定量的バイサルファイト・シーケンシング法の開発

• 研究課題/領域番号: 21710201
• 研究種目: 若手研究(B)
• 配分区分: 補助金
• 研究分野: 応用ゲノム科学
• 研究機関: 富山大学
• 研究代表者: 岡 芳美 富山大学, 事務局, 特命助教 (30470115)
• 研究期間 (年度): 2009 – 2010
• 研究課題ステータス: 完了 (2010年度)
• 配分額: 4,680千円 (直接経費: 3,600千円、間接経費: 1,080千円); 2010年度: 2,210千円 (直接経費: 1,700千円、間接経費: 510千円); 2009年度: 2,470千円 (直接経費: 1,900千円、間接経費: 570千円)
• キーワード: 核酸 / 癌 / ゲノム

研究概要

DNAにおけるシトシンのメチル化は発癌の一つのシグナルと見なされ、その検出定量は、発癌を予測する遺伝子診断技術へと応用展開が期待されている。メチル化シトシンの検出法は、バイサルファイト・シーケンシング法が一般的であるが、DNAを高温、強酸性条件下で、高濃度のバイサルファイト試薬と反応させるために起こる、最終的なメチル化の定量性が問題とされている。本研究では、DNAを低温、弱酸性、低濃度の試薬の存在下で反応させることによって、メチル化の定量性を改善しようと試みた。

研究成果

• [雑誌論文] Transformation of cytosine to uracil in single-stranded DNA via their oxime sulfonates (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani
  • 雑誌名: Chem.Communn. 46 ページ: 3378-3380
  • NAID: 130004597226
  • 査読あり
• [雑誌論文] Transformation of cytosine to uracil in single-stranded DNA via their oxime sulfonates. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka
  • 雑誌名: Chem.Communn. 巻: 46 ページ: 3378-80
  • NAID: 130004597226
  • 査読あり
• [雑誌論文] Synthesis and reaction of DNA oligomers containing modified cytosines related to bisulfite sequencing (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka, Tao Peng, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani
  • 雑誌名: Org.Lett. 11 ページ: 1377-1379
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reaction of cytosine with bisulfite and hydroxylamine (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symposium 53 ページ: 215-216
• [雑誌論文] Synthesis and reaction of DNA oligomers containing modified cytosines related to bisulfite sequencing (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka
  • 雑誌名: Organic Letters 11 ページ: 1377-1379
  • 査読あり
• [雑誌論文] Reaction of cytosine with bisulfite and hydroxylamine (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka
  • 雑誌名: Nucleic Acids Symposium Series 53 ページ: 215-216
• [学会発表] Transformation of cytosine to uracil in single-stranded DNA via their oxime sulfonates (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani
  • 学会等名: Post 5th International Symposium on Macrocyclic and Supramolecular Chemistry
  • 発表場所: 大阪
  • 年月日: 2010-06-11
• [学会発表] Transformation of cytosine to uracil in single-stranded DNA via their oxime sulfonates. (2010)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka
  • 学会等名: Post 5^<th> International Symposium on Macrocyclic and Supramolecular Chemistry
  • 発表場所: 大阪国際交流センター(大阪府)
  • 年月日: 2010-06-11
• [学会発表] Reaction of cytosine with bisulfite and hydroxylamine (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka, Fumie Takei, Kazuhiko Nakatani
  • 学会等名: The 6th International symposium on Nucleic Acid Chemistry
  • 発表場所: 高山
  • 年月日: 2009-09-28
• [学会発表] Reaction of cytosine with bisulfite and hydroxylamine (2009)
  • 著者名/発表者名: Yoshimi Oka
  • 学会等名: The 6th International symposium on Nucleic Acid Chemistry
  • 発表場所: Takayama
  • 年月日: 2009-09-28