次世代シーケンシングによるメダカ小分子RNAの完全解析と機能の解明

• 研究課題/領域番号: 21310125
• 研究種目: 基盤研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 応募区分: 一般
• 研究分野: 基礎ゲノム科学
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 浅川 修一 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 教授 (30231872)
• 研究分担者: 藤森 一浩 (独)産業技術総合研究所, 研究員 (60273025) ; 清水 厚志 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30327655)
• 連携研究者: 堺 弘介 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (70245463) ; 満山 進 慶應義塾大学, 医学部, 助教 (30296727) ; 小島サビヌ 和子 慶應義塾大学, 医学部, 研究員 (10445439)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2011
• 研究課題ステータス: 完了 (2011年度)
• 配分額: 16,770千円 (直接経費: 12,900千円、間接経費: 3,870千円); 2011年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2010年度: 4,290千円 (直接経費: 3,300千円、間接経費: 990千円); 2009年度: 8,190千円 (直接経費: 6,300千円、間接経費: 1,890千円)
• キーワード: 動物ゲノム / メダカ / トラフグ / 次世代シーケンサー / 小分子RNA / マイクロRNA / piRNA / トランスクリプトーム / miRNA / 遺伝子発現 / 魚類 / 発現フロフィール / 新規RNA

研究概要

本研究では次世代シーケンサーを用いてメダカおよびトラフグの各組織(速筋、遅筋、腸、眼、脳、心臓、肝臓、卵巣、精巣、初期胚など)から得た小分子RNA(miRNA, piRNA, siRNA)の塩基配列を解読し、その発現プロフィールを明らかにした。精巣、卵巣以外の各組織ではmiRNAが主要な発現産物であったが、精巣、卵巣ではpiRNAが主要な発現産物であることが推定された。またメダカとトラフグに共通に発現している未同定の小分子RNAを多数見いだした

研究成果

• [雑誌論文] メダカを用いたヒト疾患モデル (2012)
  • 著者名/発表者名: 清水厚志
  • 雑誌名: 比較内分泌学 巻: 36(139) ページ: 286-292
  • NAID: 10027129728
• [雑誌論文] Correlation with larval body size of mRNA levels of growth hormone, growth hormone receptor I and insulin-like growth factor I in larval torafugu Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: Kaneko G, Furukawa S, Kurosu Y, Yamada T, Takeshima H, Nishida M, Mitsuboshi T, Otaka T, Shirasu K, Koda T, Takemasa Y, Aki S, Mochizuki T, Fukushima H, Fukuda Y, Kinoshita S, Asakawa S, Watabe S
  • 雑誌名: J. Fish Biol. 巻: 79 号: 4 ページ: 854-874
  • DOI: 10.1111/j.1095-8649.2011.03037.x
  • 査読あり
• [雑誌論文] Multiple cis-elements in the 5'-flanking region of embryonic/larval fast-type of the myosin heavy chain gene of torafugu, MYH(M743-2), function in the transcriptional regulation of its expression (2011)
  • 著者名/発表者名: Asaduzzaman M
  • 雑誌名: Gene. 巻: 489 ページ: 41-54
  • 査読あり
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNAs in Oryzias latipes and Takifugu rubripes (2012)
  • 著者名/発表者名: チャニンヤーウォンワランカナ
  • 学会等名: 平成24年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京海洋大学
  • 年月日: 2012-03-28
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes and Oryzias latipes (2012)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, R. Terai, K. Negoro, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, Y. Sato, T. Masatoshi, J. Kudoh, T. Hirano N. Shimizu, S. Watab
  • 学会等名: Seventeenth Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Michigan, USA
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNAs in Oryzias latipes and Takifugu rubripes (2012)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, R. Terai, K. Negoro, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, Y. Sato, T. Masatoshi, J. Kudoh, T. Hirano N. Shimizu, S. Watab
  • 学会等名: The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2012
  • 発表場所: Tokyo University of Marine Sciences and Technology
• [学会発表] Function of intronic miRNA of myosin heavy chain gene, MYH14, in fish muscle formation (2012)
  • 著者名/発表者名: Bhuyian, S. S., Kinoshita, S., Ceyhun, S., Asaduzzaman, Md., Asakawa, S., Watabe, S.
  • 学会等名: 平成24年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes", Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society (2011)
  • 著者名/発表者名: C.Wongwarangkana
  • 学会等名: Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Kyoto
  • 年月日: 2011-06-17
• [学会発表] Expression profile of microRNA in Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: チャニンヤーウォンワランカナ
  • 学会等名: 平成23年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京海洋大学
  • 年月日: 2011-03-28
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNAs in Takifugu rubripes (2011)
  • 学会等名: 平成23年度日本水産学会春季大会
  • 発表場所: 東京海洋大学
  • 年月日: 2011-03-28
• [学会発表] Sequencing and Function Analysis of Takifugu rubripes Small RNA (2011)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, R. Terai, K. Negoro, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, Y. Sato, T. Masatoshi, J. Kudoh, T. Hirano N. Shimizu, S. Watab
  • 学会等名: The international symposium of muscle biochemistry
  • 発表場所: The University of Tokyo
• [学会発表] Regulation of myosin heavy chain gene expression and muscle development in teleosts (2011)
  • 著者名/発表者名: Kinoshita, S., Bhuyian, S. S., Ceyhun, S. B., Asaduzzaman, Md., Asakawa, S., Watabe, S.
  • 学会等名: The International Symposium on Muscle Biochemistry
  • 発表場所: Tokyo
• [学会発表] Different expression patterns of the myosin heavy chain gene, MYH14, including its intronic miRNA among a few model fish species (2011)
  • 著者名/発表者名: Bhuyian, S. S., Kinoshita, S., Ceyhun, S., Asaduzzaman, Md., Asakawa, S., Watabe, S.
  • 学会等名: The International Symposium on Muscle Biochemistry
  • 発表場所: Tokyo
• [学会発表] Differential expression of the myosin heavy chain gene, MYH14, and its intronic miRNA among fish species (2011)
  • 著者名/発表者名: Bhuyian, S. S., Kinoshita, S., Ceyhun, S., Asaduzzaman, Md., Asakawa, S., Watabe, S.
  • 学会等名: 平成23年度日本水産学会秋季大会
  • 発表場所: 長崎
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNA in Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, R. Terai, K. Negoro, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, Y. Sato, T. Masatoshi, J. Kudoh, T. Hirano N. Shimizu, S. Watabe, S. Asakawa
  • 学会等名: Sixteenth Annual Meeting of the RNA Society
  • 発表場所: Kyoto, Japan
• [学会発表] Expression Profile of micro RNAs in Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: チャニンヤーウォンワランカナ・寺井良太・根来庫介・秋葉正毅・小野陽介、藤森一浩、木下滋晴、清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進、喜久里育也・佐藤友紀、照屋盛実、鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊、工藤純、平野隆、清水信義、渡部終五、浅川修一
  • 学会等名: The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2011
  • 発表場所: Tokyo University of Marine Sciences and Technology
• [学会発表] Comprehensive analysis of small RNAs in Takifugu rubripes (2011)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一・チャニンヤーウォンワランカナ・寺井良太・根来庫介・秋葉正毅・小野陽介、藤森一浩、木下滋晴、清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進、喜久里育也・佐藤友紀、照屋盛実、鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊、工藤純、平野隆、清水信義、渡部終五
  • 学会等名: The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2011
  • 発表場所: Tokyo University of Marine Sciences and Technology
• [学会発表] High throughput sequencing of the Takifugu rubripes and the Oryzias latipes small RNAs (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一
  • 学会等名: 第33回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: 神戸国際会議場
  • 年月日: 2010-12-09
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたメダカ・トラフグ小分子RNAのシーケンシング (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一
  • 学会等名: 平成22年度日本水産学会秋季大会
  • 発表場所: 京都大学吉田キャンパス
  • 年月日: 2010-09-24
• [学会発表] 次世代シーケンサの種類、機能、用途 (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一
  • 学会等名: 第13回マリンバイオテクノロジー学会大会
  • 発表場所: 広島大学東広島キャンパス
  • 年月日: 2010-05-30
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたメダカ・トラフグ小分子RNAのシーケンシング (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一
  • 学会等名: 日本水産学会
  • 発表場所: 藤沢
  • 年月日: 2010-03-27
• [学会発表] Sequencing and functional analysis of Takifugu rubripes and Oryzias latipes small RNA (2010)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, R. Terai, K. Negoro, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, Y. Sato, T. Masatoshi, J. Kudoh, T. Hirano, N. Shimizu, S. Watabe, S. Asakawa
  • 学会等名: The 4th Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology, Matrix Biopolis
  • 発表場所: Singapore
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたメダカ・トラフグ小分子RNAのシーケンシング (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一・チャニンヤーウォンワランカナ・寺井良太・根来庫介・秋葉正毅・小野陽介、藤森一浩、木下滋晴、清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進、喜久里育也・佐藤友紀、照屋盛実、鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊、工藤純、平野隆、清水信義、渡部終五
  • 学会等名: The Japanese Society of Fisheries Science Autumn meeting 2010
  • 発表場所: Kyoto University
• [学会発表] Sequencing and functional analysis of Takifugu rubripes and Oryzias latipes small RNA (2010)
  • 著者名/発表者名: C. Wongwarangkana, M. Akiba, K. E. Fujimori, S. Kinoshita, A. Shimizu, K. Sakai, S. K. Kojima, S. Mitsuyama, I. Kikuzato, Y. Sato, K. Teruya, A. Shiroma, M. Teruya, M. Nezuo, S. Yano, Y. Miwa, Y. Imada, M. Tsukahara, J. Kudoh, T. Hirano, N. Shimizu, S. Watabe, S. Asakawa
  • 学会等名: International Symposium on Biodiversity Sciences
  • 発表場所: Nagoya, Japan
• [学会発表] Deep sequencing and profiling of micro RNAs in torafugu and medaka, The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2010 (2010)
  • 著者名/発表者名: チャニンヤーウォンワランカナ・秋葉正毅、藤森一浩、木下滋晴、清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進、喜久里育也・佐藤友紀、照屋盛実、鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊、工藤純、平野隆、清水信義、渡部終五・浅川修一
  • 学会等名: College of Bioresource Sciences
  • 発表場所: Nihon University
• [学会発表] メダカ・トラフグ小分子RNAの解析, The Japanese Society of Fisheries Science Spring meeting 2010 (2010)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一・チャニンヤーウォンワランカナ・秋葉正毅、藤森一浩、木下滋晴、清水厚志・堺弘介・小島サビヌ和子・満山進、喜久里育也・佐藤友紀、照屋盛実、鼠尾まい子・矢野修一・三輪友希乃・今田有美・塚原正俊、工藤純、平野隆、清水信義、渡部終五・浅川修一
  • 学会等名: College of Bioresource Sciences
  • 発表場所: Nihon University
• [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたメダカ・トラフグ小分子RNAの発現解析 (2009)
  • 著者名/発表者名: 浅川修一
  • 学会等名: 日本分子生物学会
  • 発表場所: 横浜
  • 年月日: 2009-12-09
• [備考]
  • URL: http://133.11.222.76/
• [備考] データーサーバー
  • URL: http://133.11.222.76/blast/blast.html