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ブロスライブラリーの拡張と新規活性物質探索に向けた多変量スクリーニング系の構築

研究課題

研究課題/領域番号 20K05858
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分38040:生物有機化学関連
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

野川 俊彦  国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 技師 (40462717)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,170千円 (直接経費: 900千円、間接経費: 270千円)
2021年度: 1,430千円 (直接経費: 1,100千円、間接経費: 330千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード微生物二次代謝産物 / ブロスライブラリー / 新規活性物質 / 多変量スクリーニング / 生物活性
研究開始時の研究の概要

本課題実行者は、微生物代謝産物フラクションライブラリーとオリジナルスペクトルデータベースNPPlotを組み合わせた新規化合物の探索系を確立している。本課題では複数の培養条件を用いることでライブラリーを拡張し、それに多様な生物活性評価を組み合わせた新規活性物質の探索系を構築する。多様な構造および生物活性情報の処理には主成分解析を応用する。構造情報はLC/MSとTLCによる含有窒素原子の情報を活用する。活性は主に細胞毒性と抗菌活性を評価する。微生物代謝産物は創薬資源として重要であるが精製の手間や新規物質発見の難しさなどの欠点がある。本課題ではこれらの欠点を解消する新規活性物質の探索系を構築する。

研究成果の概要

本課題では、新規微生物二次代謝産物の探索と単離を目的に以下の5項目に沿い研究を遂行した。(1)複数培地によるブロスライブラリーの作製、(2)ライブラリーのLC/MSおよびTLCによる含有化合物の物性取得、(3)ライブラリーの生物活性評価、(4)物性および生物活性データの多変量解析によるブロス評価、(5)活性物質の単離・同定。放線菌および糸状菌を複数培地にて培養し、約1,500種の微生物ブロスを調製した。LC/MS、TLC、生物活性評価の結果からブロスを選定し、それらブロスより新規活性物質を単離、構造決定した。結果を学会や学術論文として報告した。本研究により本法法の有用性を確認することができた。

研究成果の学術的意義や社会的意義

微生物二次代謝産物は、多様な構造や生物活性から重要な化合物群である。しかし、その探索研究には精製の手間や時間、最近では新規化合物発見の難しさなどの問題がある。そのため、有用性は理解されながらもコストや成果の得にくさなどの面から研究の継続が困難になっている。本課題では微生物の二次代謝産物生産能の有効利用に着目し、複数の探索方法の組み合わせにより新規化合物群の探索を行った。本課題を通して確立した方法により新規活性物質を有効に探索することができ、医薬品などのシード探索やバイオプローブの創出につながることが期待できる。さらに、限りある微生物資源の有効活用においても重要である。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (39件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (20件) (うち国際共著 11件、 査読あり 20件、 オープンアクセス 8件) 学会発表 (17件) (うち国際学会 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Wakodecaline C, new tetrahydrofuran-fused decalin metabolite isolated from fungus Pyrenochaetopsis sp. RK10-F0582023

    • 著者名/発表者名
      Nogawa Toshihiko、Kato Naoki、Shimizu Takeshi、Okano Akiko、Futamura Yushi、Takahashi Shunji、Koshino Hiroyuki、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 76 号: 6 ページ: 346-350

    • DOI

      10.1038/s41429-023-00613-2

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fungal NRPS-PKS Hybrid Enzymes Biosynthesize New γ-Lactam Compounds, Taslactams A-D, Analogous to Actinomycete Proteasome Inhibitors2023

    • 著者名/発表者名
      Motoyama Takayuki、Nogawa Toshihiko、Shimizu Takeshi、Kawatani Makoto、Kashiwa Takeshi、Yun Choong-Soo、Hashizume Daisuke、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 18 号: 2 ページ: 396-403

    • DOI

      10.1021/acschembio.2c00830

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Potential Anti-Cholinesterase Activity of Bioactive Compounds Extracted from Cassia grandis L.f. and Cassia timoriensis DC.2023

    • 著者名/発表者名
      Alhawarri Maram B.、Dianita Roza、Rawa Mira Syahfriena Amir、Nogawa Toshihiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 12 号: 2 ページ: 344-344

    • DOI

      10.3390/plants12020344

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Naturally Occurring 8β,13β-kaur-15-en-17-al and Anti-Malarial Activity from Podocarpus polystachyus Leaves2022

    • 著者名/発表者名
      Amir Rawa Mira Syahfriena、Al-Thiabat Mohammad G.、Nogawa Toshihiko、Futamura Yushi、Okano Akiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Pharmaceuticals

      巻: 15 号: 7 ページ: 902-902

    • DOI

      10.3390/ph15070902

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Roles of Syzygium in Anti-Cholinesterase, Anti-Diabetic, Anti-Inflammatory, and Antioxidant: From Alzheimer’s Perspective2022

    • 著者名/発表者名
      Amir Rawa Mira Syahfriena、Mazlan Mohd Khairul Nizam、Ahmad Rosliza、Nogawa Toshihiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Plants

      巻: 11 号: 11 ページ: 1476-1476

    • DOI

      10.3390/plants11111476

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] In Vitro and In Silico Anti-Acetylcholinesterase Activity from Macaranga tanarius and Syzygium jambos2022

    • 著者名/発表者名
      Amir Rawa Mira Syahfriena、Nurul Azman Nurul Amira、Mohamad Suriani、Nogawa Toshihiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 27 号: 9 ページ: 2648-2648

    • DOI

      10.3390/molecules27092648

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Isolation of new lucilactaene derivatives from P450 monooxygenase and aldehyde dehydrogenase knockout Fusarium sp. RK97-94 strains and their biological activities2022

    • 著者名/発表者名
      Abdelhakim IA, Motoyama Takayuki, Nogawa Toshihiko, Mahmud FB, Futamura Yushi, Takahashi Shunji, Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: ahead of print 号: 7 ページ: 361-374

    • DOI

      10.1038/s41429-022-00529-3

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] RK-270D and E, Oxindole Derivatives from Streptomyces sp. with Anti-Angiogenic Activity2022

    • 著者名/発表者名
      Jang Jun-Pil、Jang Mina、Nogawa Toshihiko、Takahashi Shunji、Osada Hiroyuki、Ahn Jong Seog、Ko Sung-Kyun、Jang Jae-Hyuk
    • 雑誌名

      Journal of Microbiology and Biotechnology

      巻: 32 号: 3 ページ: 302-306

    • DOI

      10.4014/jmb.2110.10039

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 2-Methylthio-N7-methyl-cis-zeatin, a new antimalarial natural product isolated from a Streptomyces culture2021

    • 著者名/発表者名
      Lopez Julius Adam V、Nogawa Toshihiko、Yoshida Kazuko、Futamura Yushi、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 86 号: 1 ページ: 31-36

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab192

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Thiolactomide: A New Homocysteine Thiolactone Derivative from Streptomyces sp. with Neuroprotective Activity2021

    • 著者名/発表者名
      Jang Jun-Pil、Kwon Min Cheol、Nogawa Toshihiko、Takahashi Shunji、Osada Hiroyuki、Ahn Jong Seog、Ko Sung-Kyun、Jang Jae-Hyuk
    • 雑誌名

      Journal of Microbiology and Biotechnology

      巻: 31 号: 12 ページ: 1667-1671

    • DOI

      10.4014/jmb.2108.08015

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Molecular Basis for Two Stereoselective Diels-Alderases that Produce Decalin Skeletons2021

    • 著者名/発表者名
      Fujiyama Keisuke、Kato Naoki、Re Suyong、Kinugasa Kiyomi、Watanabe Kohei、Takita Ryo、Nogawa Toshihiko、Hino Tomoya、Osada Hiroyuki、Sugita Yuji、Takahashi Shunji、Nagano Shingo
    • 雑誌名

      Angewandte Chemie International Edition

      巻: 60 号: 41 ページ: 22401-22410

    • DOI

      10.1002/anie.202106186

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Zealpeptaibolin, an 11-mer cytotoxic peptaibol group with 3 Aib-Pro motifs isolated from Trichoderma sp. RK10-F0262021

    • 著者名/発表者名
      Rawa Mira Syahfriena Amir、Nogawa Toshihiko、Okano Akiko、Futamura Yushi、Wahab Habibah A.、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: 74 号: 8 ページ: 485-495

    • DOI

      10.1038/s41429-021-00429-y

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] Identification of a Small-Molecule Glucose Transporter Inhibitor, Glutipyran, That Inhibits Cancer Cell Growth2021

    • 著者名/発表者名
      Kawatani Makoto、Aono Harumi、Hiranuma Sayoko、Shimizu Takeshi、Muroi Makoto、Ogawa Naoko、Ohishi Tomokazu、Ohba Shun-ichi、Kawada Manabu、Nogawa Toshihiko、Okano Akiko、Hashizume Daisuke、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 16 号: 8 ページ: 1576-1586

    • DOI

      10.1021/acschembio.1c00480

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Antioxidant, Anti-Inflammatory, and Inhibition of Acetylcholinesterase Potentials of Cassia timoriensis DC. Flowers2021

    • 著者名/発表者名
      Alhawarri Maram B.、Dianita Roza、Razak Khairul Niza Abd、Mohamad Suriani、Nogawa Toshihiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 26 号: 9 ページ: 2594-2594

    • DOI

      10.3390/molecules26092594

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A new peptaibol, RK-026A, from the soil fungus Trichoderma sp. RK10-F026 by culture condition-dependent screening2021

    • 著者名/発表者名
      Rawa Mira Syahfriena Amir、Nogawa Toshihiko、Okano Akiko、Futamura Yushi、Nakamura Takemichi、Wahab Habibah A、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 1 ページ: 69-76

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa051

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Controlling the production of phytotoxin pyriculol in Pyricularia oryzae by aldehyde reductase2021

    • 著者名/発表者名
      Furuyama Yuuki、Motoyama Takayuki、Nogawa Toshihiko、Hayashi Toshiaki、Hirota Hiroshi、Kiyota Hiromasa、Kamakura Takashi、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 1 ページ: 126-133

    • DOI

      10.1093/bbb/zbaa035

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Dihydropyriculol produced by Pyricularia oryzae inhibits the growth of Streptomyces griseus2021

    • 著者名/発表者名
      Furuyama Yuuki、Motoyama Takayuki、Nogawa Toshihiko、Kamakura Takashi、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry

      巻: 85 号: 5 ページ: 1290-1293

    • DOI

      10.1093/bbb/zbab021

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] N-Acetyl-α-hydroxy-β-oxotryptamine, a racemic natural product isolated from Streptomyces sp. 80H6472021

    • 著者名/発表者名
      Lopez Julius Adam V.、Nogawa Toshihiko、Futamura Yushi、Aono Harumi、Hashizume Daisuke、Osada Hiroyuki
    • 雑誌名

      The Journal of Antibiotics

      巻: ahead of online 号: 7 ページ: 477-479

    • DOI

      10.1038/s41429-021-00420-7

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Potential Anti-Acetylcholinesterase Activity of Cassia timorensis DC.2020

    • 著者名/発表者名
      Azman Nurul Amira Nurul、Alhawarri Maram B.、Rawa Mira Syahfriena Amir、Dianita Roza、Gazzali Amirah Mohd、Nogawa Toshihiko、Wahab Habibah A.
    • 雑誌名

      Molecules

      巻: 25 号: 19 ページ: 4545-4545

    • DOI

      10.3390/molecules25194545

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Heterologous Expression of the Biosynthetic Gene Cluster for Verticilactam and Identification of Analogues2020

    • 著者名/発表者名
      Nogawa Toshihiko、Terai Atsutaka、Amagai Keita、Hashimoto Junko、Futamura Yushi、Okano Akiko、Fujie Manabu、Satoh Noriyuki、Ikeda Haruo、Shin-ya Kazuo、Osada Hiroyuki、Takahashi Shunji
    • 雑誌名

      Journal of Natural Products

      巻: 83 号: 12 ページ: 3598-3605

    • DOI

      10.1021/acs.jnatprod.0c00755

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり
  • [学会発表] 遺伝子改変糸状菌より収集したデカリン含有テトラミン酸化合物の構造活性相関2022

    • 著者名/発表者名
      加藤直樹、野川俊彦、海老原佳奈、二村友史、松田一彦、丹波隆介、高橋俊二、長田裕之
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 遺伝子変異酵母株の生育回復活性を用いた中国産琥珀に含まれる生物活性物質の単離精製と同定2022

    • 著者名/発表者名
      Lethi NgocAnh、松本千里、高木博史、野川俊彦、越野広雪、木村賢一
    • 学会等名
      日本農芸化学会2023年度大会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] OSMAC法により見出された放線菌由来天然物の生合成研究2022

    • 著者名/発表者名
      小林裕輝、遠藤暸太、佐藤道大、野川俊彦、長田裕之、渡辺賢二
    • 学会等名
      日本薬学会 第143年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Biosynthetic study of verticilactam, a polycyclic macrolactam from Streptomyces2022

    • 著者名/発表者名
      Yu Zheng, Katsuyuki Sakai, Horoshi Takagi, Yumi Shiozaki-Sato, Toshihiko Nogawa, Shunji Takahashi
    • 学会等名
      International Conference on Natural Product Discovery and Development in the Genomic Era
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] OSMACアプローチによる微生物二次代謝産物の探索2022

    • 著者名/発表者名
      野川俊彦、Julius Adam V Lopez、二村友史、岡野亜紀子、由田和津子、清水猛、越野広雪、長田裕之
    • 学会等名
      第64回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Characterization of cytochrome P450 function in verticilactam biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Yu ZHENG, Hiroshi TAKAGI, Katsuyuki SAKAI, Yumi SHIOZAKI-SATO, Toshihiko NOGAWA, Risa TAKAO, Shunji TAKAHASHI
    • 学会等名
      RIKEN-KRIBB Chemical Biology Joint Sympojium
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Characterization of cytochrome P450 function in verticilactam biosynthesis2022

    • 著者名/発表者名
      Yu Zheng, Hiroshi Takagi, Katsuyuki Sakai, Yumi Sato-Shiozaki, Toshihiko Nogawa, Risa Takao, Shunji Takahashi
    • 学会等名
      日本農芸化学会2022年度大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 糸状菌Trichoderma sp. RK10-F026より単離した培養条件依存的に生産される新規ペプタイボール類2021

    • 著者名/発表者名
      野川俊彦、Mira Syahfrina Amir Rawa、岡野亜紀子、二村友史、中村健道、Habibah A. Wahab、長田裕之
    • 学会等名
      第69回 質量分析討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 糸状菌Trichoderma sp. RK10-F026より単離した新規ペプタイボール、zealpeptaibolin類の構造2021

    • 著者名/発表者名
      野川俊彦、Mira Syahfrina Amir Rawa、岡野亜紀子、二村友史、Habibah A. Wahab、中村健道、長田裕之
    • 学会等名
      第63回 天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 抗腫瘍活性を有するGLUT阻害剤glutipyranの同定2021

    • 著者名/発表者名
      川谷誠、青野晴美、平沼佐代子、清水猛、室井誠、小川直子、大石智一、大庭俊一、川田学、野川俊彦、岡野亜紀子、長田裕之
    • 学会等名
      日本ケミカルバイオロジー学会 第15回年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] Analysis of verticilactam biosynthetic gene cluster2021

    • 著者名/発表者名
      Toshihiko Nogawa, Atsutaka Terai, Keita Amagai, Junko Hashimoto, Manabu Fujie, Noriyuki Satoh, Haruo Ikeda, Kazuo Shin-ya, Hiroyuki Osada, Shunji Takahashi
    • 学会等名
      Pacifichem 2021
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] A new peptaibol from the fungus Trichoderma sp. RK10-F026 by culture condition-dependent screening2021

    • 著者名/発表者名
      Mira Syahfriena Amir Rawa, Toshihiko Nogawa, Akiko Okano, Yushi Futamura, Takemichi Nakamura, Habibah A. Wahab, Hiroyuki Osada
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] A new cytokinin-type compound and cytotoxic tryptamine derivatives from Streptomyces sp. 80H6472021

    • 著者名/発表者名
      Julius Lopez, Toshihiko Nogawa, Yushi Futamura, Harumi Aono, Kazuko Yoshida, Daisuke Hashizume, Hiroyuki Osada
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] デカリン合成酵素 Phm7 および Fsa2 の in vitro アッセイ系の構築2021

    • 著者名/発表者名
      加藤 直樹 、藤山 敬介 、野川 俊彦 、長田 裕之 、永野 真吾 、高橋 俊二
    • 学会等名
      日本農芸化学会2021年度大会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Verticilactam生合成遺伝子クラスター異種発現による新規類縁体の単離と構造決定2020

    • 著者名/発表者名
      野川俊彦、寺井淳高、天貝啓太、橋本絢子、藤江学、佐藤矩行、池田治生、新家一男、長田裕之、 高橋俊二
    • 学会等名
      第62回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] 放線菌 Streptomyces sp. RK88-1355 より単離された Opantimycin A の全合成と生物活性評価2020

    • 著者名/発表者名
      臼杵克之助、阿部龍太、石井彩帆、佐藤哲也、青野晴美、野川俊彦、二村友史、 長田裕之
    • 学会等名
      第62回天然有機化合物討論会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Screening and analyses of c-Myc inhibitors using intrinsic transcriptional targets2020

    • 著者名/発表者名
      Ziyu Liu, Toshihiko Nogawa, Emiko Sanada, Akiko Okano, Kosuke Ishikawa, Kentaro Semba, Hiroyuki Osada, Nobumoto Watanabe
    • 学会等名
      第43回日本分子生物学年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [図書] 未培養微生物研究の最新動向 第III編 第1章「微生物に新規物質を求めて」2023

    • 著者名/発表者名
      野川俊彦、植木雅志、長田裕之(監修:青柳秀紀)
    • 総ページ数
      263
    • 出版者
      シーエムシー出版
    • ISBN
      9784781317328
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] 天然物が持つ鏡像異性な環状骨格を作り分ける-2つの酵素の反応機構を解明-

    • URL

      https://www.riken.jp/press/2021/20210819_7/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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