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[FeFe]ヒドロゲナーゼの構造基盤と反応機構

研究課題

研究課題/領域番号 20H03215
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43040:生物物理学関連
研究機関兵庫県立大学 (2022)
奈良先端科学技術大学院大学 (2021)
北海道大学 (2020)

研究代表者

緒方 英明  兵庫県立大学, 理学研究科, 教授 (30795935)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
18,070千円 (直接経費: 13,900千円、間接経費: 4,170千円)
2022年度: 3,770千円 (直接経費: 2,900千円、間接経費: 870千円)
2021年度: 4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2020年度: 10,270千円 (直接経費: 7,900千円、間接経費: 2,370千円)
キーワード金属酵素 / ヒドロゲナーゼ / 水素 / クライオ電子顕微鏡 / 構造解析 / 赤外分光法 / 酸化還元電位 / 立体構造 / 反応機構 / クライオ電顕 / 電子伝達分岐 / 鉄硫黄クラスター / 酵素 / 赤外分光 / 電気化学 / 酵素反応 / 生物無機化学 / 分光学
研究開始時の研究の概要

ヒドロゲナーゼは多くの微生物が持つ金属酵素で、水素分子の分解や合成を可逆的に触媒する。その水素触媒能力は高価なプラチナなどを用いた化学触媒と同等以上の効率とされる。本研究は、超好熱菌Thermotoga maritima由来の「電子伝達分岐型[FeFe]ヒドロゲナーゼ」の特異な電子伝達分岐反応機構や、「水素センサー型[FeFe]ヒドロゲナーゼ」のシグナル応答の仕組みを構造解析・分光学的分析手法を駆使して分子レベルで解明する。

研究成果の概要

電子伝達分岐型とセンサー型[FeFe]ヒドロゲナーゼを化学合成した2核鉄錯体を用いることで人工的に成熟化させた。センサー型[FeFe]ヒドロゲナーゼ の活性中心近傍のプロトン輸送経路と予想されるアミノ酸に対して変異体を導入し水素酸化活性を測定し、 ある変異体で水素酸化活性がほとんど消失していることを明らかにした。第2配位圏の違いにより活性中心の鉄硫黄クラスターの酸化還元電位が変化した。さらに、電子伝達分岐型[FeFe]ヒドロゲナーゼのクライオ電子顕微鏡法による構造解析を行った。その結果、3つのサブユニットで構成される[FeFe]ヒドロゲナーゼが4量体を構成していることが明らかとなった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

電子伝達分岐型[FeFe]ヒドロゲナーゼのクライオ電子顕微鏡法による構造解析から3つのサブユニットで構成される4量体を構成していることが明らかとなった。複雑な電子伝達経路を持っており、FMNが結合している領域で電子伝達分岐が分岐する可能性が示された。また、センサー型[FeFe]ヒドロゲナーゼでは、第2配位圏の違いにより活性中心の鉄硫黄クラスターの酸化還元電位の変化が顕著に見られた。これらの結果から、金属中心近傍の構造が機能に重要であることが示唆された。本研究で明らかとなった知見は水素発生系ヒドロゲナーゼを模した錯体の設計に重要な指針を与える。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実績報告書
  • 2020 実績報告書
  • 研究成果

    (26件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (6件) 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 4件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件) 学会発表 (13件) (うち国際学会 3件、 招待講演 4件) 図書 (3件)

  • [国際共同研究] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] ヨーク大学/オックスフォード大学/エセックス大学(英国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] CSIR海洋学国立研究所(インド)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] ヨーク大学(英国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [雑誌論文] Redox tuning of the H-cluster by second coordination sphere amino acids in the sensory [FeFe] hydrogenase from Thermotoga maritima2023

    • 著者名/発表者名
      Chongdar Nipa、Rodriguez-Macia Patricia、Reijerse Edward J.、Lubitz Wolfgang、Ogata Hideaki、Birrell James A.
    • 雑誌名

      Chemical Science

      巻: 14 号: 13 ページ: 3682-3692

    • DOI

      10.1039/d2sc06432d

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural insight on the mechanism of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase2022

    • 著者名/発表者名
      Furlan Chris、Chongdar Nipa、Gupta Pooja、Lubitz Wolfgang、Ogata Hideaki、Blaza James N、Birrell James A
    • 雑誌名

      eLife

      巻: 11

    • DOI

      10.7554/elife.79361

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Second and Outer Coordination Sphere Effects in Nitrogenase, Hydrogenase, Formate Dehydrogenase, and CO Dehydrogenase2022

    • 著者名/発表者名
      Stripp Sven T.、Duffus Benjamin R.、Fourmond Vincent、Leger Christophe、Leimkuhler Silke、Hirota Shun、Hu Yilin、Jasniewski Andrew、Ogata Hideaki、Ribbe Markus W.
    • 雑誌名

      Chemical Reviews

      巻: 122 号: 14 ページ: 11900-11973

    • DOI

      10.1021/acs.chemrev.1c00914

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and spectroscopic characterization of CO inhibition of [NiFe]-hydrogenase from Citrobacter sp. S-772022

    • 著者名/発表者名
      Imanishi Takahiro、Nishikawa Koji、Taketa Midori、Higuchi Katsuhiro、Tai Hulin、Hirota Shun、Hojo Hironobu、Kawakami Toru、Hataguchi Kiriko、Matsumoto Kayoko、Ogata Hideaki、Higuchi Yoshiki
    • 雑誌名

      Acta Crystallographica Section F Structural Biology Communications

      巻: 78 号: 2 ページ: 66-74

    • DOI

      10.1107/s2053230x22000188

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Structure of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase2022

    • 著者名/発表者名
      C. Furian, N. Chongdar, P. Gupta, W. Lubitz, H. Ogata, J. N. Blaza, J. A. Birrell
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural insight on the mechanism of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase from Thermotoga maritima2022

    • 著者名/発表者名
      C. Furian, N. Chongdar, P. Grupta, W. Lubitz, H. Ogata, J. N. Blaza, J. A. Birrell
    • 学会等名
      EBEC2022, the 21st European Bioenergetics Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] New Assay System for the Enzymatic Reaction with Gaseous Substrates by Using Raman Spectroscopy2022

    • 著者名/発表者名
      K. Nishikawa, Y. Nakagawa, S. Inoue, T. Chuji, H. Ogata, S. Nakashima, Y. Shigeta, K. Fukutani, Y. Higuchi
    • 学会等名
      10th Asian Biological Inorganic Chemistry Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] Raman分光法を用いたガス状分子を基質とする酵素反応の新規活性測定法2022

    • 著者名/発表者名
      西川幸志, 中川由佳, 井上翔太, 中地隆文, 中島聡, 緒方英明, 重田育照, 福谷克之, 樋口芳樹
    • 学会等名
      第16回バイオ関連化学シンポジウム
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 水素酸化還元酵素の反応機構の解明2022

    • 著者名/発表者名
      緒方英明
    • 学会等名
      第42回STクラブ
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] タンパク質によって水素分子が分解される様子を構造解析で捉える2022

    • 著者名/発表者名
      緒方英明
    • 学会等名
      兵庫県立大学バイオダイナミクスセンターセミナー
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 水素センサータンパク質の異種発現と精製法2022

    • 著者名/発表者名
      田中宏幸, 緒方英明
    • 学会等名
      兵庫県立大学播磨理学キャンパス 技術・人材マッチング交流会2022
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] [FeFe]ヒドロゲナーゼの電子伝達経路の構造学的研究2022

    • 著者名/発表者名
      緒方英明, C. Furlan, N. Chongdar, P. Gupta, W. Lubitz, J. Blaza, J. Birrell
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] Construction and structural characterization of a unique dimer of ferredoxin from Thermotoga maritima2022

    • 著者名/発表者名
      N. A. Binti Azmi, T. Mashima, H. Ogata, H. Komori, T. Ando, M. Yamanaka, S. Hirota
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] αヘリックスで連結した3ユニット環状ヘムタンパク質の設計と構築2022

    • 著者名/発表者名
      大西遥喜, 藤原綱大, 真島剛史, 小林直也, 山中優, 緒方英明, 廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] センサー型[FeFe]ヒドロゲナーゼの変異体による水素酸化還元反応2021

    • 著者名/発表者名
      N. Chongdar, J. A. Birrell, E. Reijerse, W. Lubitz, H. Ogata
    • 学会等名
      第21回日本蛋白質科学会年会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 金属酵素の結晶構造化学的研究2020

    • 著者名/発表者名
      緒方英明
    • 学会等名
      日本結晶学会令和 2 年(2020 年)度年会および会員総会 70 周年記念大会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Spectroelectrochemical FTIR studies of an electron-bifurcating [FeFe] hydrogenase2020

    • 著者名/発表者名
      N. Chongdar, K. Pawlak, O. Rudiger, E. J. Reijerse, P. Rodriguez-Marcia, W. Lubitz, J. A. Birrell, H. Ogata
    • 学会等名
      第 58 回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] Encyclopedia of Biological Chemistry 3rd Edition2021

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Ogata, Wolfgang Lubitz
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      Elsevier
    • ISBN
      9780128194607
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [図書] 生命金属ダイナミクス2021

    • 著者名/発表者名
      緒方英明、樋口芳樹(城宜嗣, 津本浩平編)
    • 総ページ数
      7
    • 出版者
      株式会社エヌ・ティー・エス
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書
  • [図書] Encyclopedia of Biological Chemistry 3rd edition2021

    • 著者名/発表者名
      Hideaki Ogata and Wolfgang Lubitz
    • 総ページ数
      8
    • 出版者
      Elsevier
    • 関連する報告書
      2020 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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