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脳腫瘍の不均一性に対する遺伝子解析および人工知能画像解析の統合的検索の開発

研究課題

研究課題/領域番号 20K07385
研究種目

基盤研究(C)

配分区分基金
応募区分一般
審査区分 小区分49020:人体病理学関連
研究機関北海道大学

研究代表者

石田 雄介  北海道大学, 医学研究院, 客員研究員 (80649088)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円)
2022年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2021年度: 1,300千円 (直接経費: 1,000千円、間接経費: 300千円)
2020年度: 1,690千円 (直接経費: 1,300千円、間接経費: 390千円)
キーワード人体病理 / 病理診断 / がん遺伝子診断 / 人工知能 / 画像解析 / 機械学習 / 原発性脳腫瘍 / 脳腫瘍 / 遺伝子解析
研究開始時の研究の概要

脳腫瘍を顕微鏡で観察すると、同じような異常細胞だけが増えているもののほか、部分ごとに違う細胞が増えているように見えるものや、複数の種類の細胞がまじりあって増えているように見えるものがあります。このときに、違うように見える細胞には、違う遺伝子変異があり、悪性度や治療への反応性がそれぞれに違うのか、あるいは実は同じ細胞の形が違うだけなのかはよくわかっていません。この研究では、人工知能で形の違いを抽出して、それぞれの細胞の種類ごとに違う遺伝子変異があるのか、もしあればその違いはどんな変異によるのかを調べます。

研究成果の概要

人工知能画像解析にて既存の遺伝子情報が既知である毛様細胞性星細胞腫(PA)および多形黄色星細胞腫(PXA)を学習データに用いて組織像の学習を行うことで、領域がPAまたはPXAにいずれに近いかを予想するモデルを開発した。実際の遺伝子情報が未知である腫瘍についてはPAのKIAA1549-BRAF融合遺伝子あるいはPXAのBRAF V600E変異のいずれかを検出したものについてモデルを適用して良好な結果を得たが、症例数が少ないため有意な結果あるいは実用に資するには至らなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

PAおよびPXAはいずれか特徴的な所見を有していることが知られているが、実際の病理組織診断において類似した組織像で特徴が認識しにくいことも多く、遺伝子情報なしには診断に苦慮することも多いが、これらを人工知能画像解析を用いて画像情報から診断しうるモデルを開発したことで、実際の臨床へのフィードバックあるいは開発経験を生かしてそれ以外の種類の組織像にも対応するモデルを改めて開発するなどの広がりが期待できる結果だった。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (6件)

すべて 2022 2021 2020

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件) 学会発表 (2件) (うち招待講演 1件)

  • [雑誌論文] Machine Learning Algorithms: Prediction and Feature Selection for Clinical Refracture after Surgically Treated Fragility Fracture2022

    • 著者名/発表者名
      Shimizu Hirokazu、Enda Ken、Shimizu Tomohiro、Ishida Yusuke、Ishizu Hotaka、Ise Koki、Tanaka Shinya、Iwasaki Norimasa
    • 雑誌名

      Journal of Clinical Medicine

      巻: 11 号: 7 ページ: 2021-2021

    • DOI

      10.3390/jcm11072021

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Loss of H3K27 trimethylation is frequent in IDH1-R132H but not in non-canonical IDH1/2 mutated and 1p/19q codeleted oligodendroglioma: a Japanese cohort study2021

    • 著者名/発表者名
      Habiba Umma、Sugino Hirokazu、Yordanova Roumyana、Ise Koki、Tanei Zen-ichi、Ishida Yusuke、Tanikawa Satoshi、Terasaka Shunsuke、Sato Ken-ichi、Kamoshima Yuuta、Katoh Masahiko、Nagane Motoo、Shibahara Junji、Tsuda Masumi、Tanaka Shinya
    • 雑誌名

      Acta Neuropathologica Communications

      巻: 9 号: 1 ページ: 95-95

    • DOI

      10.1186/s40478-021-01194-7

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Aberrant expression of MYD88 via RNA‐controlling CNOT4 and EXOSC3 in colonic mucosa impacts generation of colonic cancer2021

    • 著者名/発表者名
      Tsuda Masumi、Noguchi Misa、Kurai Tsuyoshi、Ichihashi Yuji、Ise Koki、Wang Lei、Ishida Yusuke、Tanino Mishie、Hirano Satoshi、Asaka Masahiro、Tanaka Shinya
    • 雑誌名

      Cancer Science

      巻: 112 号: 12 ページ: 5100-5113

    • DOI

      10.1111/cas.15157

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Prognostic role of H3K27M mutation, histone H3K27 methylation status, and EZH2 expression in diffuse spinal cord gliomas2020

    • 著者名/発表者名
      Ishi Yukitomo、Takamiya Soichiro、Seki Toshitaka、Yamazaki Kazuyoshi、Hida Kazutoshi、Hatanaka Kanako C.、Ishida Yusuke、Oda Yoshitaka、Tanaka Shinya、Yamaguchi Shigeru
    • 雑誌名

      Brain Tumor Pathology

      巻: 37 号: 3 ページ: 81-88

    • DOI

      10.1007/s10014-020-00369-9

    • NAID

      120007099148

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 前立腺癌に対する生検組織画像に関する機械学習モデルの構築およびPSAあるいは炎症マーカー検査との連携2020

    • 著者名/発表者名
      石田 雄介 、武井 英博 、田中 伸哉
    • 学会等名
      第67回日本臨床検査医学会学術集会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] ワークショップ1-3 病理組織診断と人工知能:腫瘍組織画像とゲノム情報に基づ くannotation の統合と実践2020

    • 著者名/発表者名
      石田 雄介
    • 学会等名
      第52回日本臨床分子形態学会総会・学術集会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2024-01-30  

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