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酸化還元状態に厳密に留意した植物型Fdと光合成蛋白質との複合体構造解析

研究課題

研究課題/領域番号 21H02417
研究種目

基盤研究(B)

配分区分補助金
応募区分一般
審査区分 小区分43020:構造生物化学関連
研究機関大阪大学

研究代表者

栗栖 源嗣  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90294131)

研究期間 (年度) 2021-04-01 – 2024-03-31
研究課題ステータス 完了 (2023年度)
配分額 *注記
17,550千円 (直接経費: 13,500千円、間接経費: 4,050千円)
2023年度: 5,460千円 (直接経費: 4,200千円、間接経費: 1,260千円)
2022年度: 5,070千円 (直接経費: 3,900千円、間接経費: 1,170千円)
2021年度: 7,020千円 (直接経費: 5,400千円、間接経費: 1,620千円)
キーワード構造生物学 / 光合成 / 電子伝達 / 金属蛋白質 / レドックス代謝 / 金属タンパク質 / 生物物理学 / 電子伝達複合体
研究開始時の研究の概要

葉緑体内のレドックス代謝反応の多くは,電子伝達タンパク質フェレドキシン(Fd)に依存して駆動される。しかし,Fdとレドックス代謝酵素の複合体形成は過渡的で,酵素反応が進行すると複合体は解離してしまう。そのため構造解析には困難と妥協が伴った。研究代表者は,自身のこれまでの研究の蓄積からFdの酸化還元状態は比較的小さな構造変化であっても,過渡的複合体形成を考える上では非常に重大であると考えるに至った。そこで,高度化してきた再構成金属タンパク質の活用をベースに,原理的に不可能と考えられてきた「酸化型」と「還元型」とで形成する活性型複合体の精密構造解析を行う。

研究成果の概要

本研究では過渡的に形成する電子伝達複合体を対象に3つの項目で研究を遂行した。1)緑藻型光化学系I複合体(PS1:LHC1)とGa置換Fdとの複合体については,3状態での構造解析を行いGa置換Fdの結合前と後での構造変化やサブユニットの結合・解離について新しい発見があった。2)シアノバクテリア型光化学系I(PS1)とGa置換Fdとの複合体構造の高分解能化,については当初の目論見通り1.97Aという非常に高分解能での解析に成功した。3)還元状態にしたNative Fdと配位子置換再構成HydA1(odt型)との複合体構造解析ついては,技術的な困難もあり構造解析には至らなかった。

研究成果の学術的意義や社会的意義

高度化してきた再構成金属タンパク質の活用をベースに,原理的に不可能と考えられてきた「酸化型」と「還元型」とで形成する活性型複合体の精密構造解析を行った。具体的には,2種類の光化学系IとFdとの構造解析を高分解能で行い,構造決定が待たれている緑藻型のFd依存性[FeFe]ヒドロゲナーゼの構造解析にも同様の方法を展開した。前者については,想定通りの結果を得て論文発表を行ったが,緑藻型[FeFe]ヒドロゲナーゼについては結晶化することができなかった。結晶化不要のCryo-EMに切り替えて活性型構造解析を展開している。本研究により,Redox状態を厳密にコントロールすることの重要性を示すことができた。

報告書

(4件)
  • 2023 実績報告書   研究成果報告書 ( PDF )
  • 2022 実績報告書
  • 2021 実績報告書
  • 研究成果

    (36件)

すべて 2023 2022 2021 その他

すべて 国際共同研究 (8件) 雑誌論文 (11件) (うち国際共著 5件、 査読あり 10件、 オープンアクセス 7件) 学会発表 (15件) (うち国際学会 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] Ruhr University Bochum(ドイツ)

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  • [国際共同研究] Department of Plant Biology/University of Muenster(ドイツ)

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  • [国際共同研究] Department of Biological Sciences/Purdue University(米国)

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  • [国際共同研究] Department of Biotechnology and Biology/Ruhr University Bochum(ドイツ)

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  • [国際共同研究] Department of Plant Biology/University of Muenster(ドイツ)

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    • 著者名/発表者名
      Ko Seolmin、Toda Akiyuki、Tanaka Hideaki、Yu Jian、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      FEBS Letters

      巻: 597 号: 17 ページ: 2149-2160

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14690

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    • 著者名/発表者名
      Gerle Christoph、Misumi Yuko、Kawamoto Akihiro、Tanaka Hideaki、Kubota-Kawai Hisako、Tokutsu Ryutaro、Kim Eunchul、Chorev Dror、Abe Kazuhiro、Robinson Carol V.、Mitsuoka Kaoru、Minagawa Jun、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      巻: 1864 号: 4 ページ: 148986-148986

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2023.148986

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  • [雑誌論文] Regulation of motor activity of ciliary outer-arm dynein by the light chain 1; Implications from the structure of the light chain bound to the microtubule-binding domain of the heavy chain2023

    • 著者名/発表者名
      Yagi Toshiki、Toda Akiyuki、Ichikawa Muneyoshi、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Biophysics and Physicobiology

      巻: 20 号: 1 ページ: n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0008

    • ISSN
      2189-4779
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  • [雑誌論文] Soluble domains of cytochrome c-556 and Rieske iron?sulfur protein from Chlorobaculum tepidum: Crystal structures and interaction analysis2023

    • 著者名/発表者名
      Kishimoto Hiraku、Azai Chihiro、Yamamoto Tomoya、Mutoh Risa、Nakaniwa Tetsuko、Tanaka Hideaki、Miyanoiri Yohei、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo
    • 雑誌名

      Current Research in Structural Biology

      巻: 5 ページ: 100101-100101

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2023.100101

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  • [雑誌論文] Isothermal titration calorimetry of membrane protein interactions: FNR and the cytochrome b6f complex2022

    • 著者名/発表者名
      Zakharov Stanislav D.、Savikhin Sergei、Misumi Yuko、Kurisu Genji、Cramer William A.
    • 雑誌名

      Biophysical Journal

      巻: 121 号: 2 ページ: 300-308

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.12.014

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  • [雑誌論文] Energy transfer fluctuation observed by single-molecule spectroscopy of red-shifted bacteriochlorophyll in the homodimeric photosynthetic reaction center2022

    • 著者名/発表者名
      Kondo Toru、Mutoh Risa、Arai Shun、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo、Fujiyoshi Satoru、Matsushita Michio
    • 雑誌名

      The Journal of Chemical Physics

      巻: 156 号: 10 ページ: 105102-105102

    • DOI

      10.1063/5.0077290

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  • [雑誌論文] Structures of multisubunit membrane complexes with the CRYO ARM 2002022

    • 著者名/発表者名
      Gerle Christoph、Kishikawa Jun-ichi、Yamaguchi Tomoko、Nakanishi Atsuko、?oruh Orkun、Makino Fumiaki、Miyata Tomoko、Kawamoto Akihiro、Yokoyama Ken、Namba Keiichi、Kurisu Genji、Kato Takayuki
    • 雑誌名

      Microscopy

      巻: 71 号: 5 ページ: 249-261

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfac037

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    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with ferredoxin at 1.97?? resolution2022

    • 著者名/発表者名
      Li Jiannan、Hamaoka Noriyuki、Makino Fumiaki、Kawamoto Akihiro、Lin Yuxi、R?gner Matthias、Nowaczyk Marc M.、Lee Young-Ho、Namba Keiichi、Gerle Christoph、Kurisu Genji
    • 雑誌名

      Communications Biology

      巻: 5 号: 1 ページ: 951-951

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03926-4

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      2022 実績報告書 2021 実績報告書
    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Crystal structure and reaction mechanism of a bacterial Mg‐dechelatase homolog from the Chloroflexi <i>Anaerolineae</i>2022

    • 著者名/発表者名
      Dey Debayan、Nishijima Masayoshi、Tanaka Ryouichi、Kurisu Genji、Tanaka Hideaki、Ito Hisashi
    • 雑誌名

      Protein Science

      巻: 31 号: 10

    • DOI

      10.1002/pro.4430

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  • [雑誌論文] Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations2022

    • 著者名/発表者名
      Nakayoshi Tomoki、Ohnishi Yusuke、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji、Kondo Hiroko X.、Takano Yu
    • 雑誌名

      International Journal of Molecular Sciences

      巻: 23 号: 24 ページ: 15913-15913

    • DOI

      10.3390/ijms232415913

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  • [雑誌論文] Structural insights into blue-green light utilization by marine green algal light harvesting complex II at 2.78 Å2022

    • 著者名/発表者名
      Seki Soichiro、Nakaniwa Tetsuko、Castro-Hartmann Pablo、Sader Kasim、Kawamoto Akihiro、Tanaka Hideaki、Qian Pu、Kurisu Genji、Fujii Ritsuko
    • 雑誌名

      BBA Advances

      巻: 2 ページ: 100064

    • DOI

      10.1016/j.bbadva.2022.100064

    • URL

      https://ocu-omu.repo.nii.ac.jp/records/2019661

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  • [学会発表] Structural and functional analysis of the carbonic anhydrase from marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • 著者名/発表者名
      Negoro H, Tanaka H, Shimakawa G, Kawamoto A, Matsuda Y, Kurisu G.
    • 学会等名
      26th Congress of the International Union of Crystallography
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  • [学会発表] Neutron crystallographic study of ferredoxin-NADP+ reductase2023

    • 著者名/発表者名
      Uenaka M, Ohnishi Y, Tanaka H, Kurisu G
    • 学会等名
      26th Congress of the International Union of Crystallography
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    • 国際学会
  • [学会発表] Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with ferredoxin and cyrtochrome c6 at 1.97 A resolution2023

    • 著者名/発表者名
      Jiannan Li, Noriyuki Hamaoka, Fumiaki Makino, Akihiro Kawamoto, Keiichi Namba, Christoph Gerle, Genji Kurisu
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structural study on the bacteriosin pectocin M1 from Pectobacterium catorovorum2023

    • 著者名/発表者名
      Nawee Jantarit, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structural and functional analysis of the carbonic anhydrase from marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • 著者名/発表者名
      Hiroto Negoro, Hideaki Tanaka, Ginga Shimakawa, Hiroyasu Koteishi, Akihiro Kawamoto, Yusuke Matsuda, Genji Kurisu
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 実績報告書
  • [学会発表] Computational analysis of the structure and motion of the plant-type ferredoxin using long-time molecular dynamics simulations2023

    • 著者名/発表者名
      Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano
    • 学会等名
      第61回日本生物物理学会年会
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      2023 実績報告書
  • [学会発表] フェレドキシンNADP+還元酵素の中性子結晶構造解析2023

    • 著者名/発表者名
      上中みどり,大西裕介,田中秀明,栗栖源嗣
    • 学会等名
      令和5年度日本結晶学会年会
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      2023 実績報告書
  • [学会発表] Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with Cytochrome c6 and Ferredoxin2022

    • 著者名/発表者名
      Jiannan Li、浜岡紀之、牧野文信、川本晃大、難波啓一、Christoph Gerle、栗栖源嗣
    • 学会等名
      日本蛋白質科学会
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      2022 実績報告書
  • [学会発表] Neutron crystallographic analysis of ferredoxin-NADP+ reductase2022

    • 著者名/発表者名
      Midori UENKA, Yusuke OHNISI, Hideaki TANAKA, Genji KURISU
    • 学会等名
      日本生物物理学会
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  • [学会発表] Cryo-EM structure of cytochrome b6f complex from Chlamydomonas reinhardtii reveals the functional domain movement of Rieske ISP2022

    • 著者名/発表者名
      Hatsuki Tanabe, Shinichiro Ozawa,Akihiro Kawamoto, Hideaki Tanaka, Yuichiro Takahashi Genji Kurisu
    • 学会等名
      日本生物物理学会
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  • [学会発表] Structural study of RubisCO from diatom Thalassiosira pseudonana and its interaction with novel pyrenoid proteins2022

    • 著者名/発表者名
      Taiki Fukuzawa, Rei Toda, Hermanus Nawely, Natumi Morishima, Ryosuke Okubo, Yoshinori Tsuji, Kawamoto Akihiro, Hideaki Tanaka, Christoph Gerle, Yusuke Matuda, Genji Kurisu
    • 学会等名
      日本生物物理学会
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      2022 実績報告書
  • [学会発表] フェレドキシン NADP+ 還元酵素の中性子結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      上中みどり、大西裕介、田中秀明、栗栖源嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 珪藻Thalassiosira pseudonana由来ルビスコのX線結晶構造解析2021

    • 著者名/発表者名
      福澤大喜、東田怜、Hermanus Nawaly、森嶋菜摘、大久保亮佑、田中秀明、川本晃大、Christoph Gerle、松田祐介、栗栖源嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 光合成型複合体Iの高分解能構造解析を目指した高純度精製2021

    • 著者名/発表者名
      浜岡 紀之、三角 裕子、川本 晃大、田中 秀明、小沼 剛、池上 貴久、栗栖 源嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [学会発表] 緑藻クラミドモナス由来シトクロムb6f複合体のpH依存的活性調節機構の構造基盤2021

    • 著者名/発表者名
      田辺 初希、小澤 真一郎、川本 晃大、田中 秀明、高橋 裕一郎、栗栖 源嗣
    • 学会等名
      日本結晶学会
    • 関連する報告書
      2021 実績報告書
  • [備考] 蛋白質結晶学研究室

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/

    • 関連する報告書
      2023 実績報告書
  • [備考] 大阪大学蛋白質研究所蛋白質結晶学研究室

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/

    • 関連する報告書
      2022 実績報告書 2021 実績報告書

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公開日: 2021-04-28   更新日: 2025-01-30  

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