抗がん剤感受性に関わるゲノム異常の同定

• 研究課題/領域番号: 21200001
• 研究種目: 新学術領域研究(研究課題提案型)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: ゲノム情報科学; 生体生命情報学
• 研究機関: 大分大学
• 研究代表者: 守山 正胤 大分大学, 医学部, 教授 (90239707)
• 研究分担者: 白尾 国昭 (白尾 國明) 大分大学, 医学部, 教授 (10467996) ; 竹内 一郎 名古屋工業大学, 工学(系)研究科(研究院), 准教授 (40335146)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 30,420千円 (直接経費: 23,400千円、間接経費: 7,020千円); 2011年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2010年度: 9,880千円 (直接経費: 7,600千円、間接経費: 2,280千円); 2009年度: 10,660千円 (直接経費: 8,200千円、間接経費: 2,460千円)
• キーワード: バイオインフォマティクス / アレイCGH / メチル化 / トランスクリプトーム / microRNA / 抗がん剤感受性 / がん化学療法 / バイオインフォーマテイクス

研究概要

胃癌、腎癌、大腸癌のゲノム異常解析（ゲノムコピー数異常解析、mRNA発現解析、microRNA発現解析）を行い、それらのデータをバイオインファマテイクスにより解析することによって、１）miR-375が胃癌の癌抑制microRNAであることを発見した。２）腎癌においてmiR-210が発現亢進することでaneuploidyをもたらすことを発見した。３）SAV1が腎癌の癌抑制遺伝子であることを発見した。

研究成果

• [雑誌論文] Integrated analysis of genetic and epigenetic alterations reveals CpG island methylator phenotype associated with distinct clinical characters of lung adenocarcinoma. (2012)
  • 著者名/発表者名: Shinjo K, Okamoto Y, An B, Yokoyama T, Takeuchi I, Fujii M, Osada H, Usami N, Hasegawa Y, Ito H, Hida T, Fujimoto N, Kishimoto T, Sekido Y, Kondo Y.
  • 雑誌名: Carcinogenesis 巻: (Epub ahead of print)
• [雑誌論文] Pharmacokinetic parameters from 3-Tesla DCE-MRI as surrogate biomarkers of antitumor effects of bevacizumab plus FOLFIRI in colorectal cancer with liver metastasis. (2012)
  • 著者名/発表者名: Hirashima Y, Yamada Y, Tateishi U, Kato K, Miyake M, Horita Y, Akiyoshi K, Takashima A, Okita N, Takahari D, Nakajima T, Hamaguchi T, Shimada Y, Shirao K.
  • 雑誌名: Int J Cancer. 巻: 130(10) ページ: 2359-65
• [雑誌論文] Genomic profiling of renal cell carcinoma in patients with end-stage renal disease. (2012)
  • 著者名/発表者名: Inoue T, Matsuura K, Yoshimoto T, Nguyen LT, Tsukamoto Y, Nakada C, Hijiya N, Narimatsu T, Nomura T, Sato F, Nagashima Y, Kashima K, Hatakeyama S, Ohyama C, Numakura K, Habuchi T, Nakagawa M, Seto M, Mimata H, Moriyama M.
  • 雑誌名: Cancer Sci. 巻: 103(3) ページ: 569-76
• [雑誌論文] Genomic profiling of renal cell carcinoma in patients with end-stage renal disease (2012)
  • 著者名/発表者名: Inoue T, et al
  • 雑誌名: Cancer science 巻: 103 号: 3 ページ: 569-576
  • DOI: 10.1111/j.1349-7006.2011.02176.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Aberrant DNA methylation associated with aggressiveness of gastrointestinal stromal tumor (2012)
  • 著者名/発表者名: Y Okamoto, et al
  • 雑誌名: GUT 巻: Vol.61, no.3 ページ: 392-401
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetic subclassification of meningiomas based on genome-wide DNA methylation analyses (2012)
  • 著者名/発表者名: Kishida Y, et al
  • 雑誌名: Carcinogenesis 巻: vol.32, no.2 ページ: 436-441
  • 査読あり
• [雑誌論文] Pharmacokinetic parameters from 3-Tesla DCE-MRI as surrogate biomarkers of antitumor effects of bevacizumab plus FOLFIRI in colorectal cancer with liver metastasis (2012)
  • 著者名/発表者名: Hirashima Y, et al
  • 雑誌名: International Journal of Cancer 巻: 130(10) ページ: 2359-2365
  • 査読あり
• [雑誌論文] Evaluation of safety, pharmacokinetics, and efficacy of vorinostat, a histone deacetylase inhibitor, in the treatment of gastrointestinal (GI) cancer in a phase I clinical trial (2012)
  • 著者名/発表者名: Doi T, et al
  • 雑誌名: Int J Clin Oncol 巻: (in Press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Downregulation of SAV1 plays a role in pathogenesis of high-grade clear cell renal cell carcinoma. (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsuura K, Nakada C, Mashio M, Narimatsu T, Yoshimoto T, Tanigawa M, Tsukamoto Y, Hijiya N, Takeuchi I, Nomura T, Sato F, Mimata H, Seto M, Moriyama M.
  • 雑誌名: BMC Cancer 巻: 11 ページ: 523-523
• [雑誌論文] Identification of FOXO3 and PRDM1 as tumor-suppressor gene candidates in NK-cell neoplasms by genomic and functional analyses. (2011)
  • 著者名/発表者名: Karube K, Nakagawa M, Tsuzuki S, Takeuchi I, Honma K, Nakashima Y, Shimizu N, Ko YH, Morishima Y, Ohshima K, Nakamura S, Seto M.
  • 雑誌名: Blood. 巻: 118(12) ページ: 3195-204
• [雑誌論文] A phase II study of biweekly mitomycin C and irinotecan combination therapy in patients with fluoropyrimidine-resistant advanced gastric cancer: a report from the Gastrointestinal Oncology Group of the Japan Clinical Oncology Group (JCOG0109-DI Trial). (2011)
  • 著者名/発表者名: Hamaguchi T, Shirao K, Ohtsu A, Hyodo I, Arai Y, Takiuchi H, Fujii H, Yoshida M, Saito H, Denda T, Koizumi W, Iwase H, Boku N; Gastrointestinal Oncology Study Group of Japan Clinical Oncology Group.
  • 雑誌名: Gastric Cancer. 巻: 14(3) ページ: 226-33
• [雑誌論文] Aberrant DNA methylation status of endometriosis: epigenetics as the pathogenesis, biomarker and therapeutic target. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nasu K, Kawano Y, Tsukamoto Y, Takano M, Takai N, Li H, Furukawa Y, Abe W, Moriyama M, Narahara H.
  • 雑誌名: J Obstet Gynaecol Res. 巻: 37(7) ページ: 683-95
• [雑誌論文] Genomic profiling of submucosal-invasive gastric cancer by array-based comparative genomic hybridization. (2011)
  • 著者名/発表者名: Kuroda A, Tsukamoto Y, Nguyen LT, Noguchi T, Takeuchi I, Uchida M, Uchida T, Hijiya N, Nakada C, Okimoto T, Kodama M, Murakami K, Matsuura K, Seto M, Ito H, Fujioka T, Moriyama M.
  • 雑誌名: PLoS One. 巻: 6(7)
• [雑誌論文] Overexpression of miR-210, a downstream target of HIF1α, causes centrosome amplification in renal carcinoma cells. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakada C, Tsukamoto Y, Matsuura K, Nguyen TL, Hijiya N, Uchida T, Sato F, Mimata H, Seto M, Moriyama M.
  • 雑誌名: J Pathol. 巻: 224(2) ページ: 280-8
• [雑誌論文] Overexpression of miR-210, a downstream target of HIF1α, causes centrosome amplification in renal carcinoma cells (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakada C, et al
  • 雑誌名: J Pathol 巻: 224 号: 2 ページ: 280-8
  • DOI: 10.1002/path.2860
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic profiling of submucosal-invasive gastric cancer by array-based comparative genomic hybridization (2011)
  • 著者名/発表者名: Kuroda A, et al
  • 雑誌名: PLoS One 巻: 6
  • 査読あり
• [雑誌論文] Visinin-like protein-1 overexpression is an indicator of lymph node metastasis and poor prognosis in colorectal cancer patients (2011)
  • 著者名/発表者名: Akagi T, et al
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: (published on line) 号: 6 ページ: 1307-1317
  • DOI: 10.1002/ijc.27341
  • 査読あり
• [雑誌論文] Downregulation of sav1 plays a role in pathogenesis of high-grade clear cell renal cell carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: Matsuura K, et al
  • 雑誌名: BMC cancer 巻: 11 号: 1 ページ: 523-523
  • DOI: 10.1186/1471-2407-11-523
  • 査読あり
• [雑誌論文] Nonlinear Regularization Path for Quadratic Loss Support Vector Machines (2011)
  • 著者名/発表者名: M Karasuyama, I Takeuchi
  • 雑誌名: IEEE Transactions on Neural Networks 巻: vol.22, no.10 ページ: 1613-1625
  • 査読あり
• [雑誌論文] Identification of FOXO3 and PRDM1 as tumor suppressor gene candidates in NK cell neoplasms by genomic and functional analyses (2011)
  • 著者名/発表者名: K Karube, et al
  • 雑誌名: Blood 巻: vol.118, no.12 ページ: 3195-3204
  • 査読あり
• [雑誌論文] NeuroD1 Downregulates Slit2 Expression and Promotes Cell Motility and Tumor Formation of Neuroblastoma (2011)
  • 著者名/発表者名: P Huang, et al
  • 雑誌名: Cancer Research 巻: vol.71, no.8 ページ: 2938-2948
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characteristics and Outcomes of Patients With Advanced Gastric Cancer Who Declined to Participate in a Randomized Clinical Chemotherapy Trial (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanai C, et al
  • 雑誌名: JOURNAL OF ONCOLOGY PRACTICE 巻: 7(3) ページ: 148-154
  • 査読あり
• [雑誌論文] Feasibility study of adjuvant chemotherapy with S-1 plus cisplatin for gastric cancer (2011)
  • 著者名/発表者名: Takahari D, et al
  • 雑誌名: Cancer Chemother Pharmacol 巻: 67(6) ページ: 1423-1428
  • 査読あり
• [雑誌論文] Ectopic Hapatocellular Carcinoma at Left Sub-Diaphragm with Lung Metastasis (2011)
  • 著者名/発表者名: NishikawaK, et al
  • 雑誌名: Internal Medicine 巻: 50(14) ページ: 1505-1506
  • 査読あり
• [雑誌論文] Neuroendocrine tumors of the stomach : chemotherapy with cisplatin plus irinotecan is effective for gastric poorly-differentiated neuroendocrine carcinoma (2011)
  • 著者名/発表者名: Okita NT, et al
  • 雑誌名: Gastric Cancer 巻: 14(2) ページ: 161-165
  • 査読あり
• [雑誌論文] A phase II study of biweekly mitomycin C and irinotecan combination therapy in patients with fluoropyrimidine-resistant advanced gastric cancer : a report from the Gastrointestinal Oncology Group of the Japan Clinical Oncology Group (JCOG0109-DI Trial) (2011)
  • 著者名/発表者名: Hamaguchi T, et al
  • 雑誌名: Gastric Cancer 巻: 14 ページ: 226-233
  • 査読あり
• [雑誌論文] Characteristics and Outcomes of Patients With Advanced Gastric Cancer Who Declined to Participate in a Randomized Clinical Chemotherapy Trial (2011)
  • 著者名/発表者名: Tanai T, et al
  • 雑誌名: JOURNAL OF ONCOLOGY PRACTICE 巻: 7(3) ページ: 148-153
  • 査読あり
• [雑誌論文] Overexpression of miR-210, a downstream molecule of HIF1α, causes centrosome amplification in renal carcinoma cells. (2011)
  • 著者名/発表者名: Nakada C, et al.
  • 雑誌名: The Journal of Pathology 巻: (In Press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] The alpha-lipoic acid derivative sodium zinc dihydrolipoylhistidinate reduces chemotherapy-induced alopecia in a rat model : a pilot study. (2011)
  • 著者名/発表者名: Hagiwara S
  • 雑誌名: Surgery Today 巻: (In Press)
  • 査読あり
• [雑誌論文] Novel target genes responsive to the anti-growth activity of triptolide in endometrial and ovarian cancer cells. (2010)
  • 著者名/発表者名: Li H, Takai N, Yuge A, Furukawa Y, Tsuno A, Tsukamoto Y, Kong S, Moriyama M, Narahara H.
  • 雑誌名: Cancer Lett. 巻: 297(2) ページ: 198-206
• [雑誌論文] Vesicocutaneous fistula formation during treatment with sunitinib malate: Case report. (2010)
  • 著者名/発表者名: Watanabe K, Otsu S, Morinaga R, Kawano S, Hirashima Y, Sakashita H, Shirao K.
  • 雑誌名: BMC Gastroenterol 巻: 10 ページ: 128-128
• [雑誌論文] Second-line chemotherapy with irinotecan plus cisplatin after the failure of S-1 monotherapy for advanced gastric cancer. (2010)
  • 著者名/発表者名: Takahari D, Shimada Y, Takeshita S, Nishitani H, Takashima A, Okita N, Hirashima Y, Kato K, Hamaguchi T, Yamada Y, Shirao K.
  • 雑誌名: Gastric Cancer 巻: 13(3) ページ: 186-90
• [雑誌論文] Genomic profiling of gastric carcinoma in situ and adenomas by array-based comparative genomic hybridization. (2010)
  • 著者名/発表者名: Uchida M, Tsukamoto Y, Uchida T, Ishikawa Y, Nagai T, Hijiya N, Nguyen LT, Nakada C, Kuroda A, Okimoto T, Kodama M, Murakami K, Noguchi T, Matsuura K, Tanigawa M, Seto M, Ito H, Fujioka T, Takeuchi I, Moriyama M.
  • 雑誌名: J Pathol. 巻: 221(1) ページ: 96-105
• [雑誌論文] MicroRNA-375 is downregulated in gastric carcinomas and regulates cell survival by targeting PDK1 and 14-3-3zeta. (2010)
  • 著者名/発表者名: Tsukamoto Y, Nakada C, Noguchi T, Tanigawa M, Nguyen LT, Uchida T, Hijiya N, Matsuura K, Fujioka T, Seto M, Moriyama M.
  • 雑誌名: Cancer Res. 巻: 70(6) ページ: 2339-49
• [雑誌論文] Analysis of p53 mutations and the expression of p53 and p21WAF1/CIP1 protein in 15 cases of sebaceous carcinoma of the eyelid. (2010)
  • 著者名/発表者名: Kiyosaki K, Nakada C, Hijiya N, Tsukamoto Y, Matsuura K, Nakatsuka K, Daa T, Yokoyama S, Imaizumi M, Moriyama M.
  • 雑誌名: Invest Ophthalmol Vis Sci. 巻: 51(1) ページ: 7-11
• [雑誌論文] Invasive carcinomas originating from intraductal papillary mucinous neoplasms of the pancreas : conspicuity sites of the solid masses on triple-phase dynamic CT imaging. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yamada Y
  • 雑誌名: Abdom Imaging 巻: 35 ページ: 181-188
  • 査読あり
• [雑誌論文] MicroRNA-375 is down-regulated in gastric carcinomas and regulates cell survival by targeting PDK1 and 14-3-3ζ-- (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshiyuki Tsukamoto^<**>, Chisato Nakada^<**>, Tsuyoshi Noguchi, Masato Tanigawa, Nguyen Lam Tung, Tomohisa Uchida, Naoki Hijiya, Keiko Matsuura, Toshio Fujioks, Masao Seto, Masatsugu Moriyama^*.
  • 雑誌名: Cancer Research 70 ページ: 2339-2349
  • 査読あり
• [雑誌論文] Genomic profiling of gastric carcinoma in situ and adenomas by array-based comparative genomic hybridization. (2010)
  • 著者名/発表者名: Masahiro Uchida, Yoshiyuki Tsukamoto, Tomohisa Uchida, Yuta Ishikawa, Takayuki Nagai, Naoki Hijiya, Lam Tung Nguyen, Chisato Nakada, Akiko Kuroda, Tadayoshi Okimoto, Masaaki Kodama, Kazunari Murakami, Tsuyoshi Noguchi, Keiko Matsuura, Masato Tanigawa, Masao Seto, Hisao Ito, Toshio Fujioka, Ichiro Takeuchi, Masatsugu Moriyama^*.
  • 雑誌名: Journal of Pathology 221 ページ: 96-105
  • 査読あり
• [雑誌論文] Analysis of virulence factors of Helicobacter pylori isolated from a Vietnamese population. (2009)
  • 著者名/発表者名: Uchida T, Nguyen LT, Takayama A, Okimoto T, Kodama M, Murakami K, Matsuhisa T, Trinh TD, Ta L, Ho DQ, Hoang HH, Kishida T, Fujioka T, Moriyama M, Yamaoka Y.
  • 雑誌名: BMC Microbiol. 巻: 9 ページ: 175-175
• [雑誌論文] The potential of copy number gains and losses, detected by array-based comparative genomic hybridization, for computational differential diagnosis of B-cell lymphomas and genetic regions involved in lymphomagenesis. (2009)
  • 著者名/発表者名: Takeuchi I, Tagawa H, Tsujikawa A, Nakagawa M, Katayama-Suguro M, Guo Y, Seto M.
  • 雑誌名: Haematologica 巻: 94(1) ページ: 61-9
• [雑誌論文] Array comparative genomic hybridization analysis of PTCL-U reveals a distinct subgroup with genetic alterations similar to lymphoma-type adult T-cell leukemia/lymphoma. (2009)
  • 著者名/発表者名: Nakagawa M, Nakagawa-Oshiro A, Karnan S, Tagawa H, Utsunomiya A, Nakamura S, Takeuchi I, Ohshima K, Seto M.
  • 雑誌名: Clin Cancer Res. 巻: 15(1) ページ: 30-8
• [学会発表] Target neighbor consistent feature weighting for nearest neighbor classification (2011)
  • 著者名/発表者名: I Takeuchi, M Sugiyama
  • 学会等名: 25th Annual Conference on Neural Information Processing Systems (NIPS2011)
  • 発表場所: グラナダ、スペイン
  • 年月日: 2011-12-13
• [学会発表] 腎淡明細胞癌におけるmiR-210過剰発現の意義 (2011)
  • 著者名/発表者名: 中田知里, ほか
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2011-10-04
• [学会発表] high gradeの淡明腎細胞癌ではHippoシグナルの異常がみられる (2011)
  • 著者名/発表者名: 松浦恵子, ほか
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2011-10-03
• [学会発表] 胃癌におけるマイクロRNA発現 (2011)
  • 著者名/発表者名: 成松隆弘, ほか
  • 学会等名: 第70回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2011-10-03
• [学会発表] Multi-parametric solution path algorithm for instance-weighted support vector machine (2011)
  • 著者名/発表者名: M Karasuyama, N Harada, M Sugiyama, I Takeuchi
  • 学会等名: 2011 IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing (MLSP2011)
  • 発表場所: 北京、中国
  • 年月日: 2011-09-21
• [学会発表] Suboptimal solution path algorithm for support vector machine (2011)
  • 著者名/発表者名: M Karasuyama, I Takeuchi
  • 学会等名: The 28th International Conference on Machine Learning (ICML2011)
  • 発表場所: Bellevue Washington, USA
  • 年月日: 2011-07-01
• [学会発表] 胃癌におけるマイクロRNA発現 (2011)
  • 著者名/発表者名: 塚本善之、守山正胤
  • 学会等名: 第100回日本病理学会総会
  • 発表場所: パシフィコ横浜(招待講演)
  • 年月日: 2011-04-28
• [学会発表] Genomic profiling of gastric carcinoma in situ and adenomas by array-based comparative genomic hybridization (2011)
  • 著者名/発表者名: 塚本善之, ほか
  • 学会等名: 102th AACR
  • 発表場所: オーランド、フロリダ
  • 年月日: 2011-04-05
• [学会発表] Biological effect of miR-210 overexpression on renal carcinoma cells (2011)
  • 著者名/発表者名: 中田知里, ほか
  • 学会等名: 102th AACR
  • 発表場所: オーランド、フロリダ
  • 年月日: 2011-04-03
• [学会発表] GENOMIC COPY NUMBER LOSS AT 9P IS ASSOCIATED WITH METASTASIS OF RENAL CELL CARCINOMA (2011)
  • 著者名/発表者名: 成松隆弘, ほか
  • 学会等名: AUA 2011
  • 発表場所: ワシントンD.C.
• [学会発表] 胃癌で発現低下するmiR-375はPDK1と14-3-3ζを標的として細胞生存を制御する (2010)
  • 著者名/発表者名: 塚本善之
  • 学会等名: 第69回 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] 胃癌転移と9pゲノムコピー数異常の関係 (2010)
  • 著者名/発表者名: 成松隆弘
  • 学会等名: 第69回 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] 粘膜下浸潤胃癌のアレイCGH解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 黒田明子
  • 学会等名: 第69回 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] Array-CGH法による口腔扁平上皮癌のゲノム異常解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 吉岡俊一
  • 学会等名: 第69回 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 2010-09-22
• [学会発表] 終末期腎に生じた腎癌のアレイCGH解析 (2010)
  • 著者名/発表者名: 井上亨
  • 学会等名: 第69回 日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 大阪国際会議場
  • 年月日: 2010-09-22