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人工細胞膜に封入した後成修飾クロマチン繊維の細胞内導入と遺伝子発現の定量的理解

研究課題

研究課題/領域番号 20K21406
研究種目

挑戦的研究(萌芽)

配分区分基金
審査区分 中区分43:分子レベルから細胞レベルの生物学およびその関連分野
研究機関国立研究開発法人理化学研究所

研究代表者

梅原 崇史  国立研究開発法人理化学研究所, 生命機能科学研究センター, チームリーダー (20415095)

研究分担者 神谷 厚輝  群馬大学, 大学院理工学府, 助教 (70612315)
研究期間 (年度) 2020-07-30 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2022年度)
配分額 *注記
6,500千円 (直接経費: 5,000千円、間接経費: 1,500千円)
2021年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
2020年度: 3,250千円 (直接経費: 2,500千円、間接経費: 750千円)
キーワードアセチル化 / エピゲノム / クロマチン / ヌクレオソーム / リポソーム / 細胞膜 / 遺伝子発現 / DNA / 人工細胞膜
研究開始時の研究の概要

本研究では、エピジェネティクス情報を含む長鎖クロマチンを人工細胞膜内に再構成し、それを培養細胞に導入する新規技術を開発する。遺伝子ベクターとミニ染色体を利用する従来技術では、任意のエピジェネティクス情報を持つ長鎖エピゲノムDNAを哺乳細胞に導入できない。そこで、De novoで人工エピゲノム断片を試験管内で再構成し、それを人工細胞膜内に封入して哺乳細胞内に長鎖DNAを送達させる技術を開発する。これにより、細胞を介した調製過程を要する従来法よりも高い拡張性でエピゲノム断片の細胞内送達を目指すとともに、エピゲノム修飾情報とDNA代謝反応量の相関を定量解析する技術基盤の確立を目指す。

研究成果の概要

本研究では、ヒストンを修飾したヌクレオソームを試験管内で再構成して人工細胞膜を用いたリポソームに封入することによりクロマチンを細胞内に導入するための技術開発と、再構成した試料をDNA仲介反応系で評価することを研究目的とした。その結果、長鎖ヌクレオソームをリポソームに封入するための再構成条件を見いだした。また、ヒストンH2BのN末端テイルをアセチル化すると再構成ヌクレオソームが局所的に不安定化することを明らかにした。さらに、細胞サイズのリポソームに遺伝子転写カセットを封入することでリポソーム内での転写・翻訳反応を再現性よく観察する実験系を確立した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

本研究によって、細胞サイズの人工リポソームにおいて遺伝子の転写反応とタンパク質の翻訳反応を分割してその産物量を継時的に測定する試験管内反応系が確立できた。これにより、従来技術の無細胞転写・翻訳系では解析することが困難だったセントラルドグマの反応素過程ごとの制御分子機構を数学的に記述するための方法論の確立に道筋がついた点に学術的な意義がある。また、長鎖のヌクレオソームを人工膜リポソームに封入する技術が確立できた点も細胞へのエピゲノム断片の導入技術開発に向けて学術的な意義があったと考えられる。

報告書

(4件)
  • 2022 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (17件)

すべて 2023 2022 2021 2020 その他

すべて 雑誌論文 (6件) (うち査読あり 6件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (9件) (うち国際学会 2件、 招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Chemical Inhibitors Targeting the Histone Lysine Demethylase Families with Potential for Drug Discovery2023

    • 著者名/発表者名
      Das Nando Dulal、Niwa Hideaki、Umehara Takashi
    • 雑誌名

      Epigenomes

      巻: 7 号: 1 ページ: 7-7

    • DOI

      10.3390/epigenomes7010007

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Elucidation of binding preferences of YEATS domains to site-specific acetylated nucleosome core particles2022

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi Masaki、Morita Satoshi、Goto Mie、Wakamori Masatoshi、Katsura Kazushige、Hanada Kazuharu、Shirouzu Mikako、Umehara Takashi
    • 雑誌名

      Journal of Biological Chemistry

      巻: 298 号: 8 ページ: 102164-102164

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102164

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Design and Synthesis of Tranylcypromine-Derived LSD1 Inhibitors with Improved hERG and Microsomal Stability Profiles2022

    • 著者名/発表者名
      Koda Yasuko、Sato Shin、Yamamoto Hirofumi、Niwa Hideaki、Watanabe Hisami、Watanabe Chiduru、Sato Tomohiro、Nakamura Kana、Tanaka Akiko、Shirouzu Mikako、Honma Teruki、Fukami Takehiro、Koyama Hiroo、Umehara Takashi
    • 雑誌名

      ACS Medicinal Chemistry Letters

      巻: 13 号: 5 ページ: 848-854

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.2c00120

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure-activity relationship and in silico evaluation of cis- and trans-PCPA-derived inhibitors of LSD1 and LSD2.2022

    • 著者名/発表者名
      Niwa, H.; Watanabe, C.; Sato, S.; Harada, T.; Watanabe, H.; Tabusa, R.; Fukasawa, S.; Shiobara, A.; Hashimoto, T.; Ohno, O.; Nakamura, K.; Tsuganezawa, K.; Tanaka, A.; Shirouzu, M.; Honma, T.; Matsuno, K.; Umehara, T.
    • 雑誌名

      ACS Med. Chem. Lett.

      巻: 13 号: 9 ページ: 1485-1492

    • DOI

      10.1021/acsmedchemlett.2c00294

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Epidrugs: Toward Understanding and Treating Diverse Diseases2022

    • 著者名/発表者名
      Umehara Takashi
    • 雑誌名

      Epigenomes

      巻: 6 号: 3 ページ: 18-18

    • DOI

      10.3390/epigenomes6030018

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Quantification of the effect of site-specific histone acetylation on chromatin transcription rate2020

    • 著者名/発表者名
      Wakamori Masatoshi、Okabe Kohki、Ura Kiyoe、Funatsu Takashi、Takinoue Masahiro、Umehara Takashi
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Research

      巻: 48 号: 22 ページ: 12648-12659

    • DOI

      10.1093/nar/gkaa1050

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Epigenetic mechanisms to propagate histone acetylation by p300/CBP2023

    • 著者名/発表者名
      Kikuchi, M., Morita, S., Wakamori, M., Sato, S., Uchikubo-Kamo, T., Shirouzu, M., Umehara, T.
    • 学会等名
      RIKEN BDR Symposium 2023: Transitions in Biological Systems
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] p300はヒストンのアセチル化をどのように伝播するのか?2023

    • 著者名/発表者名
      菊地正樹, 森田 鋭, 若森昌聡, 佐藤 心, 内窪-加茂友美, 白水美香子, 梅原崇史
    • 学会等名
      第143回日本薬学会年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 膜透過性ペプチド-タンパク質複合体によるリポソーム内へのタンパク質の輸送2023

    • 著者名/発表者名
      三輪明星, 神谷厚輝
    • 学会等名
      日本化学会 第103春季年会
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] Binding preferences of YEATS domains to acetylated nucleosomes2022

    • 著者名/発表者名
      Umehara, T.
    • 学会等名
      FASEB The Reversible Protein Acetylation in Health and Disease Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [学会発表] 膜透過性ペプチドによる膜の非対称性に依存したタンパク質のベシクル内への輸送2022

    • 著者名/発表者名
      三輪明星, 神谷厚輝
    • 学会等名
      細胞を創る研究会 15.0
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [学会発表] 膜透過性ペプチドとリポソームの相互作用における膜組成の影響2022

    • 著者名/発表者名
      三輪明星, 神谷厚輝
    • 学会等名
      日本化学会 第102春季年会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 膜透過性ペプチドと非対称膜リポソームの相互作用の観察2021

    • 著者名/発表者名
      三輪明星, 神谷厚輝
    • 学会等名
      細胞を創る研究会 14.0
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [学会発表] 組合せ化学修飾情報のゲノム規模マッピング2021

    • 著者名/発表者名
      梅原崇史
    • 学会等名
      第141回 日本薬学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] Quantifying the effect of epigenetic modification on chromatin transcription2020

    • 著者名/発表者名
      Umehara, T.
    • 学会等名
      第58回 日本生物物理学会年会
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [備考] 理化学研究所 生命機能科学研究センター エピジェネティクス制御研究チーム

    • URL

      https://www.riken.jp/research/labs/bdr/epigen_drug_discov/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] 生命機能科学研究センター エピジェネティクス制御研究チーム

    • URL

      https://www.bdr.riken.jp/jp/research/labs/umehara-t/index.html

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書

URL: 

公開日: 2020-08-03   更新日: 2024-01-30  

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