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三者複合体を形成し機能するABC輸送体の構造機能解析

研究課題

研究課題/領域番号 21H02412
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関東京工業大学

研究代表者

村上 聡  東京工業大学, 生命理工学院, 教授 (30300966)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,420千円 (直接経費: 13,400千円、間接経費: 4,020千円)
2023年度: 4,420千円 (直接経費: 3,400千円、間接経費: 1,020千円)
2022年度: 3,900千円 (直接経費: 3,000千円、間接経費: 900千円)
2021年度: 9,100千円 (直接経費: 7,000千円、間接経費: 2,100千円)
キーワード構造生物学 / 膜輸送体 / 多剤耐性 / X線結晶構造解析 / 膜輸送 / 薬剤耐性 / 外膜蛋白質 / 膜蛋白質 / 薬剤耐性化
研究開始時の研究の概要

グラム陰性細菌はその薬剤自然抵抗性により抗生物質や抗菌剤に対して耐性をしめし、院内感染などでしばしば問題となる。細胞膜と外膜と2枚の膜を持つことによる薬剤の透過性の悪さがその原因と古くは考えられていたが、そこに横たわる三者複合体形成型の膜輸送体による薬剤排出が真の薬剤耐性の責任蛋白質であることが分かった。我々はその構造と機能を本質的に理解するという基礎研究を通して、その知見をグラム陰性細菌による薬剤耐性化の克服に繋げたいと考えている。

研究成果の概要

本研究の主要なターゲットである三者複合体形成型ABC輸送体であるLolCDEの機能解析に関して、光クロスリンク法を用いた解析により、基質の輸送に直接関与する機能残基を明らかにすることに成功した(共著)。これら残基を我々が明らかにしたMacBの結晶構造より求めたホモロジーモデル上にマッピングすることにより、細胞膜から引き抜かれた基質が輸送体のもつ基質結合ポケットをたどり輸送される経路を明らかにした。また、外膜チャネルTolCとアダプターMacAのホモログとで同じく三者複合体を形成し機能する別種の多剤排出トランスポーターの構造に基づく作動機構の一端を明らかにすることにも成功した。

研究成果の学術的意義や社会的意義

LolCDE系はグラム陰性細菌にとって生育に不可欠な蛋白質群であり、その阻害による抗菌剤開発など新たな作用機序をもつ抗菌剤開発へと繋がる可能性がある。その分子機構解明は近年社会問題となっている多剤耐性化(AMR)の対策へ繋がる知見となり、社会的な意義の高いものといえる。また、直接的に薬剤排出に関わる蛋白質群の構造機能解析に於ける成果も同様の理由により社会的注目が大きい。
新たに認知されたVII型ABC輸送体であるLolCDEやMacBの構造機能解析において我々は世界のトップランナーである。それ故、輸送体関連の教科書などへの執筆依頼も複数受けていることを研究成果として付記しておきたい。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (18件)

すべて 2024 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (5件) 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 4件、 査読あり 8件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 3件、 招待講演 2件) 図書 (1件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] Los Alamos National Laboratory/New Mexico Consortium/Northern Arizona University(米国)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Bugworks, Inc.(インド)

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [国際共同研究] Los Alamos National Laboratory/New Mexico Consortium/Northern Arizona University(米国)

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [国際共同研究] Bugworks, Inc.(インド)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [国際共同研究] The University of Cambridge(英国)

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [雑誌論文] Dissection of an ABC transporter LolCDE function analyzed by photo-crosslinking2024

    • 著者名/発表者名
      Tao Kazuyuki、Narita Shin-ichiro、Okada Ui、Murakami Satoshi、Tokuda Hajime
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 175 号: 4 ページ: 427-437

    • DOI

      10.1093/jb/mvad118

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Identification of key amino acid residues in OqxB mediated efflux of fluoroquinolones using site-directed mutagenesis2023

    • 著者名/発表者名
      Bhowmik Purnendu、Bharatham Nagakumar、Murakami Satoshi、Ramachandran Vasanthi、Datta Santanu
    • 雑誌名

      Research in Microbiology

      巻: 174 号: 4 ページ: 104039-104039

    • DOI

      10.1016/j.resmic.2023.104039

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure-Based Analysis of Transient Interactions between Ketosynthase-like Decarboxylase and Acyl Carrier Protein in a Loading Module of Modular Polyketide Synthase2023

    • 著者名/発表者名
      Chisuga Taichi、Murakami Satoshi、Miyanaga Akimasa、Kudo Fumitaka、Eguchi Tadashi
    • 雑誌名

      ACS Chemical Biology

      巻: 18 号: 6 ページ: 1398-1404

    • DOI

      10.1021/acschembio.3c00151

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Crystal structures of multidrug efflux transporters from Burkholderia pseudomallei suggest details of transport mechanism2023

    • 著者名/発表者名
      Kato Takaaki、Okada Ui、Hung Li-Wei、Yamashita Eiki、Kim Heung-Bok、Kim Chang-Yub、Terwilliger Thomas C.、Schweizer Herbert P.、Murakami Satoshi
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      巻: 120 号: 29 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1073/pnas.2215072120

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structural and functional characteristics of the tripartite ABC transporter2022

    • 著者名/発表者名
      Okada Ui、Murakami Satoshi
    • 雑誌名

      Microbiology

      巻: 168 号: 11 ページ: 1-15

    • DOI

      10.1099/mic.0.001257

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Real-time monitoring of polyacrylamide gel electrophoresis by the shadowgraph technique2022

    • 著者名/発表者名
      Murakami Satoshi、Adachi Hiroaki、Matsumura Hiroyoshi、Takano Kazufumi、Inoue Tsuyoshi、Mori Yusuke
    • 雑誌名

      The Journal of Biochemistry

      巻: 173 号: 2 ページ: 65-72

    • DOI

      10.1093/jb/mvac087

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 査読あり
  • [雑誌論文] Engineered MATE multidrug transporters reveal two functionally distinct ion-coupling pathways in NorM from Vibrio cholerae2021

    • 著者名/発表者名
      Raturi Sagar、Nair Asha V.、Shinoda Keiko、Singh Himansha、Bai Boyan、Murakami Satoshi、Fujitani Hideaki、van Veen Hendrik W.
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 4 号: 1 ページ: 1-17

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02081-6

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure and function relationship of OqxB efflux pump from Klebsiella pneumoniae2021

    • 著者名/発表者名
      Bharatham Nagakumar、Bhowmik Purnendu、Aoki Maho、Okada Ui、Sharma Sreevalli、Yamashita Eiki、Shanbhag Anirudh P.、Rajagopal Sreenath、Thomas Teby、Sarma Maitrayee、Narjari Riya、Nagaraj Savitha、Ramachandran Vasanthi、Katagihallimath Nainesh、Datta Santanu、Murakami Satoshi
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 12 号: 1 ページ: 1-12

    • DOI

      10.1038/s41467-021-25679-0

    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [学会発表] Twenty years structural study of RND transporters, the most potent multidrug efflux transporters, of Gram-negative bacteria. ~ For overcoming the drug resistance problem2024

    • 著者名/発表者名
      Murakami Satoshi
    • 学会等名
      International Conference on New Horizons in Bioengineering: Fostering Academia-Industry Partnership
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Structural basis of multidrug resistance in Gram negative bacteria2024

    • 著者名/発表者名
      Murakami Satoshi
    • 学会等名
      International Conference on Structural Biology & Drug Discovery (ICSBDD-2024)
    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Crystal structures of multidrug efflux transporters from Burkholderia pseudomallei suggest details of transport mechanism2023

    • 著者名/発表者名
      Okada, U., Kato, T., Huang, L.-W., Yamashita, E., Kim, H.-B., Kim, C.-Y., Terwillger, T., Schweizer, H., Murakami, S.
    • 学会等名
      Gordon Research Conference
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
    • 国際学会
  • [図書] Therapeutic Protein Targets for Drug Discovery and Clinical Evaluation: Bio-crystallography and Drug Design2022

    • 著者名/発表者名
      Okada, U., Murakami, S.
    • 総ページ数
      23
    • 出版者
      World Scientific Pub Co Inc
    • ISBN
      9811254788
    • 関連する報告書
      2022 実績報告書
  • [備考] バークホルデリア菌の多剤排出ポンプの結晶構造解析に成功

    • URL

      https://www.titech.ac.jp/news/2023/067130

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書

URL: 

公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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