| 研究課題/領域番号 |
20J01794
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| 研究種目 |
特別研究員奨励費
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| 配分区分 | 補助金 |
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| 応募区分 | 国内 |
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| 審査区分 |
小区分50010:腫瘍生物学関連
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| 研究機関 | 国立研究開発法人国立がん研究センター |
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研究代表者 |
中山 淳 国立研究開発法人国立がん研究センター, 細胞情報学分野, 特別研究員(PD) (30801237)
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| 研究期間 (年度) |
2020-04-24 – 2023-03-31
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| 研究課題ステータス |
完了 (2022年度)
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| 配分額 *注記 |
4,030千円 (直接経費: 3,100千円、間接経費: 930千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
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| キーワード | DCIS / scRNA-seq / 不均一性 / VARIED / 定量的ネットワークトポロジー / HER2陽性乳癌 / 浸潤性乳管がん / 乳がん / ERBB2 / 遺伝子増幅 / シングルセルアンプリコミクス / ERRB2 / がん遺伝子 / アンプリコン |
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| 研究開始時の研究の概要 |
癌の遺伝子増幅領域（アンプリコン）では、ドライバー癌遺伝子と近傍に位置する周辺遺伝子が共に増幅されており、アンプリコンの差異（増幅の及ぶ領域・過剰発現の誘引）は発癌だけでなく、悪性化・転移を引き起こす要因であることが明らかになってきた。
従来のアンプリコン研究は、バルクの癌細胞株や臨床組織に由来するものであり、シングルセルレベルでの腫瘍内アンプリコン不均一性は明らかにされていない点に着想した。本研究は、シングルセルレベルでのアンプリコン網羅的解析技術を開発し、腫瘍内アンプリコン不均一性と遺伝子増幅の時空間的動態を明らかにすることを目的とする。
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| 研究実績の概要 |
令和4年度の研究成果として、収集した臨床検体のシングルセルRNA-seq解析を実施し、LuminalサブタイプDCIS検体、Luminal-HER2サブタイプDCIS検体、Luminalサブタイプ原発腫瘍、HER2陽性サブタイプ原発腫瘍の統合解析を行った。その結果、DCISに特徴的な遺伝子をシングルセルレベルで抽出することに成功した。また、DCISですでにERBB2遺伝子増幅領域に含まれる遺伝子が複数発現上昇していることを見出した。
さらに、定量的ネットワークトポロジーを用いた遺伝子発現不均一性の解析VARIED法を開発した。このVARIED法を適用することで、乳がんにおける間質細胞の不均一性の増大を見出した。これらの結果は従来の知見をサポートするものであり、不均一性を定量的に議論することが可能となった。
これらの結果を統合し、Cancer Research誌に成果を報告した（Tokura and Nakayama (Co-first) et al., Cancer Research, 2022）。
当初の計画以上に進展しており、新たなシングルセル解析手法の開発に取り組む予定である。
現在は、本研究課題をさらに発展させ、浸潤性小葉がんのシングルセル・空間トランスクリプトーム解析やVARIED法の適用拡張のための共同研究を推進している。
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| 現在までの達成度 (段落) |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
令和4年度が最終年度であるため、記入しない。
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