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古代プロテオミクスの基盤・拠点整備のための海外共同研究

研究課題

研究課題/領域番号 20KK0166
研究種目

国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B))

配分区分基金
審査区分 中区分45:個体レベルから集団レベルの生物学と人類学およびその関連分野
研究機関東京大学

研究代表者

太田 博樹  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (40401228)

研究分担者 海部 陽介  東京大学, 総合研究博物館, 教授 (20280521)
澤藤 りかい  総合研究大学院大学, 統合進化科学研究センター, 日本学術振興会特別研究員(CPD) (50814612)
蔦谷 匠 (澤藤 匠 / 蔦谷匠)  総合研究大学院大学, 先導科学研究科, 助教 (80758813)
研究期間 (年度) 2020-10-27 – 2023-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
18,720千円 (直接経費: 14,400千円、間接経費: 4,320千円)
2022年度: 7,800千円 (直接経費: 6,000千円、間接経費: 1,800千円)
2021年度: 8,060千円 (直接経費: 6,200千円、間接経費: 1,860千円)
2020年度: 2,860千円 (直接経費: 2,200千円、間接経費: 660千円)
キーワードプロテオーム / デニソワ人 / 化石人類 / 人類進化 / 海底遺跡 / 台湾 / コペンハーゲン / アミノ酸配列 / 古代プロテオミクス / プロテオミクス / 古人骨 / 化石 / 古環境
研究開始時の研究の概要

太田(代表)の研究室を古代プロテオミクス研究の日本における拠点とすることを目指す。本研究は、古代プロテオミクス解析の開発者であるコペンハーゲン大学のエンリコ・カペリニ准教授とこの分野の第1人者であるフリド・ウエルカーとの共同研究として進める。古代サンプルを扱う際には、現生サンプルには無い特別のケアが必要である。本研究では、これまでにこうした特別なケアを学んできた精鋭2名の若手研究者と太田(代表)が一定期間コペンハーゲン大学におもむき研究活動を実施する。こうして日本国内に古代プロテオミクス技術を移転し、日本が古代プロテオミクスの研究分野で国際的な存在感を発揮する土台を作る。

研究成果の概要

澎湖海峡の海底から出土したホモ族の化石Penghu 1のプロテオーム解析が行われた。この化石の形態分析は海部(分担)が担当し、太田(代表)らはDNA抽出を試みたが成功しなかった。蔦谷(分担)と澤藤(分担)はPenghu 1の下顎骨からタンパク質を抽出し、デニソワ人のアミノ酸配列と比較し、高い類似性を確認した。この結果から、Penghu 1はデニソワ型の旧人である可能性が強く支持された。東南アジアや東アジアの高温多湿な気候により古代DNAの保存が困難である中、本研究は古代プロテオーム解析の価値を実証した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

日本の古代ゲノム学は、欧米から大きく遅れをとってしまっている。しかし、古代プロテオミクスでは、まだその遅れは小さい。古代プロテオミクスは系統分析にとどまらず過去の生物や人類の遺伝子発現、摂食行動、免疫応答などに関する進化医学的な情報をも提供し、医学・創薬への応用の可能性も内包する。今後この分野で巻き返しをはかることが期待できる。海底遺跡から発見された化石が、デニソワ人型旧人である可能性が高いことを突き止めた本研究の成果は、学術的意義の高いものであるだけでなく、この分析技術の応用は、社会的意義も高いと自負している。

報告書

(3件)
  • 2023 研究成果報告書 ( PDF )
  • 2021 実施状況報告書
  • 2020 実施状況報告書
  • 研究成果

    (20件)

すべて 2022 2021 2020 その他

すべて 国際共同研究 (4件) 雑誌論文 (7件) (うち国際共著 6件、 査読あり 7件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 1件、 招待講演 3件) 図書 (2件) 備考 (4件)

  • [国際共同研究] コペンハーゲン大学(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 台中自然史博物館(中国)

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [国際共同研究] コペンハーゲン大学(デンマーク)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [国際共同研究] 台中自然史博物館(中国)

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [雑誌論文] Complete mitochondrial genome sequencing reveals double-buried Jomon individuals excavated from the Ikawazu shell-mound site were not in a mother–child relationship2022

    • 著者名/発表者名
      D. Waku, K. Koganebuchi, T. Gakuhari, M. Yoneda, O. Kondo, T. Masuyama, Y. Yamada*, H. Oota*
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 130 号: 1 ページ: 39-45

    • DOI

      10.1537/ase.220129

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Genetic variation of olfactory receptor gene family in a Japanese population2022

    • 著者名/発表者名
      Akhtar, M. S., Ashino, R., Oota, H., Ishida, H., Niimura, Y., Touhara, K., Melin, A. D. and Kawamura, S.
    • 雑誌名

      Anthropological Science

      巻: 130 号: 2 ページ: 93-106

    • DOI

      10.1537/ase.211024

    • NAID

      130008143258

    • ISSN
      0918-7960, 1348-8570
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages2021

    • 著者名/発表者名
      Martine Robbeets. et. al
    • 雑誌名

      NATURE

      巻: 599 号: 7886 ページ: 616-621

    • DOI

      10.1038/s41586-021-04108-8

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Whole-Genome Sequencing of a 900-Year-Old Human Skeleton Supports Two Past Migration Events from the Russian Far East to Northern Japan2021

    • 著者名/発表者名
      Sato Takehiro、Adachi Noboru、Kimura Ryosuke、Hosomichi Kazuyoshi、Yoneda Minoru、Oota Hiroki、Tajima Atsushi、Toyoda Atsushi、Kanzawa-Kiriyama Hideaki、Matsumae Hiromi、Koganebuchi Kae、Shimizu Kentaro K、Shinoda Ken-ichi、Hanihara Tsunehiko、Weber Andrzej、Kato Hirofumi、Ishida Hajime
    • 雑誌名

      Genome Biology and Evolution

      巻: 13 号: 9 ページ: 192-192

    • DOI

      10.1093/gbe/evab192

    • NAID

      120007170565

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Exploring correlations in genetic and cultural variation across language families in Northeast Asia.2021

    • 著者名/発表者名
      H. Matsumaea*, P. Ranacher*, P. E. Savage*, D. E. Blasig, T. E. Curriej, K. Kognebuchi, N. Nishidal, T. Sato, H. Tanabe, A. Tajima, S. Browno, M. Stoneking, K. K. Shimizua, H. Oota*, and B. Bickel*
    • 雑誌名

      Science Advances

      巻: 7(34) 号: 34 ページ: 9223-9223

    • DOI

      10.1126/sciadv.abd9223

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] An analysis of the demographic history of the risk allele R4810K in RNF213 of moyamoya disease.2021

    • 著者名/発表者名
      K. Koganebuchi, K. Sato, K. Fujii, T. Kumabe, K. Haneji, T. Toma, H. Ishida, K. Joh, H. Soejima, S. Mano, M. Ogawa, H. Oota
    • 雑誌名

      Annals of Human Genetics

      巻: 1-12 号: 5 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1111/ahg.12424

    • NAID

      120007168800

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] 質量分析を利用したプロテオミクスの考古学・古人類学における応用2020

    • 著者名/発表者名
      澤藤りかい、蔦谷匠
    • 雑誌名

      Anthropological Science (Japanese Series)

      巻: 128 号: 1 ページ: 1-19

    • DOI

      10.1537/asj.200213

    • NAID

      130007863815

    • ISSN
      1344-3992, 1348-8813
    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] Genome of Jomon people and peopling history of East Eurasians2021

    • 著者名/発表者名
      Hiroki Oota
    • 学会等名
      Genome Concept Centennial Conference
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Jomon genome analysis verifying “Northern” or “Southern” route into East Eurasia from Africa2021

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      日本進化学会第23回オンライン大会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [学会発表] 古代ゲノム解読によるサピエンス全史2021

    • 著者名/発表者名
      太田博樹
    • 学会等名
      第28回多文化間精神医学会・学術総会「ポスト・コロナ時代の異世代間コミュニケーションと多文化共生」特別講演会
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
    • 招待講演
  • [図書] 科学で読みとく縄文社会2022

    • 著者名/発表者名
      高橋 龍三郎
    • 総ページ数
      216
    • 出版者
      同成社
    • ISBN
      9784886218865
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [図書] 人間の本質にせまる科学2021

    • 著者名/発表者名
      井原 泰雄、梅﨑 昌裕、米田 穣
    • 総ページ数
      296
    • 出版者
      東京大学出版会
    • ISBN
      4130622285
    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書
  • [備考] ゲノム人類学研究室

    • URL

      http://www.bs.s.u-tokyo.ac.jp/~genomeanthro/

    • 関連する報告書
      2021 実施状況報告書 2020 実施状況報告書
  • [備考] 蔦谷匠 研究室ウエッブサイト

    • URL

      http://www.esb.soken.ac.jp/research/takumi_tsutaya.html

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 台湾で最古の原人の化石発見、2月に台中の国立自然科学博物館で展示

    • URL

      https://www.roc-taiwan.org/jp_ja/post/26852.html

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書
  • [備考] 台湾沖海底から発見された新しい原人の化石について

    • URL

      https://www.kahaku.go.jp/procedure/press/pdf/32711.pdf

    • 関連する報告書
      2020 実施状況報告書

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公開日: 2020-10-29   更新日: 2025-01-30  

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