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糖鎖とタンパク質が織りなす抗体のアロステリックネットワークの探査

研究課題

研究課題/領域番号 20K15981
研究種目

若手研究

配分区分基金
審査区分 小区分47020:薬系分析および物理化学関連
研究機関分子科学研究所

研究代表者

谷中 冴子  分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (80722777)

研究期間 (年度) 2020-04-01 – 2022-03-31
研究課題ステータス 完了 (2021年度)
配分額 *注記
4,160千円 (直接経費: 3,200千円、間接経費: 960千円)
2021年度: 1,820千円 (直接経費: 1,400千円、間接経費: 420千円)
2020年度: 2,340千円 (直接経費: 1,800千円、間接経費: 540千円)
キーワード免疫グロブリンG / Fc領域 / 糖鎖 / MDシミュレーション / 核磁気共鳴法 / アロステリックネットワーク / 抗体 / グライコフォーム / NMR / 量子ビーム溶液散乱 / アロステリック
研究開始時の研究の概要

抗体に結合した糖鎖はエフェクター機能と密接に結びついており、その構造多様性は優に100通りを越える。抗体の糖鎖はタンパク質部分と渾然一体となった分子内ネットワークを形成しており、糖鎖構造の僅かな変化がそのダイナミクスに影響を与えることで予期せぬ部位に構造変化を引き起こし、エフェクター機能を変調するものと考えられる。しかしながら、3次元構造ダイナミクスの観点から抗体のグライコフォームと機能の関連を体系的に精査した研究はない。本研究では、抗体分子内に張り巡らされた糖鎖とタンパク質が織りなすアロステリックネットワークを実験と理論の両面から探査し、その動態と機能の関連を明らかにすることを目指す。

研究成果の概要

抗体は抗原認識を契機としてエフェクター機能を発動し、免疫システムにおいて異物の排除を司る糖タンパク質である。抗体に結合した糖鎖はエフェクター機能と密接に結びついており、その構造多様性は優に100通りを越える。抗体の糖鎖はタンパク質部分と渾然一体となった分子内ネットワークを形成しており、糖鎖構造の僅かな変化が分子内ネットワークに影響を与えることで予期せぬ遠位の部位に構造変化を引き起こし、エフェクター機能を変調するものと考えられる。本研究では、実験と理論の統合により、体分子内に張り巡らされた糖鎖とタンパク質が織りなす“アロステリックネットワーク”を探査し、その動態と機能の関連を浮き彫りにした。

研究成果の学術的意義や社会的意義

糖鎖を含めた抗体の構造解析はいくつかの取り組みが報告されているが、それらは断片的な現象論的記述にとどまっており、分子の動的3次元構造の観点に立って、糖鎖構造のバリエーションと機能を結びつける系統的な研究は国内外を通じて行われていない。
本研究により、これまで各論的な経験に基づいて行われているバイオ医薬の糖鎖バリエーションの品質管理に科学的根拠がもたらされるとともに、次世代抗体医薬の創成に向けての体系的な設計指針を与えることが可能となるものと期待される。

報告書

(3件)
  • 2021 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (9件) (うち国際共著 3件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (6件) (うち国際学会 1件、 招待講演 5件) 図書 (1件)

  • [国際共同研究] Institut Laue-Langevin(フランス)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] The Fab portion of immunoglobulin G has sites in the CL domain that interact with Fc gamma receptor IIIa2022

    • 著者名/発表者名
      Yamaguchi Yuki、Wakaizumi Natsumi、Irisa Mine、Maruno Takahiro、Shimada Mari、Shintani Koya、Nishiumi Haruka、Yogo Rina、Yanaka Saeko、Higo Daisuke、Torisu Tetsuo、Kato Koichi、Uchiyama Susumu
    • 雑誌名

      mAbs

      巻: 14 号: 1

    • DOI

      10.1080/19420862.2022.2038531

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Glutamine-free mammalian expression of recombinant glycoproteins with uniform isotope labeling: an application for NMR analysis of pharmaceutically relevant Fc glycoforms of human immunoglobulin G12022

    • 著者名/発表者名
      Yanaka Saeko、Yagi Hirokazu、Yogo Rina、Onitsuka Masayoshi、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Journal of Biomolecular NMR

      巻: なし 号: 1-2 ページ: 17-22

    • DOI

      10.1007/s10858-021-00387-5

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Quantitative Visualization of the Interaction between Complement Component C1 and Immunoglobulin G: The Effect of CH1 Domain Deletion2022

    • 著者名/発表者名
      Yanaka Saeko、Nishiguchi Shigetaka、Yogo Rina、Watanabe Hiroki、Shen Jiana、Yagi Hirokazu、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 号: 4 ページ: 2090-2090

    • DOI

      10.3390/ijms23042090

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Comprehensive characterization of oligosaccharide conformational ensembles with conformer classification by free-energy landscape via reproductive kernel Hilbert space2021

    • 著者名/発表者名
      Watanabe Tokio、Yagi Hirokazu、Yanaka Saeko、Yamaguchi Takumi、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Physical Chemistry Chemical Physics

      巻: - 号: 16 ページ: 9753-9760

    • DOI

      10.1039/d0cp06448c

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] NMR assignments of the N-glycans of the Fc fragment of mouse immunoglobulin G2b glycoprotein2021

    • 著者名/発表者名
      Yanaka Saeko、Yamaguchi Yoshiki、Takizawa Takeshi、Miyanoiri Yohei、Yogo Rina、Shimada Ichio、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Biomolecular NMR Assignments

      巻: 15 号: 1 ページ: 187-192

    • DOI

      10.1007/s12104-020-10004-5

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] A feasibility study of inverse contrast-matching small-angle neutron scattering method combined with size exclusion chromatography using antibody interactions as model systems2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Nobuhiro、Yogo Rina、Yanaka Saeko、Martel Anne、Porcar Lionel、Morishima Ken、Inoue Rintaro、Tominaga Taiki、Arimori Takao、Takagi Junichi、Sugiyama Masaaki、Kato Koichi
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 0 号: 6 ページ: 1-8

    • DOI

      10.1093/jb/mvab012

    • NAID

      40022687772

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Silkworm Pupae Function as Efficient Producers of Recombinant Glycoproteins with Stable-Isotope Labeling2020

    • 著者名/発表者名
      Yagi Hirokazu、Yanaka Saeko、Yogo Rina、Ikeda Akari、Onitsuka Masayoshi、Yamazaki Toshio、Kato Tatsuya、Park Enoch Y.、Yokoyama Jun、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Biomolecules

      巻: 10 号: 11 ページ: 1482-1482

    • DOI

      10.3390/biom10111482

    • NAID

      120007045052

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Biophysical characterization of dynamic structures of immunoglobulin G2020

    • 著者名/発表者名
      Yanaka Saeko、Yogo Rina、Kato Koichi
    • 雑誌名

      Biophysical Reviews

      巻: 12 号: 3 ページ: 637-645

    • DOI

      10.1007/s12551-020-00698-1

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] 複雑な糖鎖のコンフォメーション空間の探査と改変―計算と実験の統合によるアプローチ2020

    • 著者名/発表者名
      谷中冴子、加藤晃一
    • 雑誌名

      化学

      巻: 75 ページ: 30-71

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Stable isotope-assisted NMR analysis of dynamics and interactions of the Fc region of immunoglobulin G as glycoprotein2021

    • 著者名/発表者名
      Saeko Yanaka
    • 学会等名
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 抗体の3次元構造と相互作用のダイナミクスをみる2021

    • 著者名/発表者名
      谷中冴子
    • 学会等名
      PFF2020/2021
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗体の安定同位体標識によるNMRを用いた3次元構造と相互作用の解析2021

    • 著者名/発表者名
      谷中冴子
    • 学会等名
      第21回若手NMR研究会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 抗体の3次元構造と相互作用のダイナミクスを解明する方法の 開発と抗体の高機能化への展開2021

    • 著者名/発表者名
      谷中冴子
    • 学会等名
      日本薬学会第141年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 血清環境における抗体の分子間相互作用と機能の解明2021

    • 著者名/発表者名
      與語理那,谷中冴子,矢木宏和,加藤晃一
    • 学会等名
      日本薬学会 第141年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [学会発表] Impacts of the N-glycan variation of antibodies on their dynamic structures of functional relevance2020

    • 著者名/発表者名
      谷中冴子、與語理那、矢木宏和、加藤晃一
    • 学会等名
      第58回日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] Comprehensive Glycoscience, 2nd edition (J. Barchi ed.)2021

    • 著者名/発表者名
      Hirokazu Yagi、Saeko Yanaka、Koichi Kato
    • 出版者
      Elsevier (Oxford)
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書

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公開日: 2020-04-28   更新日: 2023-01-30  

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