUURA, Hitoshi ARAKI
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Environmental DNA for identifying “red zone” of endangered/invasive species2020

    • 著者名/発表者名
      Hitoshi Araki, Hiroki Yamanaka, Kimiko Uchii, Michinobu Kuwae, Hideyuki Doi
    • 学会等名
      PICES
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Development and Application of Environmental DNA Techniques for Evaluating Distribution and Population Status of Rare/Invasive Species2020

    • 著者名/発表者名
      Hitoshi Araki, Hiroki Yamanaka, Kimiko Uchii, Michinobu Kuwae, Hideyuki Doi
    • 学会等名
      環境DNA学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAを用いたナガレモンイワナのハプロタイプ解析2020

    • 著者名/発表者名
      水本 寛基、亀甲 武志、荒木 仁志
    • 学会等名
      日本魚類学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] 環境DNAにより推定された、純淡水魚フクドジョウの分布傾向と系統地理2020

    • 著者名/発表者名
      八柳哲、神戸崇、水本寛基、福島路生、中嶋信美、荒木仁志
    • 学会等名
      日本進化学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Applicability of an eDNA technique for haplotype analysis on nagaremon-charr2020

    • 著者名/発表者名
      Hiroki MIZUMOTO, Takeshi KIKKO, Takashi KANBE, Jun-ichi TSUBOI, Kentaro MORITA, Hitoshi ARAKI
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会発表] Phylogeographic analysis on Siberian stone loach based on environmental DNA2020

    • 著者名/発表者名
      Tetsu Yatsuyanagi, Takashi Kanbe, Hiroki Mizumoto, Nobuyoshi Nakajima, Michio Fukushima, Hitoshi Araki
    • 学会等名
      日本生態学会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] 環境DNA2021

    • 著者名/発表者名
      一般社団法人 環境DNA学会、土居 秀幸、近藤 倫生
    • 総ページ数
      300
    • 出版者
      共立出版
    • ISBN
      432005816X
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [学会・シンポジウム開催] edna2021:The 4th annual meeting of The eDNA Society2021

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

URL: 

公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi